Единственным морским портом России оставался в XVII в. Архангельск. Навигация на северных морях прекращалась на зимний период. Даже в конце столетия в Архангельск прибывало не более 70 кораблей в течение летней навигации. Россия ввозила из Западной Европы оружие, сукна, вина, стекло, бумагу. Предметом вывоза были пушнина, сало, пенька, кожи, лес, холстина. Внешняя торговля находилась всецело в руках иностранных купцов, что вызывало естественное недовольство русского купечества. В 1653 г. власти ввели повышенные пошлины на иностранные товары. Протекционистская политика получила подтверждение в Новоторговом уставе 1667 г. Правительство удвоило пошлины на товары иноземных купцов, проданные ими за пределами Архангельска, и запретило этим купцам розничный торг по всей России.
Длительная война с Речью Посполитой подорвала экономические силы Русского государства и расстроила денежное обращение в стране. Чтобы покрыть военные расходы, казна приступила к выпуску медных денег, принудительно приравняв курс медных денег к курсу серебряных.
Появление в обороте массы обесцененных денег дезорганизовало внутренний рынок. Курс медных денег резко упал, а цены многократно поднялись. Товары стали исчезать с рынка один за другим. Власти собирали налоги серебром, а выплачивали жалованье медью. Приказные люди использовали неразбериху, чтобы набить себе карманы. В обороте появилось много фальшивых денег. С помощью взяток мошенникам–финансистам удавалось избежать какого бы то ни было наказания. В аферах и взятках заподозрена была родня царя — бояре Милославские. В 1662 г. в Москве произошли беспорядки. Толпа москвичей явилась в село Коломенское, где находился царь, и потребовала выдачи бояр Милославских и других изменников. Народ был разогнан вызванными из Москвы стрельцами. Бунт вынудил правительство вернуться к серебряному денежному обращению.
Время правления Алексея Михайловича вошло в историю как «бунташное время». Из всех народных выступлений той эпохи самым разрушительным и кровавым был бунт Разина. Донской атаман Степан Разин совершил разбойный поход на Каспийское море. Казачье войско разграбило несколько провинций на южном берегу Каспия и нанесло поражение персидскому флоту. На Дон разинцы вернулись с богатой добычей. Их столицей стал земляной Кагальницкий городок. К началу 1670 г. под знаменами Степана Разина собралось несколько тысяч казаков, беглых холопов и «гулящих людей» (вольницы). Когда в Черкасск прибыл царский посол Евдокимов, общевойсковой атаман К. Яковлев собрал казачий круг и заявил о своей верности государю. Однако на другой день в столицу Войска Донского явился Разин, добившийся от круга решения о казни Евдокимова, объявленного боярским лазутчиком. По возвращении в Кагальницкий городок разинцы выступили на Москву для искоренения «злых» бояр. Донские казаки попытались воскресить идею «доброго» царя, чтобы взбунтовать народ. «Добрым» царем должен был стать наследник престола царевич Алексей, которого в действительности уже не было в живых. Мятежники утверждали, будто «добрый» наследник спасся от бояр и отца и находится в казацком войске. Роль царевича исполняли поочередно пленный черкесский князь и один из казачьих атаманов. Разин объявил также, будто с ним идет на Москву патриарх Никон, гонимый царем Алексеем. Казаки перешли с Дона на Волгу и захватили Астрахань. Разин обещал народу волю и призывал к поголовному истреблению бояр и чиновников. Мятежных казаков поддержали нерусские народности Среднего и Нижнего Поволжья. Восстание охватило огромную территорию. Но Разину не удалось пробиться к Москве. После поражения под Симбирском Разин был схвачен и казнен в 1671 г. Мятеж Разина сопровождался истреблением дворян и приказных людей. В ответ власти казнили много тысяч повстанцев. Самозванческая интрига не получила развития в движении Разина и не привела к расколу российского дворянства, из–за чего бунт казаков так и не превратился в гражданскую войну.
