Папа поставил ещё одну веху в христианской истории, став первым Епископом Рима, посетившим Скандинавию. Это паломничество было самым протяжённым внутри Европы и включало поездки по Норвегии, Исландии, Финляндии, Дании и Швеции. Темой данной поездки стал экуменизм в странах радикального секуляризма. В Тромсе (Норвегия) Иоанн Павел II стал первым папой, произнёсшим проповедь за Полярным кругом. Он призывал норвежцев стать «детьми света». В Осло он был принят королём Улафом V, а в Копенгагене – королевой Маргрете II. Хуже дела обстояли в Дании, где лютеранские епископы страны разделились во мнении, должны ли они встречаться с Иоанном Павлом II в соборе Роскильда. Скандинавская поездка принесла свои плоды только через два года, когда в соборе Святого Петра в Ватикане произошло беспрецедентное молитвенное служение. Литургия была посвящена шестисотлетию канонизации святой Бригитты Шведской, почитаемой как католиками, так и лютеранами.

Новый посол Ватикана в Советском Союзе, архиепископ Франческо Каласуонно, определил удивительную живость католической жизни в России и Казахстане. Существующие там католические общины латинского обряда, состоящие из этнических немцев, поляков, литовцев и украинцев, получили законное признание со стороны местных правительственных органов в соответствии с новым законом о религиозной свободе, изданным Горбачёвым 1 октября 1990 года. Нужно было каким-то образом упорядочить ситуацию с этими признанными общинами. Заниматься данными вопросами было поручено Государственному Секретариату, который вёл прямые консультации с Советским правительством. Возможное соглашение включало установление Минско-Могилёвского архиепископства в Белорусской ССР. Пастырская опека католиков России, Сибири и Казахстана была упорядочена учреждением трёх апостольских администраций, которые разместились в Москве, Новосибирске и Караганде и для каждой из них были назначены апостольские администраторы. Иоанн Павел II лично контролировал этот вопрос и приложил максимум усилий, чтобы преодолеть экуменический раскол XI века. Со стороны Московского Патриархата наблюдалась критика. Государственный секретариат не выполнил поручение папы и не проинформировал Патриархат об учреждении администраций, что вызвало бурную реакцию. Данная конфликтная ситуация охладило экуменические надежды на последующие два года. Кроме того, она усилила негативное отношение Московского Патриархата к возрождентю Греко -Католической Церкви на Украине.

22-25 сентября 2001 года Святой Отец Иоанн Павел II посетил с официальным визитом Казахстан. Папа встретился с президентом страны Н.А.Назарбаевым и другими официальными лицами, а также с народом во время Святой Мессы на площади Матери-Родины в Астане; с молодёжью в Евразийском университете и с представителями науки и культуры в Конгресс Холле. Президент говорил: «Сегодня Католическая Церковь активно восстанавливает свою традиционную миссию: возводятся храмы, открываются новые приходы. Велики её заботы в делах миротворчества, просветительства и благотворительности. Католики, как и представители других религий, стремятся к укреплению единства и согласия всего народа Казахстана». Папа Римский также провел особую встречу с духовенством Казахстана, епископами, священниками, монашествующими и верующими.

Этот исторический визит в Казахстан состоялся как визит лидера мировой религии, человека великой веры, свидетеля Христа неутомимого гуманиста, равно как и человека великой любви ко всем, особенно бедным и угнетённым. Папа посетил Казахстан в критический момент событий мирового масштаба (теракт в Нью – Йорке 11 сентября 2001 г.), и тем более настойчиво прозвучал его голос в пользу молитвы, к которой он призывал верующих мусульман и христиан с тем, чтобы они вместе строили цивилизацию любви, а не насилия.

Папа говорил, что видит в Казахстане великую семью разных народов. Папа был тронут гостеприимством на всех уровнях, о чём неоднократно, к гордости принимавших его, повторял в своих отзывах. «Долгое время я желал этой встречи, и велика моя радость – суметь заключить в объятия с восхищением и любовью всех жителей Казахстана»,- говорил понтифик.

В своем послании российским епископам папа говорил, что не следует падать духом перед лицом трудностей и даже неудач, возникающими на экуменическом пути. Имея поддержку своих действий в молитве, следует всеми силами продолжать созидание полного единства между учениками Христовыми. Чтобы отличительной чертой была любовь – совокупность совершенства.

