В 1579 г. Утрехтская уния, в результате которой была создана Республика, представляла собой оборонительный союз семи провинций против Испании. Она защищала их права и делегировала полномочия национальному Генеральному штату - Государственному совету, состоящему из двадцати пяти членов, в котором все семь провинций были представлены в равной степени. Эта структура отражала старые структуры и разделения власти, которые были поддержаны Восстанием, сохраняя местную исключительность в уникальной политической системе, связанной общим "национальным" стремлением противостоять испанской централизации. Теоретически система обязывала города, провинции и государство договариваться и идти на компромисс, способствуя принятию взвешенных решений, однако экономическое и политическое влияние Голландии, в значительной степени обеспеченное займами менее процветающих провинций, давало ей право доминирующего голоса. Эта система ограничивала роль центрального правительства: оно могло координировать, но не контролировать отдельные провинции. В отличие от современных абсолютистских монархий, гибкость системы обеспечивала стабильность за счет интеграции различных интересов, особенно за счет сложного балансирования торговли и налогообложения, что способствовало развитию экономики. Генеральные штаты собирались в Гааге, столице Голландии и Республики, каждый день недели, чтобы руководить войной, внешней политикой и федеральными налогами. Для принятия положительных решений требовалось единогласие. Гаага также являлась резиденцией Стадхолдера. Республика сочетала в себе представительное ядро, управляемое местными олигархиями, с общим руководством выборного главы государства. Она также закрепила доминирующее положение Голландии в Республике и доминирующее положение Амстердама в Голландии. Города обладали восемнадцатью из девятнадцати голосов в провинциальном правительстве Голландии, дворянство - одним. Эта система способствовала проведению консультаций и переговоров, что привело к объединению групп интересов.

При поддержке Англии и Франции "буржуазное военно-фискальное государство" к 1588 г. добилось фактической независимости и создало первую современную экономику. Разгром испанской армады англо-голландскими войсками позволил республике сосредоточиться на снижении угрозы морского разбоя со стороны фламандских каперов, используя агрессивное патрулирование, конвои и развивающийся страховой рынок. Блокирование устья Шельды разрушило экономику Антверпена и южных провинций, а также помешало Испании перебросить войска по морю. Расцвел каперский промысел, использовавший инвестиционные возможности и свободные капиталы. Относительная безопасность на море сфокусировала внимание на морской торговле, как и решение республики, испытывавшей нехватку средств, передать заграничные военно-морские операции акционерным обществам, которые превратились в квазинациональные империи.

Являясь очевидным выражением голландского государства, военно-морской флот отражал сложность внутренней политики и динамично меняющийся международный контекст. Созданный в рыночном обществе, которое решало стратегические и организационные проблемы экономическими и контрактными методами, флот органично вырос из конвоев и рыболовецких патрулей до восстания и каперов "Морского нищего" 1572 года. Он решал стратегические задачи, контролируя важнейшие прибрежные и внутренние воды, обеспечивая десантные перевозки, поддерживая осады, блокируя фламандские реки и препятствуя испанской торговле, наряду с основными задачами по конвоированию торговых и рыболовных флотов, что было постоянным требованием коммерческого сектора. Конвойные и лицензионные деньги были решены в 1572 году. Постоянный спрос на корабли, людей, деньги и припасы сделал военно-морской флот одной из самых сложных организаций в ранней современной Европе, и этот опыт распространился на более широкую экономику, где крупные торговые компании управляли внушительными флотами. Для выполнения этих задач требовались крупные крейсера, многие из которых нанимались у местных купцов, а для азиатских и средиземноморских торговых операций требовались более крупные корабли, способные вести боевые действия. Многие судовладельцы, получавшие прибыль от найма кораблей, входили в местные адмиралтейские комитеты. Этот "старый флот", состоящий из вооруженных торговых судов, каперов и зафрахтованных компаний, разгромил остатки военно-морской мощи Испании.

Руководство военно-морским флотом осуществлялось Генеральными штатами, а повседневное управление - генерал-адмиралом (когда эту должность занимал штадхолдер) и пятью отдельными адмиралтейскими коллегиями. Система коллегий, формировавшаяся в течение двадцати лет как ответ на разногласия интересов коммерческой элиты, была согласована в 1597 г. как временная мера. Она просуществовала до 1795 г., поскольку позволяла местным интересам контролировать местные налоги. Три коллегии располагались в Голландии: в Амстердаме, Роттердаме и общая коллегия для Северного квартала, чередовавшаяся между Хоорном и Энкхёйзеном; остальные - в Миддлбурге и Доккуме, а после 1645 г. в Харлингене - обслуживали Зеландию и Фрисландию. В значительной степени их работа носила экономический характер. Коммерческая элита, возглавлявшая Адмиралтейские коллегии, была вовлечена и в управление крупными торговыми компаниями - VoC и WIC. Следовательно, «торговые компании были заинтересованы в организованном применении насилия для поддержки своих коммерческих интересов и в разной степени пользовались правом применять такое насилие от своего имени». Контроль над сбором конвойных и лицензионных денег давал местной купеческой элите значительную политическую власть и обеспечивал защиту их судоходства со стороны государства.

