Казалось, все эти договоры принесли мир в Южную Италию. Но тем временем весной 1502 года разразился кризис между Францией и Их Католическими Величествами в королевстве Неаполитанском и скомпрометировал соглашение, достигнутое между двумя династиями. Анонимный корреспондент Савелли, который пишет из Таранто и лагеря Гонзальве Кордуанского — генерала Альфонса Арагонского, стремится разрушить зарождающееся согласие между Францией и Австрийским императорским домом, призывая осудить Александра VI, и особенно Чезаре — главного союзника Людовика XII в Италии.
Все эти злобные нападки привели к ожидаемому результату. Австрийцы стали очень сдержанны с Францией и ее союзником Борджиа. Эрцгерцог Филипп, начавший предварительные переговоры о заключении династического союза с французским сувереном, пытается стать посредником между Фердинандом Арагонским и Людовиком XII, но его усилия тщетны, и столкновение в королевстве Неаполитанском становится неизбежным. В этой войне Чезаре должен выступить на стороне Франции. Поэтому несмотря на враждебные настроения и недовольство Людовик XII показывает себя в Милане самым радушным хозяином. Ограбленным сеньорам остается только проявлять свое нетерпение. Франциск де Гонзага ловко меняет линию поведения. Он предлагает договориться о помолвке своего сына и Луизы — дочери Чезаре и Шарлотты д’Альбре. Так как Мантуя оказалась в окружении земель, принадлежащих Франции и ее союзникам — Венеции и герцогу де Валентинуа, этот брак становится очень ловким маневром для обеспечения безопасности маркграфства. Зная о выборе своего супруга, Изабелла д’Эсте соглашается, но не без задней мысли: она надеется, что смерть папы повлечет за собой разорение захватчика Романьи и тогда станет недействительным акт об обязательствах ее сына. В Милане Чезаре, уверенный в добром расположении к нему короля, возобновляет союз с Людовиком XII. Он обещает воевать на его стороне в течение трех лет. Со своей стороны, Людовик поставит де Валентинуа 300 групп копьеносцев, которыми тот сможет располагать по своему усмотрению против Бентивольо в Болонье и против кондотьеров Бальони, Орсини и Вителлоццо Вителли, если те откажутся прекратить войну против флорентийцев.
По просьбе короля Чезаре вместе с ним торжественно вступает в Геную 26 августа. Затем герцог и король уезжают — Чезаре сопровождает короля до Асти. Там они прощаются, и королевская гвардия салютует Чезаре. 7 сентября он снова в Ферраре навещает свою сестру Лукрецию. Она все еще не встает с постели. Снова он помогает своему шурину Альфонсу: держит ногу больной, когда ей пускают кровь. Но он не только утешает Лукрецию. Вместе с Геркулесом д’Эсте и его сыном, как и Чезаре, тесно связанным с французской короной, он обсуждает возможности покорения Болоньи в ближайшем будущем.
Имея согласие Людовика XII, де Валентинуа намерен направиться в Болонью и восстановить там права и власть Святого Престола. Французский суверен попросил его, однако, защитить интересы местных сеньоров Бентивольо: он направил Клода де Сейсселя к Джованни Бентивольо с уверениями в своем покровительстве, что несколько смущало Чезаре и его отца. Действия Рима никак не предполагали мирного разрешения проблемы.
2 сентября папа опубликовал бреве, обязующее Бентивольо и его двух сыновей явиться в Рим в ближайшие две недели, чтобы найти способ, как лучше управлять Болоньей. Разумеется, сеньоры Болоньи от этого уклоняются — за ними стоят жители Болоньи, среди которых перемешались враги и друзья Бентивольо.
Пока целый город выступает против Рима, Чезаре возвращается в свои владения в Имолу, чтобы подготовить карательную экспедицию. Его встречают управлявшие городом кардинал Борджиа, епископ Эльны, и Рамиро де Лорка. Там же герцог встречается со своим «великолепным и любимым инженером» Леонардо да Винчи, в отсутствие Чезаре проинспектировавшего крепости Романьи. До нас дошел подробный маршрут великого человека: 30 июля — Урбино; 1 августа — Пезаро, где он придумал новые машины и сделал наброски; 8-го — Римини, где он записал нотами музыку фонтанов; 11-го — Чезена, где Чезаре попросил его построить дворцы Университета и Апелляционного суда — Роты, где будет заседать «президент Романьи» — глава администрации и полиции. На эту должность Чезаре подобрал человека очень мудрого — Антонио дель Монте Сан-Савино, который возьмет на себя все полномочия жестокого Рамиро де Лорки. Организация подготовки празднеств была образцовой, а само торжественное вступление президента в должность состоялось 24 июня 1503 года.
