Отсидевшись какое-то время в Айдарском лесу, Булавин перебрался в Запорожскую Сечь, где получил разрешение коша набирать к себе вольницу. Кроме того, ему было обещано, что запорожское войско присоединится к нему в случае, если в числе его союзников будут Белгородская и Ногайская орды, калмыки и горские черкесы.
Весной следующего года мы видим Булавина уже на Хопре. Здесь к нему присоединяются местные казаки и вольно шатающаяся голутва. Напуганный размахом движения, азовский губернатор Иван Толстой направляет против бунтовщиков отряд полковника Васильева, который, соединившись с атаманом Максимовым, вошел в соприкосновение с отрядами бунтовщиков на речке Лисковатке у Красной Дубравы. Здесь казаки верховых городков неожиданно переметнулись на сторону Булавина, соотношение сил резко изменилось в пользу Булавина, в результате Васильеву и Максимову едва удалось увести остаток своих сил в Азов и Черкасск.
Эта победа, подкрепленная к тому же войсковой казной (8 тысяч рублей), захваченной в бою, позволила Кондратию Булавину распространить свое влияние на казачьи станицы по берегам рек Северский Донец, Хопер, Бузулук, Медведица, в которых насчитывалось более восьми тысяч казаков.
Воодушевленный победой Булавин отправился к Черкасску. По пути к нему примыкали все новые и новые добровольцы. К столице донского казачества он привел уже 15-тысячное войско. Через два дня осады, 1 мая 1708 года, сторонники Булавина, повязав атамана Лукьяна Максимова и всю его старшину, открыли бунтовщикам ворота города. Участь арестованных была предрешена: 6 мая их казнили. Казачий круг избрал Кондратия Булавина атаманом Войска Донского. Но это была последняя победа повстанцев. В тот самый день, когда они подступили под Черкасск, на речке Курлаке был наголову разбит отряд булавинского единомышленника Лукьяна Хохлача. Победа досталась стольнику Бахметеву и подполковнику Рихману, располагавшим вдвое меньшими силами.
Впрочем, Булавин продолжал представлять серьезную угрозу на юге России. Своей новой целью он объявил Астрахань и Азов. Но для взятия этих городов ему требовались куда как более серьезные силы, в связи с чем по казачьим городкам были срочно разосланы указы о том, чтобы те отряжали для похода на Азов по семь казаков от каждого десятка и направляли их в Черкасск. Рассчитывал атаман и на скорое прибытие запорожских казаков.
В этих условиях Петр Алексеевич счел необходимым направить против бунтовщиков регулярные части численностью около семи тысяч человек, во главе которых поставил брата убитого князя Юрия Долгорукого – майора гвардии Василия Долгорукого. Прибыв в Воронеж, к месту сбора войск, и не найдя там достаточно сил, гвардейский офицер решил было начать свою карательную экспедицию с казни 143 казаков, взятых в плен на Курлаке. Был даже назначен день казни, но вмешательство царя и казацкая челобитная грамота остановили экзекуцию.
Почти два месяца прошли в бездействии, обе стороны накапливали силы. Первыми удар нанесли повстанцы. В конце июня в Валуйском уезде они в ночное время скрытно подобрались к месту расположения Сумского полка и практически целиком его вырезали.
Долгорукий нанес ответный удар. Против казаков, действовавших на севере Донской области, он направил полки бригадира Шидловского и полковника Кропотова, которые 1 июля в урочище Кривая Лука, недалеко от реки Тора, настигли 5-тысячный отряд донских казаков Драного и полуторатысячный отряд запорожцев. Бой длился более пяти часов, в ходе которого правительственные силы одержали убедительную победу: предводитель повстанцев был убит, а запорожцы покинули место боя и укрылись в Бахмуте. Но это их не спасло. Городок был выжжен и полностью разорен. Пленных не брали.
А в это время другой 5-тысячный повстанческий отряд подступил к Азову. Сначала удача была на его стороне. Мятежники даже вступили в Матросскую слободу, но общими усилиями крепостного гарнизона, военных кораблей и вспомогательных отрядов туземного населения они с большими потерями для себя были остановлены, а потом и обращены в бегство.
