В края на седемдесетте години на XX век след Хр. бяха разкопани три изключително богати на находки гробници сред могилите край Вергина (древната Егея). Не трябва да ни учудва фактът, че най-важната от тях — гробница II — бе обявена от археолога Манолис Андроникос за „Гробницата на Филип II“. Поради липсата на неоспорими доказателства за идентичността на намерените останки, датирането на тази гробница се ограничило до доста субективни преценки. Все пак трябва да се признае, че стилът на откритите там артефакти допуска датиране към третата четвърт на IV век пр.Хр. Високото качество на изработката и обилното количество предмети — да не говорим за местоположението на обекта и за пищното оформяне на гробницата — не оставят много място за съмнения, че наистина са открити следи от царствено погребение на някой от представителите на Македонската династия. Нещо повече: откриването на известен брой дребни статуетки от слонова кост, включително бюстове на Филип и Александър, придават още по-голяма достоверност на тази идентификация. Анализът на мъжкия скелет и неговите зъби ни позволява да предполагаме, че смъртта е настъпила някъде между четиридесетте и петдесетте години. Известно е, че Филип е умрял през юни 336 г. на четиридесет и шестгодишна възраст.

Но не е достатъчно само да се припомни кога е умрял Филип. Както вече споменахме, той бил убит по време на празненствата около женитбата на дъщеря му Клеопатра. Една многозначителна подробност: очаквало се малко след тази женитба Филип да издаде заповед за началото на похода срещу Персийската империя, който той вече бил насрочил. Но защо са го убили? Ето какво е станало (според официалната версия): убиецът Павзаний — който не само че бил сред най-приближените до Филип придворни, но и един от седемте най-предани нему телохранители — бил мотивиран от лична вражда срещу царя, зародила се вследствие на сериозно хомосексуално насилие и унижение, за което не получил никаква компенсация от Филип. Освен това Павзаний бил подпомаган и подстрекаван от своите приятели, сред които най-активни били двама братя от аристократичните кръгове в Линсестия (една от областите в Горна Македония). Съществуват няколко причини, за да се съмняваме в тази официално представяна версия или поне в това доколкото може да се приема за достоверна според оцелелите до наши дни източници. Вероятно биха могли да се намерят основания за подозрения дори спрямо самия Александър за съучастие в замислянето на това кърваво злодеяние. Обвинението срещу него в отцеубийство не може да бъде доказано, ала осъществяването на това престъпление свидетелства за нравите, господстващи сред македонската върхушка от онази епоха.

Александър още от самото начало на присъствието си в царския двор не криел негодуванието си срещу влиянието на македонския аристократ Атал върху Филип. Предишната година Атал убедил Филип да се ожени за неговата племенница и повереница Клеопатра (така тя станала седмата по ред съпруга на македонския цар), докато самият Атал се оженил за дъщерята на един от най-високопоставените пълководци в обкръжението на Филип — Парменион, който тогава оглавявал и дворцовата администрация. Атал не криел очакванията си от женитбата на Клеопатра и Филип да се роди дългоочакваният законен наследник на македонския трон. Това недвусмислено обвинявало Александър като незаконно роден или поне като недостатъчно достоен претендент за короната. Причината се криела в това, че майка му Олимпия не притежавала чистокръвно потекло от клановете на македонската аристокрация, тъй като била гъркиня от Епир. Александър реагирал така яростно, че баща му се принудил да го отстрани от двора заедно с майка му Олимпия, което по-скоро приличало на изгнание. Все пак майката и синът оставали в пределите на царството. Олимпия предпочела да се оттегли в двора на своя брат Александър, цар на молосите. Вероятно в знак на помирение (или поне като опит за предотвратяване на евентуалното надигане на молосите срещу него) Филип побързал да ожени дъщеря си от Олимпия — другата Клеопатра (родната сестра на Александър) за вуйчо му Александър, цар на молосите. Именно по време на тази сватба Филип бил убит. Така двойната царска сватба приключила с погребението на македонския владетел.

