Кульминацией вспышек XVI века стала Тридцатилетняя война 1618-1648 годов. Правители не выходили на поле боя, за исключением шведского короля Густава Адольфа, а генералы оставались вне пределов досягаемости пушек. Армии состояли из призывников и наемников и обычно превышали 100 тыс. человек, хотя на одно сражение можно было мобилизовать не более 30 тыс. человек. Хотя основными непосредственными мотивами была религиозная ненависть, именно характер войны приводил к наибольшим потерям. Пехота и большинство кавалерии были вооружены мушкетами, которые поддерживались артиллерийскими батареями. Поскольку в бою солдаты все еще стояли на ногах, потери росли. Но потери среди гражданского населения были еще хуже. Армии жили за счет земли, грабя огромные территории, чтобы выжить. По мере того как война затягивалась и в нее вступали новые армии, земля не могла обеспечить всех солдат и мирных жителей, поэтому мирные жители гибли. Голод и чума, а также разграбление деревень и городов приводили к массовой гибели мирного населения. Основным театром военных действий стала Германия. В ней погибло, возможно, 20% всего населения, а в провинциях, оказавшихся в зоне боевых действий, эта цифра достигла 60%. Общие потери составили около 8 млн. человек. Знаменитые эпизоды усугублялись религиозной ненавистью, например, резня, устроенная католической армией в Магдебурге в 1631 году и протестантами Кромвеля в Дрогеде в 1649 году. В более ранние периоды спорадические вспышки ереси приводили к отдельным ужасам, но в этот период наблюдалась постоянная жестокость, отчасти религиозная, отчасти направленная на выживание, отчасти продиктованная жадностью.

Второй причиной войны стал геополитический сдвиг внутри континента. В войну была вовлечена практически вся Европа. Война включала в себя геополитическое балансирование против другой предполагаемой попытки гегемонии со стороны императора Священной Римской империи, чья династия Габсбургов в тот момент также управляла католической Испанией, большей частью Италии и испанскими Нидерландами. Шейдель утверждает, что любая попытка гегемонии была обречена на провал, но другие государства воспринимали ее иначе. Габсбурги представляли особую угрозу для немецких князей федеративной империи. Сопротивление началось в Богемии, а затем перекинулось на протестантских князей северной и западной Германии, которым затем оказали помощь крупные протестантские государства - Голландия, Дания, Швеция и Англия. Этим государствам помогли два экономико-экологических сдвига. Сельскохозяйственные технологии теперь позволяли осваивать более тяжелые, орошаемые дождями почвы северо-запада, а морское судоходство открыло торговлю из Атлантики и Балтики, которая соперничала со средиземноморской. Протестантские правители и знатные клиенты также извлекали выгоду из захвата монастырских владений. По эколого-экономическим причинам геополитическая власть перемещалась из Средиземноморья на северо-запад Европы. Это оказалось устойчивой европейской тенденцией.

Имели значение также убеждения и династические проблемы правителей. В Англии Генрих VIII из-за своих браков и репродуктивных проблем не смог произвести на свет наследника мужского пола. Это вынудило его перейти в протестантизм, так как папа не хотел аннулировать его серийные браки. Генрих был колеблющимся протестантом, вызывавшим жжение как у ревностных католиков, так и у протестантов. Во время недолгого правления его сына, мальчика Эдуарда VI, католики были сожжены на короткое время. Его преемница Мария сжигала протестантов, а Елизавета покончила со всеми католиками, кроме тайных. Все это было приверженностью ценностной рациональности, которую сегодня сочли бы неразумной.

Геополитическое балансирование пересекало религиозные границы только в двух случаях. Во-первых, протестантская Венгрия вступила в союз с мусульманской Османской империей, чтобы противостоять католическим австрийским и польским нападениям. Впоследствии армии Габсбургов сражались на стороне католиков, а шведские, датские, голландские и английские войска по геополитическим и религиозным причинам выступали на стороне протестантов. Геополитическая цель английских правителей заключалась в том, чтобы не допустить союза двух крупнейших католических держав - империи Габсбургов и Франции. Когда эта политика срабатывала, потребность англичан в участии в войнах уменьшалась. Поскольку империи Габсбургов противостояли ее протестантские князья, она создавала большие армии. А поскольку это угрожало и французским правителям, то союз, которого так боялись протестанты, так и не состоялся, и католическая Франция, решив внутреннюю проблему гугенотов (протестантов) путем компромисса, отдала предпочтение геополитике, а не религии. Чтобы противостоять власти императора, французский король помог финансировать протестантские армии, а затем в 1630-х годах французские войска сражались вместе с ними. Эта коалиция переломила ход событий, и гегемония Габсбургов была прервана. Французские правители, очевидно, просчитывали шансы альтернативных вариантов. Другие правители тоже не были лишены расчета, но они заключали союзы с единоверцами.

