Венеция встретила поражение с характерной для нее решительностью, опозорив и посадив в тюрьму Гримани. Гримани обвинил в трусости и нелояльности своих подчиненных. Альвизе Марчелло, командующий парусными кораблями, вступил в бой, но отступил после того, как два его подчиненных были убиты мощным каменным снарядом. Его действия подчеркнули глубокое психологическое воздействие этих снарядов. Марчелло, в свою очередь, обвинил Гримани в плохой тактике и путанице в приказах. Генерал-капитан не смог скоординировать действия своих войск, и они оказались не в курсе общего плана. Гримани выполнял приказы Сената, которые не отражали новых обстоятельств. Очень важно, что все старшие командиры оказались в тылу флота и не могли показать пример или отреагировать на открывшиеся возможности. Лоредан обеспечил образцовое, вдохновляющее руководство, но на смену ему из флота никто не пришел. Год спустя в другом сражении у Зонкио проявилась та же недисциплинированность. Модон, Корон и Зонкио пали под ударами османских войск, и султан отозвал свой флот в Стамбул. Эти две неудачи у Зонкио отразили плохую тактику, неэффективное руководство и неспособность набирать войска, и положили конец венецианскому господству на море.
После отхода турецкого флота венецианцы в ходе ряда впечатляющих амфибийных операций закрепили за собой жизненно важные морские базы. Бенедетто Пезаро разрешил своим экипажам грабить захваченные города, казнил неугодных османских лидеров, а капитанов, не выдержавших испытания боем, опальных или казненных, независимо от их связей. Его действия способствовали восстановлению дисциплины среди офицеров, возрождению морального духа на нижних палубах и улучшению комплектования флота, в значительной степени восстановив венецианское превосходство.
Хотя психологический эффект тяжелых орудий был очень велик, массивные турецкие бомбарды было практически невозможно перезарядить в бою. У Зонкио бой между большими парусными кораблями превратился в обмен ракетами и острым оружием, в котором побеждали венецианцы. В отчаянии турки прибегли к зажигательным средствам и подожгли все три каррака. Масштаб и значимость сражения привели к тому, что это одно из первых морских сражений (если не первое) было представлено на современной гравюре и продавалось по всей Европе. Введение тяжелых пушек совпало с новой эрой жестокости. Альбано д'Армер, капитан второго венецианского корабля, погибшего при Зонкио, был распилен на куски в Стамбуле по приказу султана Баязета II.
После Зонкио Венеция усилила укрепления морской империи, но эта стратегическая система начала распадаться, когда османы создали единую гегемонистскую исламскую империю, завоевав в 1516 г. мамлюкский Египет. Теперь султан объединил военно-морские ресурсы с контролем над торговлей пряностями. Венецианская заморская империя, подобно барсидскому Карфагену, при доминировании гегемона на море оказывалась подавленной превосходящими силами на суше. Некоторые форпосты быстро пали, остров Кипр был разрушен за одну кампанию, но оборона Крита оказалась надежной. Кандия выдержала длительную осаду и пала только в 1669 г., потому что у Венеции не хватило морской мощи и средств для поддержания обороны. Героическая оборона изолированного портового города стала стандартом венецианской войны с 1470 года, когда Мехмет II взял Негропонте, и до успешной обороны Корфу в 1716 году; крепость была освобождена свежими войсками, высаженными после морской победы, при поддержке сухопутного наступления Габсбургов. Венецианский флот держал открытое море у Корфу.
Через десять лет после поражения при Зонкио сухопутные амбиции Венеции получили не менее глубокое потрясение. Поражение при Агнаделло в 1509 г., когда Италия стала доминировать в венецианской политике, - сражение, происходившее гораздо ближе к Милану, чем к Венеции, - стало высшей точкой земных амбиций. Противник принадлежал к недолговечной Камбрейской лиге - союзу между Францией, империей, Папой Римским и другими итальянскими государствами. После Агнаделло Венецианская империя распалась с поразительной быстротой. Однако более важным моментом, который часто упускают из виду, является то, что величайший европейский союз эпохи был создан именно для противостояния Венеции, поскольку Венеция наводила ужас на светских и духовных глав половины континента. Лига отражала статус Венеции как великой державы. Быстрота, с которой Республика вернула себе большую часть утраченных территорий, завершив этот процесс к 1516 г., усилила эту идею. Лига распалась, но Венеция выстояла. Она также извлекла урок. После 1529 г. она стала придерживаться политики нейтралитета, "уверенность в себе постепенно сменилась растущим осознанием того, что роль Венеции в международных делах стала меньше, чем прежде, и что в результате иностранных вторжений 1490-х гг. контроль над [Итальянским] полуостровом оказался в руках Габсбургов и французов". Когда Папа Римский и Карл V заключили мир в Болонье в 1529 г., они проигнорировали Венецию, что стало "водоразделом между эпохой венецианского воинствующего триумфализма и новыми реалиями". Отныне выживание Венеции зависело от балансирования и манипулирования интересами Франции и Испании.