Нещо повече: някои антични източници твърдят, че Олимпия и Александър съзаклятничели с цел да бъде отстранен Филип, при това колкото може по-бързо, за да не бъде Александър лишен от възможността да наследи престола. Особено красноречив в тази връзка бил следният епизод: след като Филип отменил заповедта си за изпращане на Александър в изгнание и го повикал при себе си в столицата Пела, царският син започнал тайни преговори за женитба с дъщерята на Пиксодарий от Кария — персийски сатрап от Мала Азия с второстепенно влияние. Очевидно Александър предприел тази стъпка, защото се опасявал от дипломатически и династични усложнения около замислената от него женитба, още повече че до неотдавна самият Филип преговарял с персиеца за женитбата на дъщеря му с Архидей (природен брат на Александър). Когато узнал за тези тайни преговори, Филип прогонил от двореца петима от най-близките приятели на Александър, на които се наложило да поемат вината вместо него: Птоломей и Харпал от Горна Македония и тримата гърци: критянина Неарх, заселил се в Амфиполис, както и братята Еригий и Лаомедон от Митилен на остров Лесбос.

Тази петорка от Пела представлявала доста интригуващ пример за състава на македонския елит, сред който присъствали представители на няколко нации — същия елит, за чието събиране и насърчаване Филип полагал толкова усилия. Петимата можели да послужат като красноречива илюстрация и за това как Александър подбирал най-близките си приятели извън кръга на приближените към баща си. В случая не е най-важното дали Александър имал правото да постъпва така или само се опасявал, че Филип възнамерява да го лиши от престолонаследието. Най-важното е, че Александър по всяка вероятност е подозирал това и силно се е опасявал от подобна възможност с фатални за бъдещето му последици.

Трета причина за подозренията относно евентуално съучастие на Александър в убийството на баща му е свързана с отношението му към похитителя. Вместо да заповяда да задържат Павзаний и да го изправят пред съда, Александър се погрижил убиецът да бъде ликвидиран буквално на местопрестъплението, като се възползвал от помощта на трима от най-близките си приятели. Любопитно е да се отбележи, че по-късно двама от тях били издигнати от него на завидно високи длъжности. Последното, четвъртото основание за подозренията относно съучастието на Александър в заговора се базира на неяснотите около ролите на останалите заговорници (според официалната версия за убийството на Филип). В нито един от достигналите до нас източници не се намира конкретно и издържано обвинение срещу двамата братя от Линсестия. По-вероятно е Александър просто да се е възползвал от смъртта на баща си, за да отстрани всички потенциални претенденти за трона. Във всеки случай това е най-правдоподобното обяснение за гибелта на неговия братовчед Аминтас, чиито претенции към македонския трон вече били отхвърлени от Филип още през 360/359 г. Както често се случва при подобни династични междуособици, много скоро след гибелта на Филип Александър заповядал да бъдат убити още и Атал, и племенницата му, а заедно с тях дори и детето й от Филип.

Така се стига до подозрението за вината на Александър, което въпреки че се базира само на косвени последици, все пак е доста впечатляващо. Макар и да не може да бъде доказано, това подозрение хвърля сянка на съмнение. Все пак нямаме основания да приемаме докрай тази версия, като базираме разсъжденията си единствено на това, че Александър се е оказал най-много облагодетелстван от смъртта на Филип. Но също така лесно може да бъде оспорвано и обратното твърдение, според което убийството станало по някаква странна случайност, точно когато това било най-изгодно за Александър. Той действал изолирано от повечето придворни в Пела и като реагирал незабавно, за пръв път доказал способностите си да се противопоставя интелигентно на всяка неблагоприятна за него промяна в ситуацията — качество, което по-късно неведнъж се е проявявало в действията му и което е било характерно за неговата необикновена дарба на стратег. Заслужава да се отбележи също и начинът, по който Александър възнаградил приятелите си, които по време на дворцовите междуособици останали лоялни към него — това е друга отличителна черта в стила на управление на Александър. Длъжни сме също да напомним, че в този период (края на лятото и началото на есента на 336 г.) той все още с нищо не бил заслужил да бъде наричан „Александър Велики“, тъй като не бил извоювал никакви по-забележителни военни успехи. Тогава бил само на двадесет и една години, макар че вече бил стъпил с единия си крак на стръмната стълба, водеща към постигането на върховната власт.