От общо 160 народни представители в XXV Обикновено народно събрание на подсъдимата скамейка са поставени 127 от тях, определяни като „правителствено болшинство“. Възрастта им е от 30 до 60 години.
При прочитане имената на подсъдимите се установява, че от 127 бивши депутати присъстват 111, в неизвестност са 7, а починали 9. Общата част на обвинителния акт е подобна по съдържание, както при Първи върховен състав, с допълнението, че народните представители „са били верни и са дали подкрепа на фашистките кабинети от 1.1.1941 до 9.IX.1944 г.“.
По-късно един лондонски журналист, присъствал на процеса, споделя с ръководителя на английската мисия към Съюзната контролна комисия: „Бившите депутати влизаха в съдебната зала по двама на дълга върволица, пазени от въоръжени мъже с груби лица. Повечето от тях навеждаха глави и стъпваха несигурно. Останах с впечатлението, че те осъзнават съдбата си. Всичко това ми напомняше на антична трагедия. Питам се дали това е Европа.“
Съдебното дирене протича по определена процедура. Въпросите към подсъдимите са същите, както при Първи върховен състав, но за печелене на време са съкратени на три, а след първите заседания — на две групи. Никой от съдиите с изключение на Марин Гешков няма право да задава самостоятелни въпроси освен чрез председателя на съда, като му дава написана бележка. А той от своя страна след приключването на всяко заседание свиква в кабинета си народните съдии, за да обсъдят протичането на процеса. Председателят на съда се допитва до тях и дали не е допуснал „грешки“ в смисъл склонение от партийните инструкции, за да могат те по-нататък да се избягват.
Наредбата-закон дава възможност на подсъдимите да представят своите възражения и посочат доказателства в 7-дневен срок след връчване на обвинителния акт. Освен това те имат право да дават свободни и подробни обяснения пред съда, както и да посочат неограничен брой свидетели и писмени доказателства. По първия процес броят на свидетелите възлиза на около 400 души, а по втория — от 20 до 50 на всеки един от народните представители. При това положение спазването на техните права би означавало делата да се проточат с няколко месеца над предвидения за тяхното завършване срок. Съобразявайки се със създалата се ситуация, председателят на Втори върховен състав Светослав Кираджиев решава да допусне до съда 15 процента от общия брой на посочените свидетели, или по 2–3 души на подсъдим. Те трябва да бъдат предимно от София, за да не се проточи процесът по неговите думи „поради неявка на свидетели“. По подобен начин процедира и Първи върховен състав на Народния съд.
Секретариатът на ЦК на БРП (к) се намесва
На 27 декември 1944 г. с радиограма Трайчо Костов информира Георги Димитров в Москва: „Не сме съвсем доволни от хода на Народния съд. Оказва се не съвсем добре подготвен поради бързането да се свърши по-скоро. Дознанието на царедворците, които не са бутнати дори с пръст, е дало незадоволителни резултати. Държат линия на отричане, на стоварване всички криви дърва върху царя, а те били само чиновници. Народните съдии и народните обвинители също се оказаха не съвсем подходящи. Вземаме необходимите мерки, за да се поправи каквото може.“
На следващия ден Секретариатът на ЦК на БРП (к) свиква съвместно заседание с главния народен обвинител Георги Петров, народните съдии и обвинители (членове на партията) Светослав Кираджиев, Вера Начева, Рада Тодорова, Марин Гешков, Димитринка Йосифова, Никола Гаврилов, Владимир Димчев, Богдан Шулев и Върбан Ангелов. В дневния ред има една-единствена точка: ход на Народния съд и мерки за отстраняване на констатираните недостатъци. Изказванията на присъстващите дават възможност да се очертаят две групи слабости. Първата се отнася до лошата организация на съдебния процес. Тя се изразява според Трайчо Костов преди всичко в това, че „подсъдимите нямат респект към съда, отговарят седнали, говорят колкото си искат“. Нито един от тях не се признава за виновен, а вниманието се съсредоточава върху несъществени въпроси, поставени случайно, вместо по план, и т. н.
