8 декабря 1796 года Павел I приказал Голенищеву-Кутузову «…принять в свое ведомство дом Корпуса Чужестранных Единоверцев и обратить оный под Морской шляхетный корпус, который и начать переводить из Кронштадта немедленно».

Участки купца-сахарозаводчика Каванаха и адмирала Вилима фон Дезина спешно выкупили и передали в распоряжение Морского ведомства. 10 декабря более половины воспитанников вывезли из Кронштадта и разместили в помещениях, которые до этого занимали ученики Корпуса Единоверцев. Павел I в тот же день посетил Морской корпус на Васильевском острове и дал распоряжение Адмиралтейств-коллегии провести до 1797 года полную перестройку здания для нужд Кадетского корпуса.

На реставрацию бывшего дворца графа Б. X. Миниха Павел I выделил 100 000 рублей и 85 000 рублей субсидировала Адмиралтейств-коллегия. Вести строительные работы император поручил известному русскому архитектору и профессору Академии художеств Федору Ивановичу Волкову. Один из первых выпускников Академии художеств, окончив ее полный курс с золотой медалью, он стажировался в Италии и Франции. Известный русский архитектор второй половины XVIII века, яркий представитель раннего классицизма, академик Волков создал ныне существующий корпус, умело вписав в его парадный фасад полусгоревшие стены особняка графа Миниха и строения сахарного завода купца Каванаха. Известные зодчие высоко оценили работу талантливого архитектора, считая ее первым блестящим опытом по реконструкции в едином стиле русского классицизма целого городского квартала.

На боковых крыльях фасада с десятиколонным портиком ионического ордера, поставленного на выступ нижнего этажа здания, архитектор симметрично возвел на ризалитах две полусферические башни. Купол одной из них являлся потолком церкви Морского корпуса, другой нес декоративные функции. Позже, в 1831 году, по просьбе преподавателя корпуса профессора С.И. Зеленаго в центральной части, над колоннадой, на крыше строения, возвели пятиметровую металлическую башню учебной астрономической обсерватории с раздвижной стенкой для телескопа, зрительных труб и секстанов [11]. Впоследствии башню переделали в сигнальную вышку с корабельной мачтой для подъема флажных сигналов.

Завершив реставрационные фасадные работы здания, учебных и жилых помещений корпуса, Ф.И. Волков, его помощник Андрей Михайлов и каменных дел мастер Л. Руска в течение 1798-1799 годов, на месте снесенного деревянного дома на 12-й линии Васильевского острова обустроили оригинальную корпусную столовую, или, как ее тогда называли, столовый зал. Она располагалась на втором этаже строения и поддерживалась опорными колоннами из кирпича. В первом этаже размещалась кухня с механическим подъемником приготовленной пищи в столовый зал. В самом огромном зале не было ни одной колонны – редкое явление в строительной практике того времени. Подвесной потолок зала, выполненный из тонких металлических листов, покрытых белой краской, был укреплен на дубовых стропилах якорными цепями (по принципу подвесных мостов XVIII века).

Огромные бронзовые люстры со свечами давали яркий равномерный свет. Над парадным входом в столовый зал возвели верхнюю галерею (хоры), поддерживаемую красивыми колоннами. Стены столовой украшали элементы гербов Морского корпуса и барельефы военных трофеев, выполненных по рисункам архитектора Л. Руска и скульптора Солдата.

Самый большой (длина 70 метров, ширина 21 м) бесколонный зал в столице с красивым полом из наборного паркета имел прекрасное естественное освещение (15 окон, высотой 4 метра каждое).

Корпусная столовая, кроме своего прямого назначения, использовалась для проведения в ней традиционных балов, смотров корпусного караула и для тренировки воспитанников в деле управления парусами на большой модели брига «Наварин».

На земельном участке Морского шляхетного кадетского корпуса разместили пекарни и жилой флигель для офицеров и преподавателей.

