Сын генерал-адмирала, великий князь Константин Константинович, позже рассказывал сыну начальника Морского училища Николаю Алексеевичу Епанчину о том, что «подозрения против его отца зашли так далеко, что после убийства императора Александра II 1 марта 1881 года тогдашний петербургский градоначальник Н.М. Баранов – бывший моряк, личный враг его отца, приказал под видом канализационных работ провести вокруг Мраморного дворца глубокую канаву. Это было сделано потому, что будто бы из Мраморного дворца в Зимний был проведен провод для производства взрыва. Говорили еще, что Константин Николаевич наживался за счет сметы Морского ведомства; рассказывали, что когда однажды Константин Николаевич был в гостях у цесаревича Александра Александровича и цесаревны Марии Федоровны, маленький великий князь Николай Александрович, будущий император Николай II, сидя на коленях у деда, просил показать ему флот. Константин Николаевич ответил внуку, что весной он возьмет его в Кронштадт и там ему покажет флот, а теперь, зимою, это невозможно. На это внук настойчиво просил показать флот тотчас же, и на слова деда, что это теперь невозможно, внук сказал: „Отчего невозможно, папа говорит, что у тебя флот в кармане“…»

При воцарении на российском троне императора Александра III великий князь Константин Николаевич был сразу же отстранен от всех государственных постов. Генерал-фельдмаршал, профессор Военной академии и военный реформатор Д.А. Милютин за несколько дней до этих печальных событий подробно записал разговор с великим князем: «Теперь же, сказал он мне, человек самого себя уважающий, не может здесь оставаться». 13 июля 1881 года последовал высочайший указ об увольнении великого князя от управления флотом и Морским ведомством, от должности председателя Государственного совета. Опальный генерал-адмирал удалился в поместье Ореанда в Крыму. Вместо него главой Морского ведомства назначили брата Александра III – великого князя Алексея Александровича, личность, по оценкам современников, весьма посредственную, но полностью разделявшего критику противников реформ в адрес своего дяди Константина Николаевича. Высочайшим постановлением нового императора великий князь Алексей Александрович с правами генерал-адмирала принял также нелегкие обязанности Главного начальника флота и Морского ведомства.

Все прекрасно понимали, что новый руководитель делами флота абсолютно не соответствует занимаемой должности, и откровенно высказывались по этому поводу в кругу авторитетных специалистов и заслуженных моряков.

По должности начальника Николаевской Морской академии и Морского училища контр-адмирал А.П. Епанчин незадолго до своей отставки на традиционной служебной аудиенции доложил новому генерал-адмиралу о состоянии дел в учебных заведениях и задачах по совершенствованию учебно-воспитательной работы с учащимися и слушателями. Привыкший к деловому и серьезному обсуждению его отчетных докладов в присутствии великого князя Константина Николаевича, адмирал Епанчин крайне удивился реакции новоиспеченного руководителя, его крайне несерьезному и непрофессиональному отношению к служебному докладу.

Сообщая генерал-адмиралу о положении дел в Николаевской Морской академии, Епанчин упомянул об успехах офицеров, проходивших курс в высшем военно-морском учебном заведении. Он продемонстрировал великому князю три списка: первый содержал фамилии офицеров, удовлетворительно осваивавших учебную программу Морской академии; во втором находились слушатели, о которых Конференция академии, согласно уставу, ходатайствовала перед великим князем об оказании им некоторого снисхождения; и, наконец, третий список офицеров состоял из слушателей, подлежавших, в соответствии с высочайше утвержденным уставом, отчислению из Морской академии.

