Сетуя на царя Петра, что слишком «близко расположил столицу», Екатерина II приказала адмиралу Грейгу «…следовать с Божею помощью вперед, искать флота неприятельского и оный атаковать».

Финский залив стал главным театром военных действий. Годы победоносной русско-шведской войны много сделали тогда для патриотического воспитания кадетов и гардемаринов Морского шляхетного кадетского корпуса. Захваченные общим воодушевлением, воспитанники глубоко переживали, что не могут принять участие в боевых операциях русского флота. Все военные события находились в центре их внимания, они часто раньше, чем официальные реляции, сообщали жителям Кронштадта о результатах морских сражений и блистательных победах объединенного русского флота. Морской корпус был вынужден срочно заполнить старшими гардемаринами недокомплект офицеров на эскадру вице-адмирала А.И. Круза. Многим воспитанникам корпуса пришлось тогда вдоволь понюхать пороху. И уже были потери. Шведы пленили два русских фрегата, укомплектованных старшими гардемаринами Морского шляхетного кадетского корпуса.

В Кронштадте с часу на час ожидали высадки вражеского десанта. Среди защитников крепости на ее островных укреплениях находились кадеты и младшие гардемарины, вооруженные ружьями.

За военную кампанию 1788-1790 годов многие гардемарины удостоились воинских наград. За мужество и проявленный героизм боевой медалью был награжден и будущий вице-адмирал, а тогда еще гардемарин, В.И. Головнин, воевавший на линейном 66-пушечном корабле «Не тронь меня» под командой героического офицера российского флота Джеймса Гревенена.

Война со Швецией на всю жизнь осталась в памяти воспитанников как самое яркое событие юности.

Победа над шведами показала, что к концу XVIII века русский флот вновь обрел свое прежнее могущество. Положение личного состава на эскадрах значительно улучшилось. Морским офицерам и старшим гардемаринам, участвующим в боевых действиях флота, выдали годовое жалованье и призовые деньги за взятые в плен корабли противника.

24 апреля 1792 года И.Л. Голенищев-Кутузов получил личный рескрипт Екатерины II, согласно которому она пожаловала Морскому корпусу дворец в Ораниенбауме: «Иван Логинович, известно вам, что по представлениям покойного адмирала Грейга предположили Мы по тесноте и ветхости дома, где ныне помещен Морской кадетский корпус, построить в Кронштадте, на другом удобнейшем месте, новое для онаго здание. Но воспоследовавшая потом война препятствовала произвесть оное в действо. По восстановлении же желанного мира, имея в виду заслуги оказанные Нам и Отечеству питомцами Морского кадетского корпуса, везде с похвалою служившим, восхотели Мы оказать оному Корпусу особый знак Нашего благоволения и милости, пожалованием для удобнейшаго его пребывания дом Наш в городе Ораниенбауме. Вследствие чего и повелеваем вам помянутый дворец со всеми к оному принадлежащими службами… и вещами… принять в ваше ведомство. А как по нынешнему того дворца расположению недостает там к помещению классов и для стола кадетам больших зал и протчих необходимо нужных по числу кадет просторных комнат; то и поручаем вам, по соображении всех надобностей для Морского кадетского корпуса, сочинив план и смету, как новым пристройкам, так и возможным переделкам из нынешнего строения, вмещая в сие последнее все то, что годным и способным признано будет, представить Нам на апробацию. Впротчем пребываем вам всегда благосклонны».

Истории неизвестно, «сочинил» ли директор Морского корпуса Голенищев-Кутузов «план и смету» и представлялся ли проект перестройки ораниенбаумского дворца Екатерине II, но по различным причинам «помянутый дворец» со всеми к оному принадлежащими «службами и вещами» не перешел окончательно в Морское ведомство. Корпус еще 4 года функционировал в Кронштадте.

