В подобен план д-р Хр. Орошаков оспорва обвиненията срещу Иван Багрянов и неговото правителство. Когато започва да анализира публикувания в печата поверителен доклад на министър-председателя до княз Кирил, председателстващият съда го прекъсва с репликата: „Този доклад за делото не е доказателство. Той не съществува.“ Какво се е случило междувременно?
След като на заседанието на Политбюро на 20 януари 1945 г. се изяснява, че докладът е фалшифициран, народният обвинител го изтегля. Истината обаче остава само в съдебната зала. Поради съществуващата цензура в печата няма опровержение. Само че докладът вече е изиграл своята роля и е успял да заблуди немалко хора. Призованият като свидетел на обвинението Никола Петков, министър без портфейл в правителството на ОФ, споделя пред съда мнението си за Иван Багрянов: „Смятал съм го за искрен и съм казвал на другарите, че като го гледам с тези сини очи, дава впечатление на много искрен човек. И ако не беше това, което съм прочел, досега бих вярвал.“
При новата ситуация защитникът на Иван Багрянов поставя въпрос за оправдателна присъда. Народният съдия Рада Тодорова прекратява спора с думите: „Той искаше да унищожи партизанското движение.“
Друга постановка, която защитниците оспорват в речите си, е въведената от народните обвинители линия да се определя вината „групово“. Така не може да се изясни индивидуалната отговорност на всеки един от министрите и да се потърси различна степен на вина при определяне на присъдите. Освен това защитниците пледират, че много от обвиненията не отговарят на конкретните факти или деяния, нещата се казват, но не са доказани, защото се използват готови формулировки. На тази основа между тях и съда възникват съществени различия. Такъв е случаят с проф. Йосиф Фаденхехт и член-съдия Ст. Манов.
В защитната си реч професорът обръща внимание на извода на следствието, че цар Борис III не е искал съвети от началниците на дворцовите канцеларии. Решенията е взимал сам след дълго и внимателно проучване на всеки отделен въпрос. Това се доказва и от техните дознания. Тогава Ст. Манов го прекъсва с репликата: „Щом не са давали съвети, защото царят не е приемал, тогава поне са съдействали за неговата политика.“ Проф. Й. Фаденхехт отговаря: „Но това е техническо съдействие от всички чиновници. Но това съдействие законът не го инкриминира.“
За да бъде още по-ясен, професорът привежда един пример и иска съдът да го разтълкува. Тезата му се свежда до следното. Ако един чиновник напише нотата за обявяване на война на САЩ и друг я занесе в посолството им, това „съдействие“ влиза ли в текста на закона, по който се съдят царските съветници?
Отговорът е традиционен: „Няма време.“
Втори върховен състав на Народния съд заседава в аулата на Софийския университет. Всяка сутрин народните представители — сега подсъдими, се докарват под силна охрана от Централния затвор. Още от 6 часа сутринта техни близки и познати (семействата им са изселени) очакват да ги зърнат от съседните улици. Но народната милиция е взела всички мерки до университета да не се допускат „външни лица“. За да не могат гражданите да видят подсъдимите, камионите спират плътно до задната входна врата на университета. В същото време организирани групи — повечето от ремсисти, заемат входа от двете му страни и скандират „Смърт на народните врагове“. Този сценарий се повтаря и след завършването на всяко заседание на съда.
По процедура съдебното дирене се води по същия ред, както при Първи върховен състав. Но поради големия брой на подсъдимите — 110 души, времето на разпитите е още по-ограничено и те завършват на 16 януари 1945 г. Създалата се атмосфера на напрегнатост и нервност в залата и съдийския състав дава отражение и върху общия ход на процеса.
Присъстващият като наблюдател лондонски кореспондент споделя с представителя на английската мисия в Съюзническата контролна комисия това, което го е впечатлило. Още при влизането си в съдебната зала той почувствал, че в нея витае една „предрешеност“. По лицата на подсъдимите се четели безразличие и отчаяност, но въпреки това „те се опитвали да се защитят достойно и повечето от тях убедително“.
