Ранее преподававшиеся в корпусе учебные дисциплины были дополнены новыми курсами: пароходной механики, физической географии, метеорологии, военно-морской истории, тактики и законоведения. По инициативе директора в официальную программу практических занятий включили инструментальные съемки, практические приемы строительства малых судов и шлюпок. Специальным распоряжением контр-адмирала Римского-Корсакова в Морском корпусе упразднили институт унтер-офицеров. Теперь ответственность за дисциплину и порядок легла на плечи дежурных кадетов. Старый палочный надзор впервые заменили взаимным доверием и товарищеской требовательностью. Воин Андреевич писал тогда своему младшему брату: «Неотступный прежний надзор заменен взаимным доверием, и эта система в два года так преобразила кадет, что их узнать нельзя». Действительно, число случаев нарушения дисциплины в результате смелой реформы директора уменьшилось в несколько раз.

В 1861 году в Морском корпусе высочайше утвердили новые правила приема в учебное заведение. Инициатива их разработки принадлежала В.А. Римскому-Корсакову. С этого года, в соответствии с новыми правилами, все желающие поступить в корпус участвовали в конкурсных экзаменах в объеме учебной программы пяти классов гимназического курса, причем в учебное заведение теперь ежегодно принималось не более 50 человек юношей в возрасте от 14 до 17 лет. При этом кроме дворянских детей, начиная с 1861 года, правом поступления в морское учебное заведение стали пользоваться дети «потомственных почетных граждан», заслуженных армейских и флотских специалистов, гражданских чиновников, некоторых представителей недворянской интеллигенции и даже сыновья священнослужителей. В письме к младшему брату Воин Андреевич тогда писал: «Сословное ограничение значительно расширено тем, что будут приниматься уже не одни дворяне…»

Новые правила приема в Морской корпус действительно несколько демократизировали контингент его воспитанников, но в целом он все же по-прежнему оставался привилегированным учебным заведением, доступным лишь для сословий, служивших надежной опорой трону.

Одновременно с утверждением новых правил приема разработали дополнительные условия для абитуриентов. Теперь кроме довольно сложных конкурсных вступительных экзаменов каждый кандидат проходил предварительное медицинское освидетельствование и совершал «пробное» плавание на одном из корпусных учебных судов. За период «пробного» плавания, продолжавшегося вначале два, а позже два с половиной месяца в течение лета, поступавший в корпус кандидат демонстрировал свои физические возможности, выносливость и способности в освоении азов морской службы на корабле. На период «пробных» плаваний кандидаты обеспечивались полным бесплатным казенным содержанием, форменной одеждой, бельем и обувью.

В период пребывания контр-адмирала В.А. Римского-Корсакова на посту директора Морского корпуса по его инициативе изменили форму одежды воспитанников. Для повседневного ношения он предложил ввести синие фланелевые рубашки с узкими суконными белыми погонами. На мундирах стоячие воротники заменили отложными с нашитыми на их концах петлицами из золотого галуна. Суконные кивера сначала заменили лакированными круглыми шляпами с большими полями и шелковой лентой вокруг тульи с оттиснутой на ней надписью «Морское училище». Позже вместо шляп воспитанники стали носить форменные фуражки.

Личной инициативой и настойчивостью директора удалось сформировать довольно солидную корпусную учебную эскадру. Теперь в ее состав кроме фрегата «Кастор» и корвета «Баян» входили фрегат «Громобой», тендер «Кадет», корвет «Гиляк» и целый ряд более мелких судов.

Первый прием в Морской кадетский корпус по новым правилам состоялся в сентябре 1864 года. Серьезные конкурсные экзамены по семи предметам выявили недостаточную подготовку кандидатов, поэтому решили ликвидировать пробелы в знаниях дополнительными занятиями в подготовительном классе, организованном в учебном заведении по предложению инспектора классов капитан-лейтенанта Алексея Павловича Епанчина.

