С другой стороны, арабы заявили о трех правах, вытекающих из соглашений о перемирии. Во-первых, они утверждали, что соглашения не прекращают состояние войны с Израилем и что поэтому международное право не запрещает им отказывать Израилю в свободе судоходства, объявлять ему экономический бойкот и вести против него пропагандистскую кампанию. Во-вторых, они настаивали на том, что линии перемирия являются лишь линиями прекращения огня, а не международными границами, и что поэтому Израиль подлежит ограничению в правах на развитие демилитаризованных зон и эксплуатацию их водных ресурсов. В-третьих, они утверждали, что соглашения о перемирии не отменяют права перемещенных палестинцев на возвращение на свои земли, и поэтому использование Израилем этих земель не является легитимным. Более того, утверждали они, палестинцы имеют право бороться против оккупации своей земли, и арабские государства не обязаны сдерживать эту борьбу.
Задача примирения этих двух радикально различных трактовок и превращения соглашений о перемирии в мирные договоры была возложена ООН на Палестинскую согласительную комиссию (ПКС). ПКК пригласила Израиль и его соседей на конференцию в Лозанну, которая продолжалась с перерывами с апреля по сентябрь 1949 года. Израильтяне участвовали в ней неохотно, поскольку с самого начала рассматривали конференцию как бесплодный дипломатический ход и не возлагали на нее никаких надежд. Что касается процедуры, то Израиль предпочитал прямые двусторонние переговоры с каждой из арабских сторон спора, тогда как ПКК могла предложить лишь непрямые переговоры между Израилем и арабскими делегациями в целом. Что касается существа вопроса, то было предсказуемо, что на Израиль будет оказано давление с целью заставить его пойти на уступки ради мира, когда его основополагающей позицией является сохранение демографического и территориального статус-кво. Поэтому израильтяне подошли к Лозаннской конференции в настороженном и оборонительном настроении, потратили все свое время на борьбу с давлением со стороны ПКК и правительства США и вздохнули с облегчением, когда конференция закончилась безрезультатно. Вся конференция, по словам одного из членов израильской делегации, была «упражнением в тщетности».
Арабские правительства также подошли к Лозаннской конференции в бескомпромиссном настроении. Им удалось в определенной степени сплотить ряды перед лицом общего врага и горьких последствий поражения; они координировали свою политику и выступали единым фронтом в отношениях с ПКК. Отвергнув резолюцию ООН о разделе территории от 29 ноября 1947 г., они теперь хотели вернуть время назад и использовать ее в качестве основы для урегулирования отношений с Израилем. Послевоенный статус-кво был для них абсолютно неприемлем в качестве основы для урегулирования. На самом деле их позиция была гораздо более экстремальной, чем это казалось в то время. Выработанная Лигой арабских государств, она была обязательной, по крайней мере, теоретически, для всех стран-участниц. Из внутреннего отчета генерального секретаря Лиги арабских государств следует, что официальная позиция заключалась в том, что территория еврейского государства должна быть такой, как определено в резолюции ООН о разделе, но с двумя оговорками. Во-первых, некоторые части еврейского государства должны быть отделены, чтобы освободить место для беженцев, которые не воспользовались своим правом вернуться в свои родные места. Во-вторых, если Израиль решит оставить за собой часть территорий, захваченных в ходе войны, он должен будет компенсировать это арабам, передав им другие части, выделенные ООН еврейскому государству. Одним словом, Лига арабских государств после проигранной войны предложила предоставить Израилю еще меньше территории, чем это было сделано картографами ООН в 1947 году.
На Лозаннской конференции двумя основными предметами спора были беженцы и территория. Позиция Израиля по первому вопросу была ясной и четкой: арабские государства ответственны за проблему беженцев, поэтому ответственность за ее решение лежит на них. Израиль готов внести скромный финансовый вклад в решение этой проблемы, но только в рамках общего урегулирования конфликта и только при условии, что беженцы будут переселены в арабские страны. По второму вопросу позиция Израиля заключалась в том, что постоянные границы между ним и его соседями должны быть основаны на линиях прекращения огня, с незначительными корректировками.
Арабские представители отказались вести прямые переговоры с Израилем и настаивали на том, чтобы иметь дело с ПКК как с единой, объединенной делегацией. Они хотели поставить проблему беженцев на первое место в повестке дня, утверждая, что только Израиль несет ответственность за исход палестинцев. Они также требовали, чтобы всем беженцам был предоставлен выбор между возвращением в свои дома и получением компенсации. Предложение Израиля установить постоянные границы на основе линий прекращения огня было отвергнуто, и каждая арабская делегация потребовала далеко идущих изменений в границе своей страны с Израилем.
