Военные действия на суше, начавшиеся наступлением короля, были операциями весьма незначительных сил на ограниченной территории. Их единственным положительным результатом стало то, что Стединк смог вернуть Саволакс и нанести русскому генералу Шульцу тяжелое поражение при Паркумяки. Однако в моральном плане маленький поход Густава III имел последствия. Он понял, что может следовать со своей армией, разделяя опасности и тяготы; над ним уже не посмеются как над поджигателем войны, который отсиживается вдали от военных действий. И те части армии, которые побывали в бою, сражались с поразительной храбростью, что Густав со своей стороны и отметил. Память об Аньяле поблекла.
Однако стратегически решающие события могли произойти на море. Если не удастся собрать вместе шведский шхерный флот, станет реальной угроза русских десантов на южное побережье Финляндии. Преграду при Порккала не сломать без помощи шведского корабельного флота. Поэтому развитие войны зависело в целом от того, чей корабельный флот будет господствовать на Балтийском море.
Шведский корабельный флот уже в начале войны испытывал недостаток в командном составе, и положение дел с этим за первый год войны не улучшилось. «У меня так худо с командирами, что я потребовал от правительства в Стокгольме дополнительного набора офицеров из провинции для несения службы в Карльскруне», — писал Эренсвэрд Толлю 11 сентября 1788 года.
Весной 1789 года на Карльскруну обрушилась эпидемия тифа, вероятно, перенесенная с русского флота прошлогодними военнопленными. Она произвела опустошительное действие во флоте, личный состав которого сократился настолько, что корабли не смогли производить маневров. Согласно произведенной Мунком в конце лета инвентаризации, недоставало более чем 10 000 человек после того как учли тысячи умерших. Медицинское обслуживание в Карльскруне находилось в возмутительно запущенном состоянии, медицинского персонала всех уровней было недостаточно, а санитарное состояние не поддавалось описанию. Не было даже древесины для гробов, и контр-адмиралу Нурденшёльду пришлось издать приказ о погребении умерших в их гамаках.
Вот за такой флот принял на себя ответственность герцог Карл. Его задачами были, во-первых, стать властелином на Балтийском море, во-вторых, вытеснить русские силы от Порккала и тем самым сделать шведский шхерный флот способным к наступательным действиям. Прежде всего герцог Карл должен был воспрепятствовать соединению главного русского флота с эскадрой, год стоявшей у Копенгагена и получившей подкрепление из Архангельска. Если русским удастся соединиться, их превосходство станет непоправимым. В ином случае шведский флот будет превосходить копенгагенскую эскадру и равен по силам с основным русским флотом, что дало бы шанс разбить оба эти флота по отдельности. Необходимым условием для этого было, естественно, то, что шведский флот будет достаточно укомплектован квалифицированным командным составом и обученными матросами, дабы эффективно маневрировать и стрелять.
В начале июля эпидемия начала отступать, но далеко еще не была побеждена. Личный состав флота вынужденно комплектовался солдатами армии, непривычными к морю и подверженными морской болезни. 6 июля флот вышел в море под командованием герцога Карла и Нурденшёльда и выглядел как внушительная сила из 21 линейного корабля и 8 фрегатов. Он, однако, должен был держать постоянную связь с Карльскруной, чтобы перевозить туда заболевших командиров и матросов и вывозить оттуда резервы. Это значительно ограничивало радиус действий.
26 июля этот флот встретился с основным русским флотом при южной оконечности Эланда и перешел в наступление. Русский командующий адмирал Чичагов хотел избежать сражения до соединения с копенгагенской эскадрой, но был принужден к баталии, которая, казалось, развивалась в пользу шведов. Однако арьергард повел себя очень странно, и дело выглядело так, будто он уклоняется от боя с соответствующей частью русского флота, несмотря на то, что предпосылки к бою были благоприятными, а герцог Карл раз за разом сигналил приказ о нападении. Ночь разделила сражавшихся до того, как одна из сторон добилась сколько-нибудь решающего перевеса, и потом герцог Карл несколько дней тщетно искал уклонившегося противника. Тем временем заболевшие скапливались на судах, и чтобы не подвергаться риску того, что фарватеры к Карльскруне будут заперты соединившимся русским флотом, герцог и Нурденшёльд приняли решение вернуться. За 1–3 августа с флота на сушу было переправлено 3000 больных, и флот теперь едва-едва был способен к маневрированию. Вскоре он был блокирован соединенным русским флотом.