Купцы, руководившие адмиралтействами, использовали флот для сопровождения своих торговых судов. Сохранение крейсерского флота еще долгое время после того, как Республика отошла на второй план, отражало экономическую значимость морской деятельности. В мирное время защита торговли финансировалась за счет местных конвойных сборов, лицензий на каперство и торговлю с врагом, а также за счет ввозных пошлин, взимаемых во внутренних провинциях. Этих средств никогда не хватало, и четыре внутренние провинции требовали от Голландии и Зеландии покрыть недостачу. В ходе войны дополнительные налоги были собраны Генеральными штатами и за счет государственных займов на амстердамском рынке капитала, которые использовались в качестве субсидий местными адмиралтействами, лоббировавшими интересы провинциальных ассамблей с целью получения дополнительных средств.

Региональная система Адмиралтейства, которую часто называют неэффективной, поддерживала успешный флот XVII века за счет использования связей между торговлей и войной, характерных для всех морских держав. У этих адмиралтейских комитетов были все основания быть эффективными: они не только возглавлялись людьми, имевшими опыт судоходства и торговли, но и имели доступ к крупнейшей концентрации морских ресурсов в Северной Европе. Собственные интересы обеспечивали принятие правильных решений. Экономика антрепотов ставила во главу угла безопасность судоходства, и конвои, использовавшиеся задолго до восстания, оставались предпочтительным методом. Конвои превалировали над боевыми действиями флота, крейсерством и блокадой фламандских портов.

Рассматриваемый "коллективно и институционально" как оборонительное морское ополчение, флот был "менее пугающим и более национальным, чем армия". Успешные адмиралы становились национальными героями, а публикация индивидуальных и коллективных биографий способствовала закреплению их статуса. Однако моряки и офицеры в целом поддерживали фракцию "оранжевых", а не "морскую" Партию прав штатов. Лишь немногие офицеры были выходцами из патрицианских семей. Политика "Права штатов" Михиля де Рюйтера и его дружба с Йоханом де Виттом отравили его профессиональные отношения с оранжистом адмиралом Корнелисом Тромпом и поставили под угрозу боеспособность флота в 1672 году.

До 1650 г. большинство голландских военных кораблей представляли собой небольшие наемные торговые суда, усиленные горсткой средних боевых кораблей, скорее крейсеров, чем капитальных судов. Сражения велись без тактического порядка, в серии ближних боев с преобладанием абордажа. Морское мастерство и энергия были в приоритете перед слаженностью и контролем, которые принц Мауриц с таким успехом навязывал армии. Новый способ ведения войны на море голландцы переняли у англичан, которые в 1650-х годах переняли голландские военные методы на плаву.

Пределы военно-морской мощи Нидерландов стали очевидны в 1598 г., когда Филипп III перешел от сухопутных операций к экономической войне. Финансируемые государством кампании против испанской и португальской торговли и колоний провалились, парализовав провинциальные адмиралтейства долгами, и Республика была вынуждена полагаться на негосударственных игроков, каперов и новую Ост-Индскую компанию (Vereenigde Oostindische Compagnie, VoC) в ведении океанских войн. Генеральные штаты использовали эти усилия, предоставляя финансовые стимулы и помогая объединить разрозненные элементы, ставшие VoC. В 1602 г. Генеральные штаты выдали своим кораблям каперские заказы на захват португальских судов как для установления экономического превосходства Нидерландов в Азии, так и для ослабления Габсбургской империи. Было захвачено не менее тридцати португальских карраков, а один каррак, захваченный Якобом ван Хеемскерком в 1604 г., принес грабеж на сумму четыре миллиона гульденов, что побудило VoC нанять эксперта-юриста Гуго Гроция для обоснования проблематичного захвата. Для поддержания морского импульса VoC создала базы в Азии, но, как и все подобные учреждения, с древних времен эти следы морской мощи превратились в отдельные территориальные образования, ориентированные на добычу ресурсов.