Георги Петров споделя становището на Комунистическата партия, че Народният съд е продължение на чистката, но държи тя да става в рамките на закона. Затова той се обръща с писма до Дирекцията на народната милиция в София с копие до областните и околийските директори, милиционерски началници, кметове и комитетите на ОФ, в което предупреждава:
Да се разбере, че когато апаратът на народното обвинителство е вече в действие, Народната милиция остава един помощен и крайно полезен орган на народната обвинителска власт.
— Да престанат всякакви ексцесии, грабежи, бруталност и беззакония, за да се запази престижът на органите на Народния съд.
— Задължава ръководните органи на Народната милиция да организират служба за даване сведения на заинтересуваните близки — къде се намират задържаните лица, да се приемат необходимите им дрехи и храна.
Конфликтът с Дамян Велчев
На 25 октомври 1944 г. завеждащият Военния отдел на ЦК на БРП (к) полк. Георги Дамянов докладва пред Политбюро и членовете на контролната комисия за положението във войската. Той изнася данни, че от общо три хиляди действащи офицери, без запасните, досега са арестувани 151, а уволнени — 289. Отделно от тях в първите дни след 9 септември 1944 г. са задържани 350 офицери. На подготовка във Военното училище са изпратени 2000 ремсисти. Секретарят на РМС Титко Черноколев докладва, че към неговите централен, областен и околийски комитети има създадени военни отдели, които подпомагат чистката във войската. Политбюро обаче констатира, че тя съвсем не е задоволителна, и решава срокът й да бъде удължен до 15 ноември 1944 г.
В резултат последва нова вълна от масови репресии, засягащи кадровия потенциал на войската.
За „партийната чистка“ на 7 ноември 1944 г. полк. Георги Дамянов изпраща подробен доклад на Георги Димитров в Москва. Според него са арестувани 17 генерали, 45 полковници, 45 подполковници, 38 майори, 123 капитани, 204 поручици, 234 подпоручици и 40 офицерски кандидати — общо 746. С тях се води следствие и се готвят за Народния съд. Търсят се да бъдат задържани още 687 офицери, една част от които се укриват, други са на фронта, а трети „не ги дават началниците им“. „Още трябва да бъдат изгонени от войската — пише Георги Дамянов — 1650 офицери.“ Офицерски чин са получили 720 души партизани, повечето без военна подготовка и средно образование. А на 18 септември 1944 г. правителството е утвърдило заповедта на Главния щаб на НОВА за произвеждане в чин генерал-майор на „народните борци“: Тодор Тошев — о. з. майор, Петър Илиев — капитан, Владимир Стойчев — подполковник, Крум Лекарски — о. з. майор, Стоян Трендафилов — о. з. майор, Кирил Станчев — о. з. майор, Димитър Попов — капитан, и Димитър Томов — капитан. Те са главните действащи фигури в завземането на военното министерство и стратегическите пунктове на столицата през нощта на 8 срещу 9 септември 1944 г. По онова време посочените лица са членове на Военния съюз и политическия кръг „Звено“.
На 13 ноември 1944 г. министър-председателят Кимон Георгиев и министърът на войната Дамян Велчев се срещат с политическия секретар на ЦК на БРП (к) Трайчо Костов. Пред него те изказват остро недоволство от продължаващите на места „своеволни арести“, обиски и конфискации. Те подхвърлят „опасната“ според Трайчо Костов мисъл, че „ако милицията не е в състояние да се справи, да й се даде в помощ войската“. В случая неговото безпокойство идва от това, че в действителност войсковите части ще бъдат изпратени да контролират действията на органите на милицията и да предотвратяват незаконните арести. Затова Трайчо Костов отхвърля тяхното предложение, като им обяснява, че линията на партията е „за решителна борба против своеволията. Но настроенията на масите са олевели и стихията не може изведнъж да се овладее“. Обаче Трайчо Костов и дума не споменава за решението на Политбюро да се удължи срокът на чистката.