Невзирая на мятежи и бунты итогом тридцатилетнего царствования Алексея Михайловича было упрочение самодержавных порядков в России. Организация Приказа тайных дел и выделение личных земельных владений монарха укрепили его власть и ограничили влияние Боярской думы. Алексей Михайлович достиг цели, избежав открытого конфликта с аристократией. В последние годы жизни царя Алексея исключительным влиянием при дворе пользовался А. С. Матвеев. Сын незнатного приказного чиновника Матвеев сделал карьеру благодаря службе в стрелецком войске. Получив чин стрелецкого полковника, А. С. Матвеев был назначен начальником Посольского приказа и произведен в бояре. После того как государь овдовел, Матвеев сосватал ему свою воспитанницу Наталью Нарышкину. Родоначальником фамилии Нарышкиных был крымский татарин, выехавший на службу в Москву. Отец Натальи был мелкопоместным дворянином и жил в провинции. Недруги Нарышкиных злорадствовали по поводу того, что в детстве будущая царица ходила по ягоды в лаптях. Дом Матвеева, приютившего провинциальную барышню, был обставлен по–европейски. Матвеев был женат на шотландке. Будучи поборником западноевропейской культуры, он держал в своем доме труппу актеров. Нарушая дворцовый ритуал, Алексей Михайлович бывал в гостях у своего любимца. В двух браках у царя Алексея было 11 детей. Государь позаботился о том, чтобы закрепить трон за старшими сыновьями от царицы Милославской. Но все они обладали плохим здоровьем и рано умерли. 30 мая 1672 г. царица Наталья Нарышкина родила сына Петра Алексеевича, будущего императора.
Алексей Михайлович умер 46 лет от роду в 1676 г. От рождения он обладал добрым сердцем, хотя и отличался вспыльчивостью. Государь не обладал литературным талантом, но охотно писал письма своим боярам, духовным лицам, родне, а кроме того, пробовал сочинять стихи. Алексей живо интересовался успехами западной цивилизации, не прочь был перенять некоторые ее новшества, в особенности те, которые обеспечивали комфорт царской семье. Но пассивность характера и привязанность к привычной московской старине не позволили самодержцу всерьез заняться преобразованием русского общества.
Едва на трон вступил четырнадцатилетний царь Федор Алексеевич, бояре поспешили забрать бразды правления в свои руки. По решению Боярской думы был ликвидирован Приказ тайных дел, стеснявший власть бояр. Временщика А. С. Матвеева отправили в ссылку. Придворная стрелецкая гвардия утратила прежнее влияние.
Боярская дума конца XVII в. не была центром и средоточием косных сил, противившихся всяким реформам. При царе Федоре вожди думы в лице В. В. Голицына и молодых друзей царя объявили об отмене одного из самых архаических институтов Московского государства — местничества, ограждавшего привилегии боярской аристократии.
Царь Федор Алексеевич умер в двадцать лет, не оставив потомства. Незадолго до его смерти из ссылки в Москву вернулся А. С. Матвеев. Он сумел найти общий язык с ближайшими советниками умершего государя и другими членами думы, недовольными многолетним засилием Милославских. После смерти Федора претендентами на трон выступили его братья царевич Иван, сын Милославской, и Петр, сын Нарышкиной. Старший из братьев отличался умственной неполноценностью. Десятилетний царевич Петр был живым и умным мальчиком. Матвеев добился того, что духовенство и дума остановили свой выбор на Петре. Опираясь на решение Боярской думы, патриарх объявил о наречении Петра на трон. Но сторонники Петра и Нарышкины не позаботились о том, чтобы привлечь на свою сторону стрелецкий гарнизон столицы. Их просчет имел роковые последствия.
Алексей не жалел денег на свою стрелецкую гвардию. Царь Федор, занявшись реформой дворянского войска и отменив местничество, жаловал стрельцов не столь щедро, как отец. Стрельцы не скрывали своего недовольства. Милославские использовали династический кризис и волнения стрельцов для расправы со своими политическими противниками. Они распустили слух, будто законный наследник царевич Иван задушен во дворце. 15 мая 1682 г. столичный гарнизон поднял мятеж. Под барабанный бой, с распущенными знаменами стрельцы вошли в Кремль и окружили царский дворец. Мятеж застал Нарышкиных врасплох. Испуганная царица вывела детей на Красное крыльцо, чтобы показать их народу. Но сладить с толпой было невозможно. В течение трех дней стрельцы и чернь чинили расправу над боярами. Среди убитых были дядя Петра И. К.Нарышкин, воспитатель царицы Натальи А. С. Матвеев, многие видные бояре. Подлинному разгрому подвергся круг соратников царя Федора, выступивших с инициативой широких реформ. Дело преобразования русского общества оказалось отложенным на много лет. Воспользовавшись мятежом, Милославские настояли на коронации обоих братьев Ивана и Петра. Стрельцы потребовали от малолетних государей, чтобы те выдали им похвальную грамоту за избиение изменников и присвоили звание «надворной пехоты» (дворцовой гвардии).