Лихуды развернули резкую полемику против латино–польского направления. Сильвестр Медведев отвечал им с большой запальчивостью. Падение правительства Софьи, покровительствовавшего западникам, роковым образом сказалось на их судьбе. Патриарх Иоаким окончательно перешел на сторону грекофилов. К руководству Академии пришли Лихуды. Греческая партия обвинила в ереси С. Медведева и других представителей польско–латинско–украинской образованности. Патриарх публично осудил личность и сочинения Симеона Полоцкого. Церковный собор 1690 г. подтвердил его решение. Сторонников латинского направления из числа киевских и белорусских монахов обвинили в том, что во время обучения за рубежом в католических школах они приняли унию, подчинившись решениям Флорентийского собора об объединении римской и греческой церкви. Собор постановил сжечь сочинения С. Медведева и осудил издания киевских православных типографий. Патриарх добился высылки из Москвы иезуитов. Ортодоксы не стеснялись в средствах. Их наветы погубили С. Медведева. Обвиненный в желании короновать Софью, он был казнен 11 февраля 1691 г. Победа греческой партии воздвигла преграду на пути распространения западноевропейской культуры и науки в России.
В обстановке начавшихся гонений тень подозрения пала в конце концов на самих Лихудов, затеявших борьбу с западниками. Европейское образование братьев давало о себе знать. Они преподавали в Академии философию в духе западных латинских школ, в богословских курсах употребляли «силлогизм» в духе Фомы Аквинского. Не доверяя их учености, московское ортодоксальное духовенство направило жалобу на братьев восточным патриархам. В 1694 г. Лихуды были вынуждены покинуть Москву и нашли прибежище в Новгороде. Занятия в московской Академии продолжались, но их уровень резко понизился.
Гражданская война разбудила русскую общественную мысль, замершую после опричной грозы. Крупнейшие писатели своего времени дьяк Иван Тимофеев, монах Авраамий Палицын, князь Иван Хворостинин, князь Семен Шаховской составили исторические сказания и повести, в которых пытались осмыслить уроки Смутного времени. Иван Тимофеев считал главной причиной постигшей Россию беды измену старине, крушение традиций. Государи превысили власть, данную им Богом. «Малые» стали одолевать «великих», рабы восстали на господ. Как и Курбский, Иван Тимофеев называл бояр (аристократию) столпами великими, на которых земля (государство) держится. Смута поразила Россию за грехи всего общества: «согрешили все от головы до ног, от великих и до малых». Писатель равно осуждал и «безумный шум» черни (долг черни — молча повиноваться властям предержащим), и «безумное молчание» знати. Царство, потерявшее государя, подобно вдове, ибо царь есть оплот порядка и власть его от Бога. Смута заставила русских людей задуматься о будущем России, ее положении в Европе и историческом предназначении. Иван Тимофеев первым обратился к русским людям с горьким упреком, что они разобщены, поворачиваются спиной друг к другу и смотрят одни к востоку, другие — к западу (в разные стороны).
Заметное влияние на развитие литературы в XVII в. оказал церковный раскол. «Житие протопопа Аввакума», им самим написанное, стало первым произведением автобиографического жанра, неизвестного ранее в России. Вождь раскола сознавал себя пророком, но написанное им «Житие» — не панегирик себе, а взволнованная исповедь, рассказ о хождении по мукам. Ссылка в далекую Сибирь, а затем на дикий Север, заточение в страшный земляной острог в Пустозерске — таковы внешние события, описанные им в «Житие». Стиль сочинения Аввакума отчасти напоминает стиль посланий Ивана Грозного. Но язык Аввакума ближе просторечию и более образен. Драматический стиль повествования «Жития» занял свое особое место в истории новой русской литературы.
