В августе 1988 года, Верховный Совет Литвы в одностороннем порядке аннулировал аннексию Литвы Советским Союзом. Хотя этот жест не имеет каких – либо немедленных последствий, он стал предвестником меняющейся политической ситуации в Восточной Европе. 10 сентября Венгрия открыла границу с Австрией, чтобы дать возможность беженцам переходить на Запад из Восточной германии. Более тридцати тысяч немцев бежали из ГДР через этот «железный занавес».
В тот же год Иоанн Павел II быстро использовал возможности, предоставляемые новым положением дел на востоке Центральной Европы и в СССР. 17 июля было объявлено об установлении полных дипломатических отношений между Польшей и Святым Престолом.
1 декабря 1989 года Иоанн Павел II принял в Ватикане советского руководителя Михаила Горбачёва. Горбачёв, вероятно, стал осознавать, что истинная перестройка немыслима без большей открытости, которая означала конец монополии Коммунистической партии на власть. Иоанн Павел II говорил о необходимости религиозной свободы, что он делал всегда во время предыдущих встреч с советскими представителями, а также о своём убеждении, что новая объединившаяся Европа от Урала од Атлантики должна возвратиться к нормально состоянию, восстановив свой истинный исторический путь. Папа говорил, что настало время принять решения советскому правительству и обновить внутреннее законодательство о религиозной свободе, чтобы советская практика была приведена в полное соответствие с международными соглашениями, которые подписал Советский Союз. По этому же вопросу Папа ранее писал Леониду Брежневу в 1980 году, уговаривая его не входить в Польшу. В этот раз дело касалось не гарантии безопасности, но защиты человеческих прав в соответствии с хельсинским Заключительным актом. Произошло экстраординарное событие. Семьдесят лет ожесточённой антиватиканской пропаганды со стороны советского режима закончились сразу и бесповоротно, когда Горбачёв признал, что Святой Престол направляет усилия на решение общеевропейских проблем и на создание условий, которые позволяют выбирать народам свой путь. Затем Горбачёв сказал, что установление дипломатических отношений между Святым Престолом и СССР являются решённым вопросом и дипломатам с обеих сторон необходимо лишь урегулировать некоторые формальности. Далее Горбачёв пригласил папу посетить с визитом Советский Союз. Это был весьма напряжённый момент, и некоторые журналисты считали, что папа, не ответивший тут же на это предложение, потерял большую возможность. Иоанн Павел II прекрасно осознавал тонкость этого вопроса и знал, что должен получить приглашение в СССР от Русской Православной Церкви. Советский Президент, знакомый с историческими взаимоотношениями между его ведомством и управлением Московского Патриархата, полагал, что Патриархию в этом вопросе удастся обойти. Но этого не произошло до сих пор.
Широкий взгляд Папы на современное состояние человечества часто вызывало вопросы о том, что человек должен делать или изменить в себе, затрагивал вопросы морали. Это привело Папу к столкновению с теми теоретиками – демократами, для которых демократическая политика нейтральна по отношению к высшим ценностям и к человеческим ценностям вообще. Иоанн Павел II не уклонялся от этой конфронтации, заявляя о своей позиции совершенно не двусмысленно и даже с напористой прямотой.
Поскольку взгляд Иоанна Павла II на природу «холодной войны» отличался от большинства политиков и специалистов по международным отношениям, его представления о ситуации, сложившейся в мире после её окончания, тоже были другими. В представлении Папы фундаментальный кризис современности остался неразрешённым. После окончания «холодной войны» неотъемлемая ценность человеческой личности продолжала находиться под угрозой со стороны новых властей. Кроме этого оставался открытым вопрос о нравственном укладе свободного общества. Иоанн Павел II говорил, что Церковь уважат любую истину, которая имеется в мировых религиях и культурах. Он отмечал, что все истины указывают на единственную великую истину, проявленную Богом в Иисусе Христе.