Как в таких случаях неоднократно бывало и раньше, переменчивые казаки обвинили во всех своих бедах Кондратия Булавина, якобы пославшего их на верную смерть. По возвращении в Черкасск в наиболее горячих головах донцов сложился спонтанный заговор с целью его убийства, но это стало известно атаману. Он заперся в своем курене, какое-то время отстреливался от осаждавших, а потом, убедившись в бесполезности сопротивления, застрелился. Казаки тут же собрали круг и избрали себе нового атамана. Им стал Илья Зершиков.
26 июля на Аксае Долгорукого, направлявшегося к Черкасску, встретила делегация донских казаков. Атаман со старшиною, приблизившись к царскому воеводе, в знак признания своей вины и изъявления покорности положили знамена и сами легли на землю. А через три дня они, выдав 26 «пущих воров», приступили к крестоцелованию на верность государю, в искренность которой мало кто верил, ибо Дон в любой момент мог взбунтоваться и поставить под угрозу безопасность южных границ государства. Чтобы закрепить свою победу и гарантировать лояльность нового атамана и казацкой старшины, Долгорукий решил оставить в Черкасске солдатский полк.
Только после этого он приступил к выполнению второй части царского указа – разорению всех самовольно возведенных городков по Бузулуку, Адаре, Деркуле и Калитве, а по Хопру, Донцу, Медведице – частично. До этого времени его действия были относительно адекватными, особой жестокости он не проявлял, потому что если наказывать виноватых, то наказывать нужно было бы всех. Но если стародавние казаки со смертью Булавина были приведены в относительную покорность, то о вновь поселившихся беглых крестьянах, стрельцах и солдатах, принимавших участие в булавинском восстании, этого сказать было нельзя, так как из-за инстинкта самосохранения они вынуждены были либо бежать еще дальше, либо, защищаясь и обороняясь, вести вооруженную борьбу с правительственными силами.
Так оно и получилось. Уклоняясь от встречи с царскими войсками, непокорившиеся бунтовщики подались на Волгу, ну а поскольку их там никто не ждал с распростертыми объятьями, то это вынужденное и достаточно массовое переселение приняло характер повседневных вооруженных стычек с местными воинскими командами и гарнизонами. Из-за наплыва большого количества «гулящих людей», бежавших с Дона, Поволжье оказалось во власти людей, находящихся вне закона. Они захватили города Дмитриевский, Камышин, Царицын, осадили Саратов. Для их подавления были дополнительно привлечены астраханские полки и калмыки тойши Аюки.
С этого момента начались карательные действия. Беглецов отлавливали на дорогах, захватывали на стоянках в чистом поле, брали в плен во время боевых действий. Их сотнями вешали вдоль дорог, сажали на кол, четвертовали, колесовали, заковывали в кандалы и отправляли на каторгу. Долгорукий, принудив к сдаче жителей Есаулова, кажется впервые в России, применил дециминизацию, казнив каждого десятого его защитника, а плавучие виселицы для устрашения пустил по Дону.
Последняя бойня в этой гражданской войне состоялась 4 ноября 1708 года у Решетовой станицы. Долгорукий настиг здесь 8-тысячное войско атамана Голого и безжалостно его истребил. Лишь один повстанец из трех, в том числе и атаман, смог выбраться из кровавой каши. Три тысячи мятежников остались лежать на земле. Остальные – кто утонул в Дону, а кто, и того хуже, попал в плен. На этом завершилась вторая открытая война донского казачества против государства Российского. Надежность тыла в преддверии Полтавской битвы, до которой оставалось десять месяцев, была обеспечена.
Вот уже почти три столетия ведутся споры об административной реформе Петра Алексеевича: лучше ли при нем стало управление государственными делами или хуже; в чем преимущества Сената перед Боярской думой, а коллегии – перед приказом? Чем отличается генерал от воеводы, прокурор от стряпчего, а прибыльщик от целовальника? Большого различия вроде бы и нет – названием разве что да внешним обликом, а по существу как воровали – так и воруют, как ленились – так и ленятся. В чем же дело, почему это вдруг царю захотелось все переделать, перелицевать, перекроить?