После обнародования декрета, обязывавшего каждую семью поставить одного солдата, все города Романьи превратились в пункты набора рекрутов. В Фано собралось 1200 новых солдат. В Имоле Чезаре приказал одеть в свои цвета — желтый и красный — два полка по 500 солдат с пиками. Микеле Корелла командует этим ополчением, созданным, чтобы не прибегать к помощи наемников и кондотьеров.
В сентябре 1502 года Чезаре не может считать себя абсолютно независимым в военном отношении. Он осознает это, наблюдая за изменениями ситуации в Болонье. 17 сентября, когда истек 15-дневный срок, определенный папой, во второй раз во дворце Реджименто зачитывают бреве от 2 сентября. Но болонцы вооружились: они кричат, что не позволят Бентивольо уехать в Рим. Этот бунт против папы и его сына вызвал немедленные репрессии, но Чезаре не может его подавить: его кондотьеры далеко от него, в 150 километрах южнее, в окрестностях Перузы. Как только они узнают о намерениях папы и де Валентинуа в отношении Бентивольо, они высказывают свое неодобрение. Они считают, что это является нарушением договора, заключенного в 1501 году между Чезаре и Бентивольо, когда капитулировал Кастель-Болоньезе. Вителлоццо Вителли и Орсини выступили гарантами этого договора. Поэтому они не могут участвовать в походе против Болоньи. Если они позволят Чезаре разбить Бентивольо Болонского — после Риарио, повелителя Имолы, Сфорца, сеньоров Пезаро, Манфреди, сеньоров Фаэнцы, Аппиано из Пьомбино, Монтефельтре из Урбино, Варано, сеньоров Камерино, — они опасаются, что их самих могут изгнать с их территорий и уничтожить.
Первыми взбунтовались против Чезаре Вителлоццо Вителли и оба Бальони из Перузы — Джентиле и Джанпаоло: они встречаются в Тоди 25 сентября и решают отказаться от нападения на Болонью, если поступит такой приказ. Они обращаются к другим кондотьерам, находящимся на службе у Чезаре. Через пять дней состоялось собрание в Маджоне — городе, принадлежащем кардиналу Орсини, недалеко от озера Тразимены, в 20 километрах западнее Перузы. Орсини присоединились к бунтовщикам под тем предлогом, что в Милане Людовик XII якобы сказал кардиналу, что папа намеревается уничтожить его семью.
На ассамблее присутствует большое число яростных сторонников войны. Кроме Бальони и Вителли, пораженных «французской болезнью» в последней стадии и поэтому передвигающихся на носилках, присутствуют Орсини — кардинал Джамбаттиста, Франческо — герцог де Гравина, Паоло и Франчотто, еще — Пандольфо Петруччи из Сиены — его Чезаре считает душой заговора, и зловещий Оливеретто де Фермо. К ним присоединился Гермес Бентивольо, за которым закрепилась репутация убийцы с тех пор, как он избавил Болонью от Марескотти — врагов его семьи. Все эти сеньоры решают поддержать Бентивольо, если Чезаре будет упорствовать. Они не собираются пребывать в бездействии: они обязуются до подхода французских копьеносцев собрать армию в 700 вооруженных дворян и 9000 пеших солдат. Они призывают Флоренцию и Венецию присоединиться к ним в борьбе против Чезаре. Только Венеция снимает маску и соглашается, поручив своему кондотьеру Бартоломео Алвьяно восстановить в Урбино Гвидобальдо де Монтефельтре, скрывающегося на берегу лагуны. План действий конфедератов предполагает, что Бентивольо выступит в направлении Имолы, а его союзники захватят в это время Урбино и Пезаро.
Угроза велика и могла бы оказаться роковой для герцога де Валентинуа, который в это время имел в своем распоряжении только 2500 пеших солдат и 400 вооруженных дворян. К счастью, заговорщики не доверяют друг другу. Когда собрание закончилось, Пандольфо Петруччи сообщает Чезаре, что ничего не собирается предпринимать против него. В Риме Орсини ведут переговоры с папой, и Паоло предполагает отправиться в Имолу, чтобы заверить Цезаря в преданности своей семьи. Наконец, коварный Джованни Бентивольо пытается вступить в переговоры с Чезаре через посредничество Геркулеса д’Эсте.