На Руси певцы былин употребляли с древних пор стихотворную речь, но без использования рифмы. В книжную литературу XVII в. стихотворство пришло не из фольклора, а как заимствование из польской литературы. Выступая в качестве придворного поэта, Симеон Полоцкий писал стихи в стиле польского барокко. Польское силлабическое стихосложение не соответствовало строю русской речи, поэтому «вирши» Полоцкого не имели художественной ценности. Перу того же писателя принадлежали первые русские пьесы–притчи, предназначавшиеся для московского придворного театра. В 1672 г. пастор Грегори из Немецкой слободы по поручению царя Алексея Михайловича основал московский театр. Грегори и ученики его школы играли сцены из библейских книг, поставили «Жалобную комедию об Адаме и Еве». Придворный театр не имел собственного здания, и его многочасовые спектакли шли в летних подмосковных дворцах царя, в доме боярина А. С. Матвеева и других местах.
Из–за разрухи, вызванной Смутой, каменное строительство в России надолго прекратилось. Города были разорены дотла. Городское население разбрелось по деревням. Властям с трудом удалось собрать в разоренной Москве каменных мастеров и каменщиков. Центром каменного строительства стал московский Приказ каменных дел, руководивший восстановлением и строительством крепостей, дворцовых и прочих зданий. В стенах Приказа были собраны лучшие русские мастера — Антон Константинов, Бажен Огурцов, братья Старцевы и др. Ряд проектов они выполнили под руководством приглашенных из Западной Европы инженеров. В 1624–1626 гг. англичанин Христофор Галловей и Важен Огурцов надстроили Спасскую башню Московского Кремля, украсив верх сквозными готическими арками и белокаменными «болванами» (статуями) в нишах. Наготу «болванов» царь велел прикрыть суконными кафтанами. В 1672–1686 гг. завершение получили также другие башни. Особой декоративностью была отмечена надстройка Троицкой башни. Кремль — цитадель империи — приобрел свой окончательный вид. Зодчие Б. Огурцов и А. Константинов руководили сооружениями Теремного дворца Кремля (1635–1636 гг.).
После Смуты были предприняты попытки возродить шатровый стиль. Последней шатровой церковью в Москве была церковь Рождества в Путинках (1649–1652). Вступив на патриарший престол, Никон в 1652 г. запретил строительство шатровых храмов. Инициатор церковной реформы увидел в красочности и нарядности шатрового стиля отступление от религиозной идеи. Сосредоточив в своих руках огромную власть и фактически став правителем государства, Никон осуществил грандиозные строительные программы, подкрепившие его теократические устремления. Он достроил церковь Двенадцати апостолов в Кремле и Патриарший двор, основал Иверский монастырь на острове посреди живописного Валдайского озера, построил Крестный монастырь на Кий–острове на Белом море. Строительством руководил каменных дел мастер Аверкий Мокеев, не обладавший особым художественным даром, но имевший большой опыт строительства.
Греческие иерархи, из года в год приезжавшие в Москву за милостыней, выражали надежду на то, что Россия поможет православным народам Балкан освободиться от турецкого ига. Перспектива превращения Московского царства в мировую православную империю побудила патриарха Никона осуществить проект, выдвинутый в свое время Борисом Годуновым. На Руси был воздвигнут собор, служивший копией храма гроба Господня в Иерусалиме, главной святыни всех христиан. Местом для храма стала не кремлевская площадь, а живописные берега реки Истры под Москвой, где патриарх основал Ново- Иерусалимский монастырь. Грандиозный Воскресенский собор, воздвигнутый в монастыре, надолго стал образцом для русских зодчих.
Монастыри, неоднократно подвергавшиеся нападениям в Смутное время, спешили обзавестись в XVII в. мощными укреплениями. Перестраиваются башни Троице — Сергиева монастыря. Замечательным памятником северной архитектуры стал «новый город» (крепость) Кирилло — Белозерского монастыря, сооруженный в 1633–1679 гг. Знакомство с западным искусством сказалось на вкусах русской знати. Первый сановник государства Л. К. Нарышкин, дядя Петра I, в 1690–1693 гг. выстроил в своей усадьбе церковь Покрова в Филях. Новый архитектурный стиль получил наименование нарышкинского барокко.