Свадьба царевича и кронпринцессы состоялась 14 октября 1711 года в городе Торгау, во дворце польской королевы и одновременно герцогини Саксонской, где невеста жила на правах родственницы. Во главе всего торжества был Петр, вернувшийся из Прутского похода и немного подлечившийся на карлсбадских водах.

Через три недели новобрачный по приказу отца отправился в Польшу, с тем чтобы заняться продовольственным снабжением расквартированной там Русской армии, а еще через полгода он уже в Померании (без жены) в свите отца, безуспешно пытавшегося организовать там морской поход против Швеции. В конце 1712 года Алексей после трехлетнего отсутствия – в России, но ко времени прибытия в Петербург Шарлотты он опять в отлучке – на этот раз в Финляндском походе. По возвращении из похода он через короткое время вновь командируется в Старую Руссу и в Ладогу для наблюдения за постройкой кораблей.

Последний год, проведенный под присмотром царя, окончательно показал, что сын и отец – совершенно разные люди. Алексей делал все, что ему приказывал отец, но делал он это, исходя не из своих внутренних убеждений, а из-за страха перед ним. Любая ошибка царевича вызывала бурный гнев грозного царя, выливавшийся в брань и даже в рукоприкладство. (Как похожа эта ситуация на отношения другого тандема – Ивана Грозного и его сына Ивана.) Алексея тяготило такое состояние, он делал все для того, чтобы как-то уклониться от, как ему казалось, ненужных и бесполезных для него занятий, а главное – от повседневной предвзятой опеки отца. Он пошел даже на членовредительство, чтобы его не уличили в неспособности к черчению, что явилось последней каплей терпения – отец перестал его замечать, перестал с ним общаться. Это был признак полного разрыва и одновременно кризис престолонаследия.

Источник своих бед царевич видел в ближайшем окружении царя, выросшем «из грязи в князи» и позволявшем себе пренебрежительно относиться к его персоне. Под горячую руку он опрометчиво грозился расправиться с этими «птенцами гнезда Петрова», когда сам станет царем. И это было вполне реально, так как на его стороне было практически все духовенство, вся старая аристократия и даже чернь, жаждавшая отдохновения от бесконечных войн и непосильных повинностей. Стороны наэлектризовывались, накапливали заряд, который рано или поздно должен был разразиться новой всесокрушающей грозой.

Это произойдет, но несколько позже, а пока семейная жизнь Алексея и Шарлотты шла своим чередом. Хотя нужно сказать, что первый опыт «вживления» западно-европейских принцесс в семью русских царей был в общем-то неудачным. Дело в том, что Шарлотта так и осталась при своем лютеранском вероисповедании и в привычном для нее окружении. Ее двор был целиком составлен из иностранцев и жил по своим западно-европейским правилам. Германская кронпринцесса не стремилась стать русской великой княжной: она не знала России, русской жизни и не хотела их познавать; она не понимала русского благочиния, а следовательно, и внутреннего мира своего православного мужа; она лишь выполняла брачный контракт, не испытывая сердечной привязанности к супругу. 12 июля 1714 года Петр стал дедом, у Алексея и Шарлотты родилась дочь, Наталья, а через год, 12 октября 1715 года, у них появился и наследник, нареченный Петром. Вторые роды для Шарлотты оказались роковыми – 22 октября она скончалась. Несмотря на то что между молодыми супругами не было искренней привязанности, несмотря на то что Алексей и в супружестве не порывал своей связи с Ефросиньей, он тяжело переживал смерть жены.

Но это было только началом его новых испытаний. В день похорон Шарлотты он получил от отца письмо, в котором тот, отбросив в сторону приличествующие траурному дню сантименты, обвинил сына не только в неспособности, но и в нежелании учиться государственному управлению, что, в его понимании, может привести впоследствии к потере всего достигнутого отцом, утрате самостоятельности и независимости. Петр, угрожая лишением наследства, потребовал от сына изменить свое отношение к делам государственным, и в первую очередь к делам военным.