По инициативе израильских официальных лиц были организованы секретные встречи с отдельными членами арабских делегаций, но они не привели ни к какому прогрессу и вызвали лишь упреки со стороны ПКК. КПК обвинила израильских чиновников в том, что они действуют за ее спиной; израильтяне ответили, что именно собственные процедуры комиссии вынуждают их искать прямых контактов с арабскими коллегами. Элиас Сассон доложил своему начальству о серьезности ситуации и призвал его к иному подходу. По его мнению, Израиль не может рассчитывать на то, что арабские страны выполнят все его требования в полном объеме, если сам Израиль не готов пойти навстречу им.
Вначале Моше Шаретт отверг совет Сассона, но неослабевающее давление со стороны Америки заставило его предложить кабинету министров опубликовать декларацию о готовности Израиля принять 100 тыс. беженцев. В это число входило около 30 тыс. беженцев, которым уже было разрешено вернуться, чтобы воссоединиться со своими семьями. Однако Бен-Гурион выступил против этого предложения, мотивируя это тем, что оно не удовлетворит ни американцев, ни арабов и нанесет ущерб безопасности Израиля. В итоге кабинет министров разрешил Шаретту опробовать на американцах смягченный вариант своего предложения. Американцы одобрили идею, но выразили разочарование по поводу небольшого числа беженцев, которых Израиль был готов принять обратно. Арабы сочли предложение принять 100 тыс. беженцев совершенно недостаточным, и официальные переговоры в Лозанне вновь зашли в тупик.
Провал Лозаннской конференции не стал для Израиля неожиданностью. Он лишь укрепил убежденность в том, что прямые двусторонние переговоры дают больше шансов на прогресс, чем посредничество третьих сторон. В Лозанне Израилю удалось отстоять статус-кво, но не удалось добиться какого-либо прогресса в урегулировании отношений с соседями. Во второй половине 1949 года продолжала преобладать жесткая линия Бен-Гуриона. Согласно этой линии, Израиль не может позволить себе идти на уступки ради мира, тем более на уступки, которые могут нанести ущерб его безопасности, и на данный момент соглашения о перемирии являются удовлетворительной заменой мира.
Одним из важнейших вопросов, по которому ПКК не удалось заставить Израиль пойти на уступки, был статус Иерусалима. Иерусалим имеет огромное значение для еврейского народа в силу его библейских, религиозных и духовных ассоциаций. Он также лежит в основе стремления еврейского государства быть "светом для народов". Однако дипломатическая позиция Израиля в отношении Иерусалима была исключительно неудобной. Приняв резолюцию ООН о разделе, Еврейское агентство согласилось с положением о переходе Иерусалима под международный режим. Тем не менее, новорожденное еврейское государство отчаянно хотело, чтобы Иерусалим стал его столицей. В конце 1948 года Иерусалим был фактически разделен по линии прекращения огня между Израилем и Иорданией. К концу 1949 года угроза интернационализации все более зловеще вырисовывалась на горизонте. В политическую борьбу за Святой город вступили два нечестивых союза. Израиль и Иордания были союзниками в борьбе за сохранение своих частей Святого города в собственных руках. Против них возник союз трех блоков стран, выступающих за интернационализацию: почти все мусульманские государства, Ватикан и католические государства, а также Советский Союз и его сателлиты.
В то время как израильские дипломаты вели активную кампанию против интернационализации, в кабинете министров шли активные внутренние дебаты. Премьер-министр хотел объявить Иерусалим столицей Израиля и перенести туда как можно больше правительственных учреждений, министр иностранных дел призывал к осторожности. 5 декабря 1949 г. премьер-министр зачитал в Кнессете заявление, призванное дать понять, что Израиль никогда не согласится с иностранным правлением над Иерусалимом. Он согласился на контроль ООН над святыми местами, но добавил: "В то же время мы считаем своим долгом заявить, что еврейский Иерусалим является органической и неотъемлемой частью государства Израиль, как он является неотъемлемой частью истории Израиля, веры Израиля и души нашего народа. Иерусалим - это сердце сердец государства Израиль". Однако это заявление не смогло удержать сторонников интернационализации. 9 декабря Генеральная Ассамблея ООН подавляющим большинством голосов приняла резолюцию, призывающую рассматривать Иерусалим как отдельное образование и передать его под управление ООН.