Не имея возможности сопротивляться, Венеция приспособила прошлое к новой ситуации, наложив на него римскую культурную оболочку. В 1516 г. был назначен официальный историограф , а десятилетие спустя - новый гражданский архитектор, чтобы навязать более узнаваемые римские фасады. Не имея классического облика, характерного для других итальянских гражданских центров, Венеция заново создавала городское пространство для достижения политического, литургического и художественного эффекта. Площадь Сан-Марко и Пьяцетта, соединяющая ее с лагуной, а также Дворец дожей были преобразованы в римский Форум, наполненный ароматом императорской власти и гражданского величия. Это пространство должно было произвести впечатление на иностранные державы и народные массы, превратив Венецию в новый Рим, Иерусалим и Константинополь.
Хотя римская идентичность Венеции была в значительной степени вымышленной, она выполняла полезную функцию нормализации венецианской власти, придавая самобытной республике узнаваемую земную форму. Старые республиканские добродетели служили прекрасным инструментом контроля над низшими слоями населения. Такая переделка идентичности подчеркивала стабильность и избегание риска. Это также отвечало интересам олигархии, захватившей власть в Венеции во время войны с Лигой. Правящий класс раскололся, власть перешла к элитной группе старых правящих семей, что ознаменовало последний шаг в окостенении венецианской элиты как "небольшой, тесно сплоченной группы, которая держала в своих руках все решения, касающиеся жизни жителей и политики республики". В то же время олигархи освободились от запрета на земные инвестиции. Поворот к римскому прошлому и римской общественной архитектуре отражал реальность: Венеция больше не была морской державой.
Венеция восстановила тексты и образы прошлого для внутренней и внешней аудитории. Новые виды искусства, масляная живопись из Нидерландов и итальянская гуманистическая литература передавали мощь государства. Витторио Карпаччо, "первый великий художник-маринист", использовал галеры и парусные суда для изображения венецианской специфики и власти: "ни у одного другого художника корабли не играют столь важной роли". Карпаччо очень подробно изобразил современные корабли. Его работы относятся к эпохе тревоги, когда османская экспансия и итальянские войны бросили вызов венецианской модели. Установившийся политический и социальный порядок нуждался в укреплении, а государство стремилось продемонстрировать долговечность и могущество. В отсутствие королей, армий и обширных территорий венецианцы делали упор на гражданское величие, церемониал и создание подходящего, развивающегося "Мифа о Венеции". Иностранные гости были ошеломлены масштабами и роскошью этих произведений.
В 1516 г. Карпаччо создал для одного из государственных учреждений "Льва Святого Марка" - аллегорию, подчеркивающую безопасность города и его торговли. Лев-апостол , стоящий наполовину на суше, наполовину в море, несет весть о мире, который необходим для торговли, представленной флотилией торговых судов на заднем плане, а герцогский дворец олицетворяет стабильность, правительство и закон. Время для создания картины было очень важным. Изображение Карпаччо, "Миф о Венеции", появилось вскоре после катастрофы при Аньяделло и потери османами ключевых элементов торговой сети Эгейского моря. Стремясь к миру с восточным владыкой и западными соперниками, Венеция старалась произвести впечатление и на тех, и на других, используя символы могущества и усиленный флот, которые были обращены в обе стороны и помогали поддерживать гражданскую гордость и социальную сплоченность.
Закрытая социальная структура, сложившаяся в 1297 г., обязывала правящую элиту заручаться согласием низших сословий с помощью гражданских жестов, церемоний и праздников. В конце XV в. зарождающиеся благотворительные фонды - Scuole Grandi - создают сообщества, преодолевающие старое социальное разделение, поддерживаемые благотворительностью и представленные историческими и религиозными образами. Они связывали отдельные общины и группы вокруг общего места жительства или призвания, где ведущую роль играли горожане и popolari в миниатюрных республиках, дававших низшим слоям доступ к гражданским лидерам. Залы собраний, украшенные историческими и религиозными образами, подчеркивали прошлое Венеции и роль божественного начала в ее расцвете.