На следующий день у Петра Первого родился второй сын, также названный Петром, а еще через четыре дня Алексей, по совету своих доброжелателей, пишет отцу письмо, в котором отказывается от престолонаследия в пользу своего новорожденного брата, вручая себя и детей своих в царскую волю.

Большое количество исследователей склонны утверждать, что это и последующие письма отца к сыну были всего лишь «страшилками»: не хотел якобы Петр лишаться уже взрослого наследника и вполне реального помощника в делах. Этими угрозами он, по их мнению, хотел лишь понудить сына к действию, к соучастию в управлении государством. Тот же стоял на своем безучастии и готов был уйти в монастырь, лишь бы его не утруждали какими-то заботами. Эту готовность он высказал отцу после его очередного письма, озаглавленного «Последнее напоминание». Однако Петр как отец и государь, установивший всему дворянскому сословию обязательную воинскую повинность, не мог так легко освободить от нее своего собственного сына. Не мог еще и потому, что в силу своего слабого здоровья ему нужно было видеть рядом с собой человека, готового в любой момент принять из его рук управление государством и продолжить его дело.

Отъезжая в очередной раз в Копенгаген, Петр уговаривает Алексея, притворно умоляющего его о монастырском уединении: «Одумайся, не спеши...» Через несколько месяцев он делает еще одну попытку приобщить сына к своим делам. Он приглашает его приехать в Данию и разделить с ним его воинские заботы. Однако царевич решает воспользоваться этим вызовом по-своему. Он берет с собой свою любовницу Ефросинью, ее брата и трех слуг, получает проездные деньги в Сенате, занимает у Меншикова, а потом и у обер-комиссара Риги (восемь тысяч рублей), с которыми вместо Копенгагена в конце октября 1716 года отправляется в Вену.

Там его принимают инкогнито и укрывают в тирольской крепости Эренберг. Начинается розыск пропавшего царевича. Капитану гвардии Александру Румянцеву становится известно его местонахождение, что вынуждает царевича прятаться еще дальше, в Неаполе. Но и там его находят царские слуги. 24 сентября 1717 года туда прибывают тайный советник Петр Андреевич Толстой и капитан Румянцев, а 3 октября всеми правдами и неправдами от Алексея получают согласие вернуться в Петербург. Ему обещают прощение отца и даже разрешение жениться на Ефросинье.

31 января 1718 года царевича Алексея доставляют в Москву, и через три дня он предстает перед отцом. В присутствии духовенства и светских вельмож беглец на коленях молит царя простить ему его преступления, что ему было обещано при двух условиях: он должен будет отказаться от наследственных прав на престол в пользу своего брата-младенца и выдать всех людей, причастных к его бегству. Отречение состоялось сразу же в Успенском соборе Кремля, а на следующий день Алексей Петрович давал развернутые показания об обстоятельствах своего побега. По этим показаниям были схвачены его бывший учитель Никифор Вяземский, бывший царский денщик Александр Кикин, камердинер Иван Афанасьев и дьяк Федор Воронов. Свободы передвижения лишаются князь Василий Долгорукий (победитель булавинского бунта) и царевна Мария Алексеевна.

Упорно искали доказательства причастности к «заговору» и матери несчастного – инокини Елены, бывшей царицы Евдокии Федоровны, но раскрыли лишь ее давнюю любовную связь с майором Степаном Глебовым и попустительство этому со стороны духовника, Федора Пустынного. Среди арестованных был лишь один идейный противник Петра – епископ Ростовский Досифей, признавшийся в том, что он осознанно желал его смерти и воцарения Алексея. Расправа была скорая и жестокая: Кикина и Досифея колесуют; Глебова сажают на кол под окнами кельи Евдокии; Афанасьева, Воронова, Пустынного и певчего царевны Марии Алексеевны – Журавского – «убивают не больно». Инокиню Елену отправили в Ладогу – в тамошний женский монастырь, князя Долгорукого – в Соликамск, Вяземского – в Архангельск, а царевну Марию – поближе, под надзор петровских приспешников в Петербург.