В конце мая в Варшаве умер известный и всеми уважаемый Примас Польши кардинал Вышинский. На его место был назначен Юзеф Глемб. Глемб имел степень доктора гражданского и канонического права, и это могло сыграть важную роль на следующем этапе борьбы поляков за религиозные права и либеральные свободы. Словом этот человек знал дух и букву закона, что было в тот момент очень важно.
Мехмет Али Агджа был арестован на площади Святого Петра в день покушения и сразу отвезён в римскую тюрьму Ребиббия, где подвергся тщательному допросу. Суд над ним открылся 20 июня того же года во Дворце правосудия, где он предстал перед судом присяжных. На основании собранных к тому времени доказательств, судья пришел к выводу, что Агджа действовал не один. Существовало несколько версий. Первоначальные предположения западной прессы свидетельствовали о том, что Агджа был религиозным фанатиком, который пытался убить Папу Римского по причине сектантского фанатизма. Ещё одна версия описывала Агджу как ветерана ультранационалистической террористической организации «Серые волки»-турецкой банды фашистского толка. В соответствии с третьей версией Агджа действовал от имени и по поручению Советского Союза. После трёхдневного суда Агджа был признан виновным и приговорён к пожизненному заключению. Через два года папа посетил Агджу в римской тюрьме Реббибия. Понтифик пришел к нему как друг, они долго беседовали.
В послании папы в 1982 года по поводу Всемирного дня Мира, который отмечается 1 января каждого года, решительно отверг фальшивый мир тоталитарных режимов. Папа сообщил аккредитованному при Святом Престоле дипломатическому корпусу во время ежегодной с ним встречи, что человеческое достоинство плотно вписано в человеческое сознание и потребность в свободе всегда будет восходящей, а не нисходящей линией в мировом развитии.
В июне 1982 г. Иоанн Павел II встретился в Ватикане с Президентом США Рональдом Рейганом. Этот визит был совершен понтификом по собственной инициативе для обсуждения проблем взаимоотношении Церкви и власти в Никарагуа, Сальвадоре и Гватемале. Между правительством США и Иоанном Павлом II не было абсолютно никаких политических договоренностей. Свои действия в отношении ситуации в Польше и Латинской Америке, как и участие в разрешении других мировых конфликтов, понтифик проводил абсолютно независимо от чьих либо политических претензий. В феврале 1983г. было проведено чрезвычайное совещание в Ватикане, по поводу, насколько рискованно паломничество папы в Никарагуа. Иоанн Павел II считал, что латиноамериканский католицизм оказался на пересечении нескольких важных проблем. Первая несла на себе печать теологической неразберихи. В особенности это касалось стран Центральной Америки. Все ложные теологические идеи приводили к другой проблеме, затрагивающую жизнедеятельность Церкви и всего религиозного сообщества. В Никарагуа, Сальвадоре и Гватемале так называемая народная церковь всеми силами пыталась заменить собой то, что она называла церковью институциональной. Кроме того, в Никарагуа эта народная церковь пользовалась поддержкой со стороны сандинистского правительства, включавшего некоторых священников. Они оставались членами правительства, игнорируя требования высших иерархов не заниматься политикой. Правительство оказывало серьёзное давление на епископов и простых священников. В ходе революции сложилась весьма скандальная ситуация. Священнослужители поддерживали атеистически настроенное правительства, началось окончательное разложение Церкви. Нечто подобное происходило и на Кубе.
10 января 1984г. между Соединенными Штатами Америки и Святым Престолом были установлены дипломатические отношения в полном объёме.
Это было важное событие после десятилетий непонимания, возникшего в годы правления президента Франклина Делано Рузвельта, и длящегося до конца президентского срока Джимми Картера. Американские президенты опасались нападок со стороны протестантов.
13 февраля папа назначил доктора Жерома Лежене в качестве своего представителя на государственных похоронах Юрия Андропова.