Его директор, Голенищев-Кутузов, по-прежнему пребывал в Петербурге, к делам учебного заведения заметно охладел и занимался ими мало, препоручив прямое руководство делами корпуса своим заместителям. За прошедшие 20 лет Иван Логинович постепенно превратился во влиятельного столичного вельможу, имел чин полного адмирала и звание вице-президента Адмиралтейств-коллегии. Он пользовался исключительным доверием и благорасположением императрицы, его любил наследник престола, генерал-адмирал флота Павел Петрович. Иван Логинович преподавал цесаревичу морские науки и являлся его наставником. Наследник очень гордился своим флотским званием и принимал активное участие в делах Морского корпуса. Директор военно-морского учебного заведения постоянно информировал его о проблемах корпуса, происшествиях, экзаменах, выпусках и переводах воспитанников. Павел Петрович часто бывал на занятиях, слушал лекции преподавателей. Ему особенно нравились морская тактика и корабельная архитектура. Нередко юный генерал-адмирал определял в Морской корпус сыновей бедных дворян и до их официального зачисления в комплектный штат воспитанников вносил за них на содержание деньги из своего генерал-адмиральского жалованья.

Обличенный высокими чинами и государственными обязанностями, Голенищев-Кутузов все же изредка навещал Морской корпус. Официально он продолжал еще оставаться его директором. Бывая в Кронштадте, адмирал встречался с преподавателями и воспитанниками, хлопотал о нуждах учебного заведения. Ему удалось добиться решения об увеличении расходов на содержание корпуса. К тому времени резко возросли цены на продукты питания и одежду. Средства на питание воспитанников увеличили с 8 до 12 копеек в день, а на одежду – с 32 до 36 рублей 20 копеек на каждого кадета в год. Общая же сумма ежегодного денежного финансирования Морского шляхетного кадетского корпуса стала составлять 187486 рублей в год.

Стараниями Ивана Логиновича в штат Морского корпуса дополнительно включили должности помощника инспектора классов, преподавателей морской практики, нравственной философии и права, итальянского, датского, шведского и латинского языков. Общая численность преподавательского состава в корпусе заметно увеличилась. По настоянию руководителя в Кронштадте при Морском корпусе открыли «математические классы» для наиболее способных гардемаринов и специальный геодезический класс для разночинцев. Одаренные выпускники геодезического класса впоследствии становились учителями корпуса.

Да, Иван Логинович продолжал руководить военно-морским учебным заведением, но, к сожалению, в силу разных обстоятельств и причин это уже был далеко не тот легендарный администратор, о котором раньше с такой теплотой и восторгом отзывался известный историк русского флота, член Адмиралтейств-совета Ф.Ф. Веселаго.

На четвертый день после своего официального вступления на престол император Павел I высочайшим указом объявил, что сохраняет за собой звание генерал-адмирала флота и одновременно сообщил директору Морского шляхетного кадетского корпуса И.Л. Голенищеву-Кутузову, что он, желая, «…чтобы колыбель флота – Морской корпус был близко к генерал-адмиралу», переводит его из Кронштадта в столицу.

После пожара в мае 1771 года значительная часть участка Морского корпуса на Васильевском острове (к северу от набережной Большой Невы) была роздана новым владельцам, которые построили здесь свои дома и предприятия: особняк директора Морского корпуса И.Л. Голенищева-Кутузова, деревянный дом вице-адмирала Вилима фон Дезина, сахарный завод купца Н. X. Каванаха. Значительный по размерам участок Морского корпуса на набережной Невы Екатерина II в 1793 году передала для размещения основанного ею в столице Корпуса Чужестранных Единоверцев, предназначенного для обучения православных юношей, вывезенных из Балканских государств и Греции во время первой Архипелагской экспедиции. Юноши были доставлены в Петербург с принадлежавших в то время России островов Эгейского моря.

Инициатором создания нового корпуса являлся главнокомандующий русскими военными силами в Средиземном море граф А.Г. Орлов. Директором учебного заведения императрица назначила графа А.И. Мусина-Пушкина – сенатора, президента Академии художеств и обер-прокурора Святейшего Синода.