Принимая деловой рапорт начальника военно-морских учебных заведений, великий князь Алексей Александрович слушал невнимательно и явно тяготился затянувшейся официальной беседой. Он несколько оживился при оглашении списка офицеров, предназначенных к отчислению из Морской академии. Он, как шеф этого высшего учебного заведения, утверждал это решение и подписывал его. Однако, прервав внезапно доклад Епанчина, великий князь с недоумением взглянул на контр-адмирала и спросил: «Что можно сделать, чтобы не отчислять их из академии?» Получив отрицательный ответ, генерал-адмирал весело улыбнулся и с присущим ему чувством юмора медленно произнес: «Алексей Павлович, ведь мы с вами не авгуры; будем говорить откровенно, неужели из-за того, что эти офицеры не имеют установленных баллов, их надо отчислять из академии? Вот я никаких этих девиаций, навигаций и прочего не знаю, а я генерал-адмирал!»

«Научно обоснованный» довод нового главы Морского ведомства в буквальном смысле потряс главу военно-морских учебных заведений. После подобных «веских» аргументов спорить было бесполезно. На этом аудиенция и завершилась. Улыбаясь на прощание Епанчину, генерал-адмирал заметил, что контр-адмирал явился на прием в полном соответствии с уставными правилами для аудиенции подобного уровня: в парадной форме и перчатках. Великий князь подошел к нему, дружески похлопал по плечу и изрек новую истину, дико прозвучавшую для старого кадрового военного моряка: «Оставьте это, Алексей Павлович, к чему эти китайские церемонии; вот я никогда не надеваю перчаток!»

Вскоре после этой «содержательной и деловой» беседы с новым генерал-адмиралом заслуженного педагога, награжденного всеми российскими орденами, до ордена Александра Невского включительно, контр-адмирала А.П. Епанчина уволили по состоянию здоровья с должности начальника Морского училища и Николаевской Морской академии.

Алексей Павлович умер в Санкт-Петербурге в 1913 году. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры. Разрушенный в советское время некрополь семьи Епанчиных по настоянию внука адмирала Э.А. Фальц-Фейна восстановлен командованием Ленинградской военно-морской базы.

В 1882 году, после отставки А.П. Епанчина и некоторого периода «безначалия», директором Морского училища и Николаевской Морской академии назначили контр-адмирала Д С. Арсеньева – флигель-адъютанта и воспитателя великих князей Сергея и Павла Александровичей. По свидетельству современников, эта кандидатура вызвала у большинства морских офицеров крайнее недоумение. Сын А.П. Епанчина, генерал Н.А. Епанчин, полностью с ними солидарен: «…это был типичный придворный, в отрицательном смысле слова – спина гуттаперчевая, душа лакейская, ум пустой…»

Начав службу во флоте, Дмитрий Сергеевич открыл себе путь к придворной карьере женитьбой на дочери убитого на охоте егермейстера В.Я. Скарятина, человека невероятно богатого и тщеславного. Правда, вершиной тщеславия бывшего столичного гражданского губернатора и страстного охотника была мечта стать егермейстером Двора Его Величества.

В 1868 году заветная мечта богатого орловского помещика наконец осуществилась. Его назначили егермейстером царского двора. В декабре 1870 года во время охоты в районе Малой Вишеры, когда стрелки уже покидали отведенные им места, В.Я. Скарятина убили выстрелом в спину. Выстрел, произведенный графом П.К. Ферзеном, посчитали случайным. В это можно бы и поверить, если бы не одно обстоятельство: на время отпуска Ферзена, заведовавшего царской охотой, временно назначили Скарятина. Когда же законный егермейстер возвратился из отпуска, то император, должным образом оценивший охотничьи таланты Владимира Яковлевича, решил его оставить на должности царского охотоведа. Граф Ферзен вынужден был отправиться в отставку. Вскоре после этого решения и прозвучал тот роковой выстрел…

Смерть Скарятина произвела тяжкое впечатление на императора Александра II. В женитьбе Арсеньева на дочери своего егермейстера царь тогда увидел рыцарский поступок со стороны морского офицера и поручил ему воспитание своих сыновей.

Сменивший контр-адмирала А.П. Епанчина на посту начальника Морского училища и Николаевской Морской академии контр-адмирал Д.С. Арсеньев полностью соответствовал духу требований нового руководства страны и Морского ведомства.