По делу нелегального политического кружка в Морском училище проходило 25 его воспитанников.
Однако в те далекие времена администрация Морского училища и Морское ведомство вынуждены были скрывать истинные причины ареста воспитанников и подробности чрезвычайного происшествия в военно-морском учебном заведении. Контингенту воспитанников и широкой публике тогда преподносилась довольно наивная версия случившегося. В книге Н. Коргуева «Обзор преобразований Морского кадетского корпуса с 1852 года» (СПб., 1897) по этому поводу отмечалось: «Несмотря на бдительный надзор за воспитанниками, современная общественная язва успела проникнуть в стены училища, но, к счастью, обстоятельство это вовремя было открыто и не возымело печальных последствий. Начальству корпуса в 1871 году стало известно, что некоторые из воспитанников старшего курса посещают собрания кружка людей политически неблагонадежных. По расследованию дела оказалось, что, увлекаемые жаждой деятельности на предстоящем им морском поприще, некоторые из воспитанников старшего курса, ознакомясь книжным путем с естественными богатствами северного прибрежья России, предположили по выходе из училища составить общество для морских звериных промыслов на севере. Сведав об этом, враги общественного порядка задумали воспользоваться неопытностью и горячностью молодых людей и привлекли их в свои собрания, якобы преследующие одинаковые с ними задачи, обещая содействие и помощь в их благом намерении, а в действительности надеясь незаметно привлечь их к преступной деятельности. По доведении об этом до высочайшего сведения Государь Император, приняв во внимание полное сознание виновными своего заблуждения и искреннее их раскаяние, соизволил милостиво простить провинившихся воспитанников и повелел „вполне забыть их проступок“, так что память о печальном событии, случившемся в училище, сохранилась только в циркуляре Управляющего морским министерством, объявляющем по училищу о милостивом решении благодушного Монарха и предостерегающем воспитанников от подобных увлечений на будущее время».
Да, действительно, Александр II милостиво простил провинившихся воспитанников Морского училища, но одновременно с этим, строго предупредив начальника Морского ведомства и директора учебного заведения, приказал им принять срочные действенные меры по наведению в училище должного военного порядка, укреплению дисциплины и искоренению революционного духа, свободомыслия, демократических идей, опасных для устоев самодержавия.
Теперь не всякая добрая инициатива контр-адмирала Епанчина встречала поддержку министерских сановников, а некоторые из его прогрессивных реформ наталкивались на глухое непонимание и сопротивление. Не все его замыслы смогли претвориться в жизнь. Ему неоднократно приходилось из-за этого ссориться с высокопоставленными чинами министерства. Постепенно все прогрессивные мероприятия в училище пришлось не только приостановить, но под давлением Морского ведомства они в значительной степени были сведены на нет. Вновь стали насаждаться муштра и мелочная опека, воспитатели и преподаватели теперь поощряли наушничество и регулярно докладывали руководству о всяких подозрительных настроениях среди учащихся. В училище вновь возобновились обыски личных вещей. Воспитанникам категорически запрещалось иметь у себя какие-либо ящики или шкатулки, запирающиеся на ключ. Всем, без исключения, не разрешалось выходить в город в будние дни.
Уже в 1872 году в училище вновь учредили фельдфебельские и офицерские должности, в каждую роту назначался дежурный унтер-офицер. Уничтожалась прежняя система, основанная на ответственности самих кадетов за порядки в училищных стенах. Делалось все, чтобы вытравить из жизни воспитанников традиции корпусного братства. Прогрессивным веяниям в Морском училище пришел конец.
По свидетельству сына директора Морского училища, генерала Николая Алексеевича Епанчина, после раскрытия в 1872 году нелегального политического кружка воспитанников учебное заведение находилось под строжайшим контролем чиновников Морского ведомства, полиции, жандармерии и самого императора Александра II.