Втората група недостатъци се отнася до самите съдебни състави. Народният съдия Рада Тодорова от Първи върховен състав недоволства от съдията юрист Стефан Манов, който по нейните думи се държи „несериозно, като задава хумористични въпроси“ и с това „убива политическия ефект“. Подобно е мнението на председателя на същия състав Богдан Шулев за народния обвинител Атанас Армянов. „Обвинителят Армянов, казва той, задаваше неуместни и излишни въпроси, а моя е вината, че не го прекъснах. В бъдеще не ще го оставям с въпросите си да разводнява съдебното дирене.“ Богдан Шулев се оплаква и от един друг народен съдия — Минчо Манов от „Звено“, който най-често спял на заседанията, а на едно от тях „заплака, трогна се“.
Народният съдия от Втори върховен състав Марин Гешков е на мнение, че неговите членове не са съвсем сполучливо подбрани. Някои от народните съдии не проявявали активност и заинтересованост, не били запознати с делата и се държали безразлично. Според Марин Гешков съдията Цветков (препоръчан от звенарите) „е без авторитет в родния си край, занимавал се е с далавери“. В действителност неговата критика произтича от това, че като професионалисти съдиите юристи не се интересуват от фактическата страна на процеса, а само от формалната, юридическа страна. В тази връзка Светослав Кираджиев препоръчва „двамата председатели да образуват ядра от по 7–8 души, здрави наши хора, под чието влияние да бъдат разпределени останалите съдии“. Нужно е, продължава той, „да имаме сигурно болшинство в пресата, за да не се дава всичко, а само това, което изобличава подсъдимите“.
В изказването си главният народен обвинител Георги Петров смята, че първият процес отначало е вървял мудно. Никой от царските съветници не е дал признание, показвали са се в благоприятна светлина. Що се отнася до най-близкия съветник на монарха арх. Йордан Севов, той твърди, че „неговата роля е разкрита“. Но за довереника на царя дъновиста Любомир Лулчев Георги Петров се колебае, смята, че „работата е неясна“ и той не е играл „пакостна роля“.
Членовете на Секретариата на ЦК на БРП (к) не са доволни от обясненията на народните съдии и обвинители. Общото мнение е, че Народният съд се държи твърде меко с подсъдимите. Титко Черноколев заявява: „Подсъдимите се оставят излишно да декламират. Трябва да се прекъсват.“ А Петко Кунин съветва съда да се пази от това да смята, че подсъдимите депутати са били безволни изпълнители и правели каквото им кажат и следователно имат смекчаващи вината обстоятелства. Такава нотка според него се прокрадвала и във вестниците.
Още по-смущаващ е изнесеният от Марин Гешков факт, че в досиетата на народните представители има приложени заявления и показания на членове на БРП (к) в тяхна полза. Препоръката е да се види кои са тия „другари-ходатаи“ и да им се иска обяснение.
Недостатъците и слабостите на Народния съд са обобщени от Трайчо Костов. „Вярно е, казва той, че за това има и обективни причини: за първи път имаме Народен съд, нема време да се подготви добре, трябваше да се бърза със започването и завършването на съда, защото народът вече негодуваше.“ Той признава, че поради това дознанията се оказват не съвсем добре проведени, няма достатъчно признания и други материали, които да послужат за основа на обвинението, самите обвинители не са могли добре да проучат документите. В заключение Трайчо Костов набелязва конкретни мерки за подобряване работата на съдебните състави. Първо, трябва да се върви с допустимата максимална скорост, без обаче съдът да се претупва, за да не се „изгуби политическият ефект“. За целта да се ускори разпитът на свидетелите, да има план при разпита на всеки обвиняем, да се обръща внимание на съществените неща.
Във връзка с поведението на милицията, която според Никола Гаврилов „пречи и злепоставя съда“, Трайчо Костов поема ангажимент да разговаря с нейното ръководство. Той ще иска в съдебните зали да бъде пускана повече публика, както и да се поставят отново високоговорителите. Публичността обаче според Трайчо Костов ще се свежда до това „да се издават карти за влизане на делегации от профсъюзите, масовите организации, партийните групи, кварталите“.