В 1760 году капитан I ранга А.И. Нагаев сдал управление Морским корпусом капитану I ранга А.М. Давыдову, его вскоре сменил контр-адмирал Ф.С. Милославский. Адмирал энергично взялся за дело, ибо ему поручили «привести корпус в должный порядок». Федор Сергеевич, опытный моряк, разобравшись в сложившейся ситуации, составил план конкретных мероприятий, позволявших, по мнению его коллег, эффективно и в короткий срок улучшить работу учебного заведения. Однако при этом он поставил перед Адмиралтейств-коллегией единственное условие: упорядочить финансирование корпуса, ибо отпускаемые на его содержание кредиты по непонятным причинам не только необоснованно резко занижались, но и выплачивались не полностью. Педагоги увольнялись из корпуса, хозяйственная служба работала на пределе, а выпускники военно-морского училища не могли должным образом экипироваться.

Адмиралтейств-коллегия, одобрив планы нового директора, обратилась в Сенат с просьбой о повышении и упорядочении финансирования Морского корпуса. И организация материально-технического обеспечения учебного заведения стала постепенно налаживаться. Однако 24 апреля 1762 года император Петр III своим указом распорядился из трех столичных Кадетских корпусов (сухопутного, морского и артиллерийского) учредить одно военное учебное заведение под главным управлением обер-камергера, действительного тайного советника, генерал-лейтенанта, графа Ивана Ивановича Шувалова. Распоряжение царя незамедлительно выполнили, но уже через 2 месяца новая российская императрица Екатерина II, присутствуя на заседании Государственного Сената, отменила этот указ и приказала «отделить Морской шляхетный кадетский корпус от сухопутного и быть ему отдельно, на основании прежнего штата».

19 августа 1762 года Адмиралтейств-коллегия затребовала в свое ведение из сухопутного корпуса старшего из корпусных морских офицеров, капитана II ранга Ивана Логиновича Голенищева-Кутузова, со всеми служащими и воспитанниками Морского корпуса. Одновременно коллегия направила на высочайшее имя прошение о назначении в корпус нового директора, приложив к документу список возможных кандидатов (адмиралов) на эту должность.

Рассмотрев рапорт Коллегии, императрица Екатерина II начертала на нем свою резолюцию: «Капитану II ранга Голенищеву – Кутузову быть в оном корпусе впредь до указу, вместо положенного по штату капитана I ранга и помянутому Кутузову от интенданта Давыдова Морской корпус принять».

Иван Логинович Голенищев-Кутузов происходил из старинного дворянского рода. Его отец, флотский лейтенант, в 1743 году сначала определил своего 13–летнего сына в сухопутный кадетский корпус, но в том же году перевел его в Морскую академию, так как род Голенищевых-Кутузовых принадлежал к дворянам Новгородской губернии, кои по завещанию Петра I были обязаны пополнять корпус морских офицеров. В 1746 году 16-летний гардемарин И.Л. Голенищев-Кутузов производится в мичманы. Началась нелегкая морская служба на кораблях Балтийского флота. С 1761 года капитан-лейтенант Голенищев-Кутузов назначается преподавателем Морского корпуса.

Благодаря влиянию при дворе Ивану Логиновичу удалось увеличить финансирование корпуса, приумножить денежное содержание всех чинов учебного заведения и значительно увеличить численность преподавательского состава. Его стараниями в 1764 году в корпусе учредили должность главного инспектора классов, отвечающего за постановку и организацию учебного процесса. При первом инспекторе классов Г.А. Полетике впервые регламентировали объем учебных дисциплин, изучаемых в каждом полугодии. Теперь каждый учебный семестр обязательно завершался экзаменами. Регулярными стали самостоятельные занятия воспитанников учебного заведения.

Большинство инспекторов классов Морского шляхетного кадетского корпуса являлись опытными офицерами флота, эрудитами и высококультурными людьми, по десятку лет занимавшими свои посты и обеспечивавшими действенный надзор за постановкой занятий в корпусе.