Между тем возрастало нетерпение Густава III, который никак не мог взять в толк, что же мешает корабельному флоту сыграть в Финском заливе роль спасителя. «Я с нетерпением жду, но не получаю новостей о галерном флоте, как и о корабельном», — жаловался он 25 июля Армфельту, но в прочем был удовлетворен своими свежими ратными лаврами. «Я не знаю, куда запропастился мой брат», — прозвучало в письме тому же адресату от 1 августа. Но когда новости о сражении при Эланде достигли Густава, он утратил свое доброе расположение духа. «Я еще сомневаюсь в этой большой победе, ибо Порккала все еще оккупирована русскими», — недовольно и трезво писал он 8 августа Армфельту. Королю было неприятно то, что герцог Карл вроде бы выиграл крупную морскую баталию. Но вспышку гнева вызвало известие о том, что командующим арьергардом в этом сражении, которого единодушно обвиняли в том, что не была достигнута полная победа, и который был взят под стражу в ожидании военного суда, был Пер Лильехурн, роялистский вице-лантмаршал на риксдаге. «Его храбрость неоспорима», — заявил Густав; изменники не исполняют столь ревностно обязанностей такой должности, какую он занимал. «Мой брат, возможно, думал, что действует правильно, и обманулся». «Я очень недоволен, так недоволен, что не написал моему брату и не буду писать, пока не получу ясности из подробного рапорта», писал король.
Спустя пять дней Густав успокоился и совсем кратко заметил, что поведение Лильехурна непостижимо. Он тогда думал, что герцогу Карлу действительно удалось помешать русским флотам соединиться и что он достиг бы большего, если бы снова вышел в море. В прочем же мысли Густава были заняты первыми известиями о французской революции, и он справедливо полагал, что революция ввергнет европейскую политику в хаос.
4 августа, до получения новостей о морской баталии при Эланде, Густав писал государственному дротсу Вактмейстеру, что отдал герцогу Карлу четкий приказ осуществлять поиск в Финском заливе и атаковать Порккала, и одновременно возложил на Нурденшёльда как на флагманского капитана ответственность за исполнение этого приказа. Этот своеобразное распределение ответственности за флот яснее ясного показывает реакцию Густава на репутацию брата как военного героя. 13-го король писан Вактмейстеру и Лильехурну: он опасается, что доверием герцога злоупотребили и что Лильехурн — жертва дворянской ненависти. 17 сентября он писал Рууту, что корабельный флот ничего не совершил и не совершит, «покуда с тем, кто им командует, нельзя обойтись так же, как он сам обошелся с одним адмиралом, то есть необходимо, чтобы командование флотом осуществляло частное лицо». Здесь напрямую прорывается злость на брата Карла, но это в письме, которое исполнено сомнений и отчаяния и которое отмечено необычной неуравновешенностью.
Процесс против Лильехурна затягивался, и постепенно прежний слуга короля должен был предстать в неисправимо скверном свете, правда, в качестве не государственного изменника, а трусливого и некомпетентного контр-адмирала. Политическое улучшение, которое он выпросил себе к маю, стало, таким образом, его несчастьем в июле. После вынесения приговора Густав, правда, помиловал его, сохранив жизнь, но не вернул должность. Лильехурн должен был покинуть страну. После смерти короля Густава он объяснял свою робость в баталии при Эланде полученным от короля тайным приказом помешать герцогу Карлу одержать победу. Обвинение абсурдное, если учесть положение дел в Финском заливе. По мнению Густава III, Лильехурн был человеком мужественным. Возможно, он и был таким в качестве афериста, карьериста и дуэлянта, но не на борту линейного корабля в баталии.