1 марта 1990 году между Святым Престолом и СССР были установлены дипломатические отношения. А в 1991 году в СССР к власти пришёл Борис Ельцин, возглавив новое демократическое государство – Российскую Федерацию. Встречи папы Иоанна Павла II и Бориса Ельцина состоялись в 1991 и 1998 гг.
В сентябре 1992 года Святой Престол установил дипломатические отношения с Мексикой.
В конце этого года папа обратился к Международной конференции по проблемам питания, проходившей в штаб-квартире ООН по продовольствию и сельскому хозяйству (ФАО), расположенной в Риме. Хотя Иоанн Павел II не имел ввиду кризис, разразившейся в Сомали, куда были готовы высадиться подразделения американской армии, чтобы попытаться установить общественный порядок, необходимый для борьбы с голодом и смертью, ситуация в Сомали повлияла на общий тон выступлений. Голод, говорил Папа не может больше рассматривать как естественный процесс, ни как негативный результат перенаселения. Современная проблема касается не производства, а распределения продовольствия, которому препятствуют природные катаклизмы, коррупция, жесткая политика или протекционизм. Иоанн Павел II отмечал, что каждый день голод приводит к смерти тысячи детей, пожилых и наиболее уязвимых возрастных и социальных групп людей. Излечить эту болезнь – обязанность справедливости. Войны между нациями и внутренние конфликты не должны приговаривать беззащитных граждан к смерти от голода из-за чужих эгоистических или фанатичных убеждений. Принцип невмешательства во внутренние дела стран в подобных обстоятельствах неприменим. Папа настаивал, что совесть человека, поддерживаемая обеспечением международного гуманитарного права, требует, чтобы гуманитарная интервенция была обязательной там, где выживание населения и целых этнических групп поставлено под угрозу. Это диалог наций и международного сообщества.
Можно отметить высокую активность действий католической Церкви в Казахстане. После падения Советской «империи» и обретения Казахстаном независимости, католики данной страны пытались всеми силами возродить Церковь. Иоанн Павел II установил новые церковные структуры в Казахстане. Весной 1991 года была создана Апостольская Администратура Казахстана и Средней Азии. В её состав входило ещё четыре республики: Узбекистан, Таджикистан, Киргизия и Туркменистан. 13 апреля 1991 года апостольским администратором был назначен епископ Ян Павел Ленга. Город Караганда, являвшийся центром духовной жизни католиков и городом мучеников, стал столицей новой администратуры.
Немного позже были установлены официальные дипломатические отношения между Казахстаном и Святым престолом. Обмен нотами состоялся 17 октября 1992 года. А назначение архиепископа Марианна Олеся апостольским нунцием в Казахстане – 9 апреля 1994 года. В 1997 г. католики остальных четырёх республик Администратуры получили статус «sui iuris».
1998 год становится историческим для Казахстана – основывается первая Высшая духовная семинария. 24 сентября того же года подписывается договор о взаимном сотрудничестве между Республикой Казахстан и Святым престолом, что открывает Католической Церкви в Казахстане много перспектив. Казахстан является первой республикой бывшего Советского Союза, предпринявший подобный политический шаг.
В связи с ростом количества приходов были необходимые новые церковные структуры, и 6 августа 1999 года Апостольская Администратура Казахстана была преобразована папской буллой «Ad aptius consulendum» в Карагандинскую епархию, в которой епископское служение было вверено Его Преосвященству Яну Павлу Ленге, как епископу Карагандинскому (буллой «Romani est Pontificis»). Учреждены три новые апостольские администратуры: Астанинская (на севере страны), Атыраусская (на западе) и Алма-атинская (на юге Казахстана). Был организован также благотворительный общественный фонд «Каритас Казахстан».
Президент Н.А.Назорбаев отметил: «Мы казахстанцы, разделяем точку зрения многих людей мира, считающих Иоанна Павла II величайшим человеком, олицетворением настоящей нравственной силы.