18 февраля 1984 года был заключён новый конкордат между Святым Престолом и Итальянской Республикой, который пересматривал Латеранские соглашения 1929 года и отражал решения Второго Ватиканского Собора по поводу церковного государства. Отныне Римско – Католическая Церковь не считалась официальной Церковью итальянского государства, а религиозное образование в стране становилось добровольным; государственные субсидии священнослужителям должны были прекратиться к концу 1990 года.
Также в 1984 году папа учредил свой фонд для помощи районам Африки южнее Сахары. В конце года папа издал апостольское послание «Redemptionis Anno» (В год искупления), которое было адресовано жителям Иерусалима.
Иоанн Павел II обратился к участникам Всемирного Совета Церквей (ВСЦ) в Женеве (Швейцария). С 1969 г. ВСЦ испытывал серьёзные трудности. Его комиссия по вопросам веры продолжала теологические изыскания и готовила международное исследование «Крещение, Евхаристия и Служба». Связи между странами Востока, а также их отношение к странам третьего мира – стали причиной резкой критики ВСЦ. Однако, при этом ВСЦ оставался «глухим» к требованиям верующих в коммунистических странах. Ассамблея ВСЦ 1983г. в Ванкувере (Колумбия) так и не решилась осудить вторжение советских войск в Афганистан и приняла резолюцию, которая явилась примером поиска морального равенства между советской оккупацией этой страны и западной поддержкой сопротивления афганского народа. В странах третьего мира распространилась программа борьбы с расизмом, поощряющая революционную борьбу против правящих режимов в Южной Африке. Центральный комитет ВСЦ назвал Австралию, Бразилию, Канаду, Чили, Колумбию, Гватемалу, Мексику, Новую Зеландию, Парагвай, Филиппины, Пуэрто-Рико и США в числе стран, где нарушаются права этнических меньшинств. В месте с тем ВСЦ отказался осудить уничтожение сандинистами Никарагуа индейских деревень племени мискито на Атлантическом побережье и их насильственное выселение из родных мест. Обсуждая роль общины в экуменическом движении, Иоанн Павел II постоянно подчёркивал необходимость соблюдения религиозных свобод. Папа говорил, что христианские сообщества не должны поддерживать насилие, как средство достижения социальных перемен, он предлагал альтернативное видение деятельности Церкви в мире, построенное на защите человека, его достоинства, его свободы, его неотъемлемых прав, а также права на полноценный смысл жизнь. ред лицом власти, а ненасилие представлялосьКроме этого папа выступал в Международной организации труда на тему сущность и смысл человеческого труда перед 2000 делегатами из 147 стран. Также понтифик нанёс визит в резиденцию Международного Красного креста и посетил Европейский центр ядерных исследований.
Иоанн Павел II разворачивал кампанию за свободу использования культурного сопротивления как метода борьбы. Чехословацкое правительство отказало папе в визе для участия в службе, посвященной 1100-й годовщине смерти святого Мефодия, в Велеграде. Иоанн Павел II нашёл другой способ воздействия. Он подписал письмо ко свеем священнослужителям Чехословакии, напомнив им, что Мефодий вместе с братом Кириллом создали основы славянской культуры на Востоке Центральной Европы. Папа издал в связи с этим энциклику «Slavorum Apostoli» (Апостолы славян). Эта энциклика представляла фессалоникийских братьев преданными евангелистами, заботившимися как о единстве, так и об универсальности Церкви. Церковь в Чехословакии обрела новое дыхание. Кардинал Томашек стал упорным защитником свобод и сторонником «Хартии 77», движения за права человека. Инструкция Конгрегации по делам епископов, направленная духовенству, запрещала священникам участвовать в политических движениях. События в Велеграде объединили лютеран – чехов и католиков – словаков, удалив внутреннее этническое разделение между ними. Отмечаемая годовщина объединила набожность с сопротивлением режиму, показав участникам движения, что они могут отказаться от манипулирования ими (как в случае с фальшивым «фестивалем мира»). Католицизм в Чехословакии начал серьёзное сопротивление коммунистическому режиму.