Из числа классных инспекторов и руководителей учебной части некоторые впоследствии успешно занимали пост директора корпуса. Это, прежде всего, П.К. Карцов, И.Ф. Крузенштерн, А.П. Епанчин и последний инспектор классов – генерал-лейтенант флота А.М. Бригер.

В 1769 году в Морском корпусе открыли библиотеку. Инициатива ее организации принадлежит директору учебного заведения И.Л. Голенищеву-Кутузову.

В просторном зале корпуса расставили шкафы и полки. На них разместили печатные издания по разнообразным отраслям знаний. Фонд корпусной библиотеки хранил книги на русском и иностранных языках, в том числе последние переводы известных кораблестроителей и специалистов морского дела. Естественно, учитывая специфику военно-морского училища, для библиотеки в первую очередь приобретались учебники и основные методические руководства, необходимые для успешного освоения воспитанниками основных разделов программы, утвержденной Адмиралтейств-коллегией. Особой популярностью у учащихся пользовался труд профессора французского военно-морского училища П. Госта «Искусство военных флотов, или Сочинение о морской эволюции» в переводе И.Л. Голенищева-Кутузова.

В годы его правления в учебном заведении значительно повысились требования к изучению кадетами и гардемаринами таких важных учебных дисциплин, как корабельная архитектура, такелажное дело, судовождение и история мореплавания. Одновременно с этим в Морском корпусе улучшилось качество преподавания воспитанникам иностранных языков.

Известный историк отечественного флота Ф.Ф. Веселаго писал: «С назначением в Морской шляхетный кадетский корпус Ивана Логиновича Голенищева – Кутузова все приняло другой вид; вместо прежней медлительности и робких отдельных распоряжений были приняты быстрые, решительные меры – следствия единого хорошо обдуманного плана. Милости Государыни сыпались на нового начальника Корпуса. В 1763 году он был произведен в капитаны 1-го ранга; в 1764 году – в генерал-майоры и уже официально назначен директором Корпуса, генерал-интендантом флота, членом Адмиралтейств-коллегии, и – особенно лестная доверенность – определен наставником по морской части к Государю-Наследнику Павлу Петровичу…

Лишним будет говорить, что его образование, ум и деятельность соответствовали этим милостям. Иван Логинович получил превосходное воспитание, знал совершенно французский и немецкий языки и страстно любил русскую литературу. В его гостиной собирались почти все наши русские и иностранные знаменитости: ученые, литераторы и художники… Прекрасны были первые донесения Голенищева-Кутузова о состоянии Корпуса, хотя в них, может быть, несколько сильно говорилось о бывших недостатках. Так и видно в них человека пылкого, умного, который попал в любимую среду деятельности и которому счастье улыбается со всех сторон… Какая разница между утомительной, бесплодной борьбой А.И. Нагаева и успешными действиями И.Л. Голенищева-Кутузова.

Но не станем судить по одним успехам, а обратим должное внимание и на средства: у Алексея Ивановича Нагаева не было ничего, кроме собственных сил; – Голенищеву-Кутузову все благоприятствовало».

Современники полностью подтверждали характеристику, данную Ф.Ф. Веселаго директору Морского корпуса. Он действительно был широко образованным человеком, обладающим глубокими познаниями не только в морском деле, но и в истории, литературе и искусстве. Иван Логинович в совершенстве владел несколькими европейскими языками и слыл среди издателей прекрасным переводчиком. С большой любовью и вниманием он относился к своим воспитанникам, подолгу с ними беседовал и полагал, что во вверенном ему Морском корпусе постановка учебно-воспитательной работы и получение учениками морского образования должны быть результатом усвоения совокупности систематизированных знаний и практических навыков, которые впоследствии помогут офицеру флота в любой обстановке самостоятельно и успешно решать боевые задачи.