Таким образом, 13 января 1589 г. в Москве было учреждено патриаршество и первым патриархом стал Иов. Ну а греков, конечно, отблагодарили и деньгами, и новой патриаршей митрой, усыпанной драгоценными камнями. По случаю учреждения патриаршества в России был устроен грандиозный праздник, во время которого произошло значимое событие, дававшее представление о далеко идущих планах Бориса Годунова: он вел за повод осла с новопоставленным патриархом во время крестного хода вокруг Кремля, что обычно делали сами государи.

Однако война не минула правления и миролюбивого царя Федора: в 1590–1593 гг. Россия воевала со Швецией за города, которые ранее вынуждена была уступить королю Юхану III. Шведская сторона еще при смене власти в России предлагала подтвердить и продлить Плюское перемирие, но российская сторона, ссылаясь на неправильные методы ведения переговоров и неточности в титуловании шведского и российского государей, отвергла эти предложения. При этом московское правительство соглашалось вернуться к переговорам при условии добровольного возврата Швецией Иван-города, Яма, Копорья и Корелы или на условиях выкупа их за 15 тысяч рублей. В принципе шведов такой подход устраивал, но потребовали денег в 50 раз больше предложенных. В конце концов в декабре 1585 г. заключили перемирие безо всяких уступок на четыре года.

К концу этого срока король Юхан III, ссылаясь на нарушения перемирия российской стороной, стал собирать войско и требовать от московского царя присылки переговорщиков. Царь счел оскорбительными безапелляционные заявления короля, но все же направил делегацию во главе с князем Хворостининым к устью Плюсы, на реку Нарву, продолжив нелицеприятную переписку со своим противником. Царь Федор угрожал королю Юхану III заключить союз с германским императором Рудольфом II, с персидским шахом, а также тем, что литовцы хотят перейти на его сторону. На это шведский король дал ответ, равнозначный объявлению войны:

В январе 1590 г. российское войско во главе с царем и его воеводами: князем Федором Мстиславским и Дмитрием Хворостининым перешло шведскую границу. При царе находились бояре Борис Годунов и Федор Романов, не обладавшие какими-либо военными талантами, но оба ставшие впоследствии у руля государства. Московиты заняли Яму, но в дальнейшем успехов не имели, а большие потери чуть ли не через месяц с начала военных действий заставили пойти на перемирие, которое было заключено сроком на один год. При этом шведская сторона уступила России Яму, Иван-город, Копорье, а на дальнейшем посольском съезде шведы уступали и Корельскую область, однако московиты условием мира ставили возврат Нарвы. Тогда шведы попытались осадить Иван-город, чтобы вернуть его назад, но неудачно, на том военные действия закончились, даже без заключения перемирия.

В том же году крымские татары совершили нападение на Литву, чем воспользовалось московское правительство, затеявшее переписку по отдельности с кардиналом Радзивиллом и его родственником, виленским воеводой, а также с троцким воеводой Яном Глебовичем. Москва дала понять, что крымский хан не только собирается вновь пойти войной на Литву, но и рассчитывает на участие Москвы. Чтобы такого развития событий не случилось в будущем, князь Мстиславский, Борис Годунов, Федор Романов предлагали Литве соединиться с Москвой против неверных. Однако вельможные паны не только отказали своим визави, но и обвинили их в подстрекательстве крымского хана к набегу на Литву.

Совершенно особую позицию в этих событиях на юге заняли запорожские казаки, которые во главе с атаманом Потребацким появились возле Воронежа якобы для помощи донским казакам в их борьбе против татар. Воевода, поверив этому заявлению, дал и продовольствие, и фураж, расположив их внутри острога. Ночью запорожцы зажгли город, ограбили и поубивали жителей Воронежа. И хотя на жалобу московского правительства литовской раде киевский воевода князь Острожский ответил, что все своевольники наказаны Александром Вишневецким, было понятно, что литовская партия более не делает ставки на Москву.

Правда, сам король Сигизмунд III не питал больших симпатий к запорожским казакам: на сейме 1590 г. он потребовал ограничить их число шестью тысячами и подчинить их коронному гетману. В ответ на это постановление казаки подняли восстание во главе с шляхтичем Кристофом Косинским, в течение года они заняли Белую Церковь, Триполье, Переяслав, а летом 1592 г. осадили Киев, но взять сильно укрепленный город не смогли. Такие действия восставших заставили короля направить против них войско под руководством Константина Острожского, но сражение между коронным войском и казаками не принесло победы ни одной стороне. Пришлось королю согласиться на мирное соглашение, которое воюющие стороны подписали в начале 1593 г.

Поскольку никаких послаблений казакам не было сделано, даже наоборот – сейм провозгласил их всех врагами отечества, то военные действия продолжились, несмотря на смерть Кристофа Косинского от руки наемного убийцы. В следующем году казаки уже под руководством Северина Наливайко захватили Брацлав и перебили съехавшуюся туда шляхту, а затем взяли города Бар и Винницу. Через год повстанцы контролировали почти всю Литву южнее Минска и Могилева. Однако в 1596 г., после нескольких сражений с войском гетмана Станислава Жолкевского, часть казаков предала общее дело и выдала своих атаманов, а солдаты завершили это восстание резней казаков.

Пока запорожские казаки оспаривали свои права у польско-литовской шляхты, крымский хан Казы-Гирей летом 1591 г. совершил набег на Москву. Приход крымских татар не был неожиданным: построенные за Окой остроги с небольшими гарнизонами несли сторожевую вахту и вовремя заметили продвижение войск хана еще далеко в степи. Тем не менее татарам позволили перейти Оку и почти безнаказанно грабить села и деревни по пути к селу Коломенскому, где их ждали московские полки под руководством князя Мстиславского. Хан Казы-Гирей, потоптавшись в окрестностях Москвы – у сел Коломенское и Воробьево – так и не решился на генеральное сражение с московитами, а слухи о подходе к Москве значительной помощи из Новгорода и Пскова заставили его увести свое войско назад в степи. Конные отряды князя Мстиславского истребили изрядное количество отступавших татар при переправе их через Оку, а около тысячи человек взяли в плен.

В конце 1591 г. польские послы объявили, что царь нарушил перемирие, завоевав шведские города, и теперь для достижения вечного мира он должен уступить Литве Смоленск. Из этих претензий ничего не вышло, более того, московские послы требовали почему-то от литовцев возврата Нарвы, но находиться в состоянии войны одновременно с Польско-Литовской республикой и Швецией было очень опасно, и перемирие сроком на 12 лет было заключено. Россия обязалась не воевать со Швецией в течение года, а в дальнейшем не оспаривать у нее других городов, кроме Нарвы. Однако свое обещание не воевать со шведами царь не сдержал и почти сразу начал военные действия против них, правда, без всякого успеха. Только зимой 1592 г. московским войскам удалось опустошить области возле Выборга и Або, а после наследования польским королем Сигизмундом III шведской короны Москва заключила с ним в 1593 г. перемирие со Швецией на два года при условии, что каждый владеет тем, чем владеет. А в 1595 г. между Швецией и Россией был заключен вечный мир.