Николай Алексеевич вспоминал: «Весною 1800 года, в апреле, отец мой дежурил при Государе. Дежурство состояло из трех лиц: генерал-адъютанта, Свиты-генерала или адмирала и флигель-адъютанта; если полный состав дежурства в текущие сутки не был необходим, то Государь, приняв дежурных, оставлял на дежурстве только флигель-адъютанта, а остальных двух освобождал. На этот раз Государь, освободив генерал-адъютанта, сказал моему отцу, что просит его остаться на дежурстве. Около трех часов дня Государь вышел на крыльцо в сопровождении моего отца, и когда они сели в коляску, Его Величество велел кучеру ехать в Морское училище; таким образом, посещение училища Государем было совершено неожиданно. Все оказалось в порядке, и Государь был очень доволен; перед отъездом из училища Государь особенно милостиво благодарил моего отца и объявил ему, что освобождает его от дежурства. Не могу не сказать, что император Александр II относился к моему отцу в высшей степени благосклонно, ценя его службу педагога.
Отец мой был из числа тех, кто считал безусловно необходимым коренное преобразование Морского корпуса, и это важное дело совершалось при императоре Александре II под ближайшим руководством великого князя Константина Николаевича, бывшего тогда генерал-адмиралом и шефом Морского училища…»
В эти годы, по словам очевидцев, контр-адмиралу Епанчину пришлось руководить Училищем в условиях тяжкого и унизительного бремени недоброжелательного контроля властей, подозрительности, сплетен, интриг и клеветы со стороны многочисленных противников прогрессивных реформ.
Окруженный великосветскими недоброжелателями, адмирал, по мере своих сил и возможностей, продолжал совершенствовать дело подготовки морских офицеров для отечественного флота. Он разработал проект учреждения при Морском училище приготовительных классов. Алексей Павлович лично подготовил полный комплект необходимой документации – правила приема и программу обучения кандидатов в училище. Проект с пристрастием обсудили и одобрили все члены Комитета Морских учебных заведений и 10 марта 1875 года документ высочайше утвердили.
Положением о приготовительных классах при Морском училище учреждались младшая и старшая группы. Абитуриенты сдавали обязательные вступительные приемные экзамены. Сыновья лиц, служивших во флоте или в Морском ведомстве, имели определенные преимущества при зачислении в приготовительные классы. Это, по мнению А.П. Епанчина, должно было содействовать сохранению старых морских династий и известных флотских фамилий.
В приготовительные классы Морского училища принимали мальчиков в возрасте от 12 до 14 лет – в младшие классы и от 13 до 15 лет – в старшие. В каждый из двух классов набирали 40 человек. Из них была сформирована 5-я рота воспитанников Морского училища, которая размещалась в отдельном помещении, специально отведенном для этой категории воспитанников. В связи с организацией роты штат училища увеличили на 9 человек (командир роты, три старших офицера и один младший – командиры отделений, фельдшер и три каптенармуса).
Воспитанники приготовительного класса обеспечивались форменной одеждой, аналогичной форме воспитанников Морского училища, но без нашивок на погонах и без петлиц. Им также не полагалось личное оружие. Первый прием воспитанников в приготовительные классы провели в 1875 году.
За 11 лет руководства Морским училищем А.П. Епанчин все-таки сумел коренным образом переработать учебные программы и четко регламентировать распределение времени практических и лекционных занятий. Он подготовил и издал принципиально новые учебники и методические пособия по основным предметам, предусмотренным программой училища.
По инициативе Алексея Павловича в зимнее время кроме обычных, практиковавшихся ранее занятий по артиллерии – на учебной батарее, по судостроению – на плазе и разборных моделях, по навигации – на специальной учебной платформе, по морской практике – на модели брига «Наварин» для воспитанников проводились дополнительные внеклассные практические занятия и лекции по современной нарезной и скорострельной артиллерии, по эксплуатации и устройству круглых судов («поповок»), по морской географии и военной статистике, по совершенствованию знаний иностранных языков. За успехи в освоении иностранных языков воспитанники поощрялись ценными подарками – прекрасными изданиями иностранных книг.