Император Павел I питал особую слабость к флоту и его делам, регулярно бывал в Морском корпусе и проводил довольно строгие инспекторские проверки учебного заведения. Он опрашивал воспитанников, слушал лекции преподавателей и нередко жаловал их за хорошее знание предмета следующим чином, а за удовлетворительные ответы производил воспитанников в унтер-офицеры. Император передал корпусу свою личную коллекцию из 8 моделей полевых орудий, искусно выполненных мастерами-иностранцами.

Инспекторские проверки царственного генерал-адмирала всегда бывали неожиданными. Он мог приехать в разное время суток и внезапно появиться в учебном заведении. Однако ни разу императором не обнаружилось каких-либо недостатков или следов беспорядка. Долго в Морском корпусе вспоминали одно из очередных посещений Павла I. Со временем этот случай постепенно обрастал массой дополнительных деталей и сомнительных подробностей, став оригинальной местной легендой, передаваемой из поколения в поколение воспитанниками и офицерами корпуса.

В то время строевой частью военно-морского учебного заведения руководил в чине полковника Логин Иванович Голенищев-Кутузов – сын директора корпуса, бывший воспитанник Сухопутного кадетского корпуса, переведенный во флот и назначенный в Морской корпус. Логин Иванович являлся участником Роченсальмского сражения, проявил незаурядную храбрость и был награжден орденом Святого Георгия 4-й степени. Часто при отсутствии отца сын, как старший по чину офицер, исполнял обязанности директора корпуса.

10 февраля 1798 года, посетив Морской корпус и обойдя все его помещения, Павел I несколько раз вслух с удовольствием повторил, что он остался весьма доволен порядком и чистотой учебного заведения. Не прошло и часу после отъезда генерал-адмирала, как директор Морского корпуса получил следующий высочайший рескрипт: «Господин главный директор Морского шляхетного кадетского корпуса г. Кутузов. В бытность Нашу сегодня в корпусе найдено все в весьма хорошем устройстве и порядке; почему изъявляем, как вам, так господину генерал-майору Кутузову, равно всем штаби обер-офицерам, Наше благоволение. Пребываем всегда к вам благосклонны».

Указанный в рескрипте генерал-майор был, по-видимому, сыном директора Логином Ивановичем Голенищевым-Кутузовым, имеющим во время посещения Павла I чин полковника. Следовательно, исходя из текста высочайшего документа, сын директора – Логин Иванович – в тот день произведен Павлом I, очарованным порядком в корпусе, в чин генерал-майора.

Однако окончательно это решение, по обычаю того времени, подтверждалось письменным императорским приказом. Мудрый отец новоиспеченного генерала считал, что полагающуюся в таких случаях официальную благодарность за царскую милость сын должен отложить до получения приказа. Но радость и нетерпение Логина Ивановича, желающего как можно быстрее облачиться в генеральский мундир, оказались настолько велики, что он упросил отца разрешить ему на другой же день явиться к императорскому разводу на плац Михайловского замка. Сына поддержал адмирал де Рибас, зашедший в это время с визитом к адмиралу Голенищеву-Кутузову. Де Рибас даже специально съездил домой и привез новоиспеченному генерал-майору форменную парадную шляпу. Он уговорил отца позволить сыну явиться на развод и отблагодарить Павла I за высокую честь.

Позже Логин Иванович Голенищев-Кутузов так описывал свой визит на императорский развод: «По окончании развода, когда пришло время представлений, я подошел к императору, по наблюдаемому тогда обычаю, стал на одно колено и снял перчатку с правой руки. Комендант сказал: „Благодарить за произведение в генерал-майоры“. Государь, не снимая своей перчатки, с видом великого неудовольствия спросил меня: „Отдан ли приказ?“ Я отвечал: „Не отдан“. „А ежели я в приказ не отдам?“ – „Тогда я остаюсь полковником“. После сего ответа государь с видом удовольствия снял перчатку и, дав мне поцеловать свою руку, сказал: „Можно бы было подождать приказа, господин генерал-майор“, – велел встать и сказал: „Всем, что я видел в Корпусе, я очень доволен“».