Но военният министър Дамян Велчев няма намерение да бъде страничен наблюдател. При това на 14 ноември 1944 г. е произведен в чин генерал-лейтенант, С окръжно от 18 ноември 1944 г. до гарнизонните и войсковите поделения той нарежда да не се допуска арестуването на военни, които са на фронта или са се завърнали от него. На 23 ноември 1944 г. Министерският съвет одобрява постановление № 4, внесено от военния министър. На заседанието не присъстват министрите на БРП (к). Според Никола Петков то е било подкрепено, за „да се вслушаме в съвета, даден на делегацията по примирието в Москва от министъра на външните работи В. Молотов, да се пазят офицерските кадри, понеже много трудно се създават“.
Съгласно постановление № 4 всички офицери, подофицери и войници от действащата войска и запасни, които са извършили или се уличават в извършване на престъпления по Наредбата-закон за Народния съд, ако изявят желание, могат да бъдат изпратени на фронта. Проявилите се да бъдат третирани по следния начин: ранените или наградените с орден за храброст се считат за напълно невиновни и се освобождават от всякаква отговорност; тези с примерно поведение се наказват с минимум наказание. Наказателно преследване срещу непосредствено участващите във войната не се възбужда, а там, където е възбудено, се спира.
С радиограма от Москва Георги Димитров предупреждава Трайчо Костов, че с постановлението на Дамян Велчев „фактически се анулира законът за Народния съд“. Това партията не бива да допусне.
Във връзка с „неправомерните арести“ по думите на Дамян Велчев на 25 ноември 1944 г. той издава специална заповед. За избягване на посегателства върху военнослужещи от неизвестни лица и „неотговорни фактори“ всички офицери и подофицери се задължават да спят в казармите, като вземат мерки за лична отбрана. При опит за незаконно задържане всеки военнослужещ да се противопостави с оръжие. По гарнизони да се формират комендантски охранителни взводове, а в дивизионните области — охранителни роти, въоръжени с автоматично оръжие. Командирите на полковете и частите да не допускат в казармите външни лица и задържането на техни подчинени. Военните се разследват само в казармените затвори, а ако трябва да бъдат разпитани на друго място, да бъдат винаги връщани за нощуване. Последното е предназначено да предотврати „безследното изчезване и отвличане на офицери“.
Реакцията на ЦК на БРП (к) е твърде остра. На 28 ноември 1944 г. Трайчо Костов и министърът на вътрешните работи Антон Югов са изпратени от Политбюро на разговор с Кимон Георгиев и Дамян Велчев. Той протича доста нервно, стига се дори до размяна на реплики. На тяхното искане за отмяна на заповедта Дамян Велчев възразява: „Аз не мога да позволя да се дезорганизира моята армия, да се арестуват мои офицери. Това, което прави милицията, ще накара хората да хванат гората.“ На забележката на Трайчо Костов, че той „защитава фашистите“, военният министър отговаря: „Не, аз защитавам достойнството на българския офицер.“
На среща в дома на Кимон Георгиев в присъствието на д-р Г. М. Димитров и Н. Петков Дамян Велчев заявява, че не ще позволи никому да прави еднопартийно управление и няма да допусне войската да стане партийна.
Поведението на Дамян Велчев се разглежда на специално заседание на Политбюро. Надделява мнението „да се изчака какво ще решат руските другари за Дамян Велчев и след това ще определим окончателно нашата позиция“.
Като резултат от заповедта на военния министър на 15 декември 1944 г. група въоръжени офицери се събират на пл. „Славейков“ в столицата. Те се опитват да освободят свои колеги от ареста на милицията. Подобни прояви има и в Сливен, Пловдив, Плевен и други градове. Налага се намесата на войскови части от Червената армия. Американските и английските представители в Съюзната контролна комисия изказват несъгласие с техните действия и искат обяснение на ген. С. Бирюзов. Отговорено им е, че това са „фашистки офицери“, които предстои да бъдат изправени пред Народния съд.
На 29 ноември 1944 г. ЦК на БРП (к) информира Георги Димитров в Москва: „Бирюзов рязко реагира на заповедта на Велчев, даже възнамерява да постави въпроса за извеждането на българските войски от София. Това създава за нас прекрасни възможности за завоюване на командните позиции в армията. Можем да помислим и за оставката на Велчев, който със своята провокаторска заповед изостри нашите отношения със съветското командване, и за поставяне на поста военен министър по-надежден човек... Днес ще имаме подробен разговор с Бирюзов и в зависимост от този разговор окончателно ще определим нашата линия.“