60-е годы XIX века в России были ознаменованы важнейшими социально-экономическими изменениями. Реформа, отменившая крепостное право, явилась своеобразным стимулом превращения страны в буржуазную монархию. Перемены благоприятно сказывались на состоянии вооруженных сил государства. Отечественный флот интенсивно менял свой корабельный состав. В конце 60-х годов в России приступили к серийной постройке деревянных винтовых кораблей. Позднее, благодаря государственной кораблестроительной программе, коренным образом реорганизовали отечественную судостроительную базу. Россия перешла к строительству мореходных броненосных боевых судов. Известный английский кораблестроитель Э. Рид на страницах газеты «Таймс» вынужден был тогда признать, что «русские успели уже превзойти нас как в отношении боевой силы существующих судов своего флота, так и в отношении употребления новых способов постройки».

Высоким уровнем отличалась и боевая подготовка личного состава кораблей Балтийского флота. В этой связи особого внимания заслуживает оценка деятельности директора Морского кадетского корпуса В.А. Римского-Корсакова, смело ломавшего старые рутинные порядки, существовавшие не одно поколение, проведшего коренную реорганизацию военно-морского учебного заведения. В нем теперь велась подготовка офицерских кадров в полном соответствии с новыми требованиями научно-технического развития отечественного флота.

В последние годы жизни Воин Андреевич серьезно болел. Трудности многочисленных длительных плаваний не могли не сказаться на здоровье моряка. Биограф адмирала Д. Мертваго утверждает, что Римский-Корсаков несколько раз порывался оставить директорскую должность, но наступали горячие весенние и летние дни, и мысли о перемене места работы по целому ряду объективных причин откладывались до очередной осени. В 1871 году здоровье Воина Андреевича значительно ухудшилось. Следуя рекомендациям врачей, он уехал на лечение в Италию, в тихую и малолюдную Пизу. Адмирал еще надеялся на выздоровление и возвращение к делам Морского корпуса. Однако этого не случилось. 4 ноября 1871 года контр-адмирал В.А. Римский-Корсаков скоропостижно скончался накануне своего пятидесятилетия.

По распоряжению великого князя Константина Николаевича за телом брата в Италию отправился молодой офицер и начинающий русский композитор Николай Андреевич Римский-Корсаков.

Гроб с телом адмирала В.А. Римского-Корсакова с воинскими почестями предали земле на Смоленском кладбище Петербурга.

10 лет, в течение которых Морским корпусом управлял контр-адмирал В.А. Римский-Корсаков, являлись годами беспрерывных дел по преобразованию военно-морского учебного заведения, совершенствованию системы воспитания и подготовки офицеров флота.

Выпускник Морского корпуса писатель К.М. Станюкович вспоминал о своем любимом директоре: «Это был настоящий, много плававший моряк, превосходный капитан, образованный, с широкими взглядами, человек необычайно правдивый и проникнутый истинно морским духом и не зараженный плесенью предрассудков и рутины присяжных корпусных педагогов. Он горячо и круто взялся за „очистку“ Корпуса: обновил персонал учителей и корпусных офицеров, призвал свежие силы, отменил телесные наказания и вообще наказания, унижающие человеческую натуру, внес здоровый, живой дух в дело воспитания и не побоялся дать кадетам известные права на самостоятельность, завел кадетские артели с выборными артельщиками, которые дежурили на кухне, одним словом, не побоялся развивать в будущих офицерах самодеятельность и дух инициативы, то есть именно те качества, развития которых и требовала морская служба.

Сам безупречный рыцарь чести и долга, гнушавшийся компромиссов, не боявшийся „страха ради иудейска“ защищать свои взгляды, такой же неустрашимый на „скользком“ сухом пути, каким неустрашимым был на море, он неизменно учил кадет не бояться правды, не криводушничать, не заискивать у начальства, служить делу, а не лицам и не поступаться убеждениями, хотя бы из-за них пришлось терпеть… При этом директоре справедливость была во всем и всегда, оказывая благотворное влияние на кадет. Он был строг при всем этом, но воспитанники его обожали, и бывшие при нем в Корпусе с особым чувством вспоминают о Воине Андреевиче. Кадеты всегда могли прийти к нему с объяснениями и заявлениями. Высокий, сухощавый, несколько суровый с виду, он серьезно и внимательно выслушивал кадета и сообщал свое решение ясно, точно и коротко… Преобразовательное движение шестидесятых годов нашло в этом доблестном моряке лучшего выразителя и лучшего воспитателя будущих моряков…»