2 октября 1991г умер Вселенский (Константинопольский) Патриарх Димитриос I, 22 октября его приемником стал Вселенский Патриарх Варфоломей I. Через месяц в Риме состоялась Специальная европейская ассамблея епископов. Впервые в его истории представители других христианских общин участвовали как братские делегаты. Вопреки экуменическим нововведениям и надеждам папы, скоро стало очевидно, что епископы прибыли на Синод с разными намерениями. Варфоломей I прислал на Синод своего представителя митрополита Венецианского Спиридона, православного лидера Италии. Во время экуменической службы митрополит Спиридон публично обвинил восточные католические Церкви, объединившиеся с Римом («униатов») в том, что он назвал новой насильственной оккупацией церквей на Украине и в Румынии. Рим он обвинял в насаждении параллельных миссионерских структур, т.е. новых апостольских администраций в самой России. Члены Синода и протестантские участники экуменической службы были поражены публичными нападками Спиридона на католицизм и папу. Евросинод положил начало новому диалогу, дал опыт епископам по вопросам объединения разъединённого европейского католицизма. Однако, данный евросинод не стал историческим событиям как надеялся папа. Между Церквями сохранились значительные различия. Епископы, вернувшись в свои епархии, были главным образом заняты работой на местах.

В 1993 году прошла седьмая пленарная сессии Объединённой международной комиссии по теологическому диалогу между Римско-Католической Церквями в Баласанде (Ливан). На данной сессии пытались достичь потепления, установить основополагающие принципы отношений между православными и католиками в Восточной Европе и начать новый диалог, который сможет ликвидировать раскол одиннадцатого века перед юбилейным годом. Скромная «оттепель» – это всё чего удалось достичь. Неспособность некоторых католических и православных деятелей объективно оценивать прошлое и соперничество, возникшее между Вселенским Патриархом Варфоломеем в Константинополе и Патриархом Алексием II в Москве, усложнило воплощение в жизнь намерений папы. Но в течение последующих лет Иоанн Павел II был полон решимости проводить новую евангелизацию вместе, а не порознь с православием.

Межрелигиозный диалог, который папа вёл в качестве посла мира, имел целью укрепление свободы совести, уважение религиозных чувств народов, не охваченных Благой вестью и желание, разделяемое многими, направить все религии к примирению между народами, к взаимному прощению, а, следовательно, к миру.

30 декабря 1993г. Святой Престол и Государство Израиль подписали Принципиальное соглашение, которое установило основание для упорядочения законных позиций Церкви в Израиле и обеспечило полные дипломатические отношения между двумя сторонами. Принципиальное соглашение рассматривалось многими как один из мастерских дипломатических ходов понтификата Иоанна Павла II и поворотная точка в истории католическо-еврейских отношений. Итогом интенсивных переговоров, продолжавшихся более полутора лет, стал краткий документ. Преамбула, определяющая место принципиального соглашения в соответствующем историческом и теологическом контексте, начинается с взаимных признаний исключительного характера и всеобщей важности Святой Земли и понимания уникальной природы отношений между Католической Церковью и еврейским народом, включая их недавний процесс примирения и роста взаимопонимания.

Можно отметить то, что Святой Престол не имел достаточной подготовки и хорошего штата для продолжающихся переговоров, успешное завершение которых сыграло бы существенную роль в деле установления качественно нового присутствия католицизма в израильском обществе. Принятое по финансовым соображениям решение разместить нунциатуру Святого Престола в Старой Яффе, а не в Телль – Авиве, и ограничить её штат, усложнило участие представителей Святого Престола в продолжающимся процессе переговоров с элитой израильского общества и дипломатами других этнических групп. Его также замедлял и тот факт, что некоторые израильские политики, как и местные служители Церкви, продолжали сопротивляться соглашению. Невежество в церковных вопросах, распространяющийся израильский секуляризм, также тормозили дальнейший ход переговоров. Потребовалось почти четыре года, чтобы завершить первый и наиболее важный текст, «Соглашение о юридическом лице», о католических институтах в Израиле, подписанное 10 ноября 1997 года. После несколько лет после подписания Принципиального соглашения стало очевидным, что новые отношения между Святым Престолом и Израилем не могли сами по себе изменить другие реальные ситуации в регионе. Количество христиан в Святой Земле после израильско-палестинского соглашения 1993 года продолжало сокращаться, по большей части из-за миграции арабских христиан, подвергавшихся экономическому, политическому, и религиозному давлению. В 1995 году Афиф Сафих, руководитель нового отделения представителей Организации освобождения Палестины при Святом Престоле, был принят в Ватикане, что воспринималось как первый шаг к дипломатическим отношениям с будущим Палестинским государством. Что же касается Иерусалима, то Государственный секретариат был озабочен его будущим и издал в мае 1996 году официальную дипломатическую ноту, повторяющую призыв Святого Престола к созданию «международного юридического инструмента» для защиты «тождественности Святого города», независимо от того, каким образом будет решён вопрос о суверенитете.