Таким образом, война имела несколько причин: взаимно враждебные религиозные идеологии, смена экономической эксплуатации различных экологий, геополитические сдвиги, внутренняя политика правителей. Война усугублялась военными и экологическими факторами, но теперь Европа оставалась многогосударственной системой. Рим не мог вернуться, считает Шайдель.

Три договора, подписанные в 1648 г. делегациями 109 европейских государств, закрепили, по сути, победу протестантов и французов. Эти договоры, известные как Вестфальский мир, создали прецедент прекращения войн путем дипломатического конгресса. Теоретически теперь существовало мирное сосуществование суверенных государств, подкрепленное балансом сил и нормой о недопустимости вмешательства во внутренние дела друг друга. Эти принципы стали нормами современного международного права, хотя на практике они часто нарушались. Договоры подтвердили латинский тезис Cuius regio, eius religio - "чье царство, того и религия" - каждый правитель мог выбирать религию для своих земель, что укрепило монархическую власть и способствовало развитию лютеранской и англиканской версий протестантизма. Европа оставалась христианской, но это уже не означало единой веры. Большинство пунктов договора подтверждали суверенитет множества мелких государств Германии. Урегулирование вызвало массовую миграцию меньшинств в государства, контролируемые их единоверцами, что повысило однородность государств, облегчило создание протонациональных армий и снизило зависимость от иностранных наемников. Многие превозносят "Вестфальскую систему" как новорожденную геополитическую систему, но это преувеличение. Это также не было переходом от гоббсовской к кантовской форме анархии, как утверждает Вендт. Это был возврат к ограниченным войнам, пусть и между более крупными армиями. Действительно, консолидация государств и их финансов в военные машины продолжалась на протяжении веков до и после 1648 года.

Калеви Холсти и Эван Луард показывают, что в период с 1648 по 1789 год количество войн несколько уменьшилось. Большинство войн велось между крупными державами, обычно длилось несколько лет и было безрезультатным. Основными вопросами были спорные границы, затем контроль над морской торговлей и стратегическими военно-морскими портами; династические вопросы отошли на третий план. Теперь войны не велись из-за религии. Войны стали более капиталоемкими, поэтому государства стали больше заботиться о доходах и централизоваться. Меркантилизм рассматривал мировое богатство как конечное, и все больше войн велось ради экономических целей. Правители считали, что приобретение большей территории обеспечит большее количество солдат и налогов, а мореплавание - большее богатство за счет экспансии в мире. Государи и их советники инициировали действия, а народ не играл никакой роли, за исключением того, что более процветающие классы, представленные в английском парламенте, и голландская торговая элита сыграли важную роль, способствуя формированию военно-морской политики "голубых вод", в меньшей степени ориентированной на европейские обязательства. Это должно было сыграть на руку островным англичанам в их глобальной борьбе с Францией, поскольку Франция была расколота на "две Франции": одна, обращенная к континенту, призывала к расширению армии, другая, обращенная к Атлантике, - к расширению флота. Французским правителям никогда не удавалось справиться с обеими задачами одновременно.

В ответ на религиозные войны война стала более регламентированной. Уменьшилось воздействие на гражданское население. Численность армии увеличилась, поскольку она обзавелась собственными складами и системами снабжения, перестав жить за счет земли. Аристократическая честь и правила войны сдерживали дикость. Города не разграблялись, их жители не уничтожались. В среде интеллигенции велись дискуссии о причинах и ведении войн, заключались многочисленные договоры об их прекращении, а международные соглашения о выкупе пленных распространялись как на простых солдат, так и на аристократов. Эмерик де Ваттель, один из первых теоретиков международного права, утверждал, что "европейские народы почти всегда ведут войну с большой терпимостью и великодушием". Войны XVIII века обычно велись для достижения четких и ограниченных целей и заканчивались заключением договоров. Войны планировались, они редко возникали в результате недоразумений, путаницы или случайностей. Этот период действительно напоминал реалистский рациональный расчет средств. Однако война не приносила людям особой пользы.