Съдът иска от бившите народни представители да отговарят конкретно на поставените въпроси, без да им дава възможност да се впускат в дълги обяснения на събитията или да привеждат допълнителни факти, с които да се опитват да се оневиняват. Свидетелите са подбрани твърде прецизно, като се дава предимство на тези, посочени от обвинението.
На 28 и 29 януари 1945 г. народните обвинители Владимир Димчев, Георги Керемедчиев и Върбан Ангелов произнасят своите речи. Всеки един от тях поддържа обвинението срещу определена група подсъдими. Трудно е да се изясни на какъв принцип е било извършено разпределението на депутатите между народните обвинители. Вероятно това е станало в зависимост от участието им в парламентарните комисии, както и от речите и изказванията в парламента.
Пръв говори Владимир Димчев. Неговото обвинение е изградено по същата схема, както на Георги Петров, само че общата политическа част е в по-съкратен вариант. Депутатите се обвиняват за това, че са одобрили сключената на 1 март 1941 г. спогодба за присъединяването на България към Тристранния пакт, влизането на страната в Антикоминтерновския пакт на 13 декември 1941 г., обявяването на война на Англия и САЩ и т. н.
Освен това те са допуснали да се организират и провеждат враждебни акции против Съветския съюз, както и страната да се превърне в плацдарм на Германия във войната й срещу него.
Народният обвинител особено акцентува на факта, че бившите депутати са гласували антиеврейския Закон за защита на нацията от 24 декември 1940 г. и измененията и допълненията на Закона за защита на държавата. Оттук и общата оценка на Владимир Димчев е, че те не са били никакви народни представители, а „полицейски“, и са се „движели“ само по заповед на правителствата.
Една от точките на обвинителния акт гласи, че депутатите не само са допринесли за репресиите срещу партизаните, но всеки в своята околия „е организирал извършването на тези злодеяния“. Следствието обаче се натъква на доста по-различни факти, които не потвърждават подобна теза. Владимир Димчев е принуден да обърне внимание на съда да не взема предвид „дребните заслуги“ по неговите думи на някои депутати, като подпомагане по роднинска линия на нелегални, даване на материална помощ на близки и познати, попаднали под ударите на „фашистките закони“, спасяване на еврейски семейства и др. Затова той предлага да не бъде освободен от отговорност нито един от подсъдимите. За 17 души народни представители Владимир Димчев, иска да понесат най-строго наказание — смърт.
Народният обвинител Георги Керемедчиев се спира на вината на втората група бивши депутати. Той предлага да бъдат осъдени на смърт 8 души, а останалите да понесат различна степен на наказание. За изненада на съда Георги Керемедчиев настоява да не се търси съдебна отговорност на М. Ковачев. Последният е подкрепил в Народното събрание внесените от правителството законопроекти, но е подпомагал и партизанското движение. Това противоречи на постановката на Владимир Димчев и решението на Политбюро от 20 януари 1945 г., че „никой от депутатите (освен умрелите преди 1941 г.) не следва да бъде оправдан“.
Георги Керемедчиев оттегля обвинението от народния представител Атанас Попов поради установена „невменяемост“.
За третата група подсъдими народният обвинител Върбан Ангелов предлага всички да понесат наказания, но съдът да прецени какви да бъдат те.
На пледоариите на служебните защитници е определено време от непълни три дни. Поради наложените ограничения повечето от тях трябва да защитават от 5 до 9 души подсъдими.
Вниманието на защитниците е съсредоточено към това да предявяват пред съда смекчаващи вината обстоятелства за своите подзащитни по различни пунктове на обвинението. На първо място, те не отричат дейността им в парламента, но настояват тя да не се смесва с тази, която влиза в прерогативите на правителството. Става дума за неговите решения и издадени постановления, свързани с прилагането на законите. За тях народните представители не могат да носят отговорност, защото съгласно чл. 50 на Търновската конституция „Разпореждания да се въведе един закон в действие и да се вземат потребните за това мерки зависят от изпълнителната власт“.