Русско–шведская война помогла полякам оправиться от поражения и освободить Польшу от шведских войск. После смерти Богдана Хмельницкого гетман И. Выговский объявил о возвращении Украины под власть польского короля. В войне с царскими войсками казаки опирались на помощь Крымской орды. Летом 1659 г. русские потерпели поражение в битве под Конотопом. С помощью запорожцев хан заманил в западню дворянскую конницу и разгромил ее. По приказу хана пленные дворяне были зарезаны все до единого вместе с их предводителем Пожарским.

Заключив мирный договор со Швецией, Речь Посполитая направила все военные силы против России. Однако взаимное ослабление этих государств усилило позиции Крыма и турок в Восточной Европе. В 1660 г. армия боярина В. Б. Шереметева при поддержке нового гетмана Украины Юрия Хмельницкого предприняла наступление на Львов. Крымские татары, действуя совместно с войском польским, окружили московскую армию и принудили ее сложить оружие. Шереметев оказался в крымском плену. Хмельницкий, не получив своевременно помощи от русских, был вынужден заключить с поляками мирный договор, по которому Украина вновь перешла под власть Польши.

Поражения и внутренние трудности вынудили Россию искать мир с соседями. В 1661 г. русские заключили мир со Швецией и отдали все земли вдоль Невы и в Прибалтике. В 1667 г. Андрусовское перемирие положило конец 13-летней войне между Россией и Речью Посполитой. Россия потеряла литовские земли, но вернула Смоленск, Чернигов и другие города, захваченные поляками в период Смуты. Украина оказалась расчленена на две половины. Левобережная Украина, где гетманом был ставленник Москвы, перешла под власть царя. По условиям перемирия Россия должна была временно, на два года, сохранить под своим управлением Киев, занятый ее войсками. Запорожская Сечь (укрепленный городок на Днепре, бывший столицей Запорожского казачьего войска) признавалась совместным владением Польши и России. Мир был закреплен договором о совместных боевых действиях против турок и татар в случае их вторжения. Война, начатая во имя освобождения православного украинского народа, завершилась разделом Украины. В самой России она породила экономические трудности и финансовый кризис.

Смута поколебала авторитет церкви. Духовенство сознавало необходимость реформы церковной жизни, но среди пастырей церкви не было единодушия. Споры о вере и обрядах стали прологом к церковному расколу. Царь Алексей был человеком глубоко религиозным. Особым влиянием на государя пользовался его духовник Стефан Вонифатьев, собравший подле себя кружок «боголюбцев». В него входили священники, выделявшиеся своим благочестием и даром красноречия. Царь собрал их из разных городов России. Вонифатьев, Иван Неронов, Аввакум Петров, Никон и другие «боголюбцы» заботились об упорядочении церковных дел и обрядов, об исполнении церковью ее высокой нравственной миссии, исправлении книг на Печатном дворе. После Смуты Печатный двор возобновил и расширил масштабы своей деятельности. В свое время Максим Грек пытался исправлять московские рукописные книги по греческим оригиналам, но он кончил свою жизнь в тюрьме. Среди московского духовенства прочно утвердилась мысль о том, что греки не смогли сохранить свою веру в чистоте под властью турок. Тем не менее Печатный двор не мог обойтись без услуг ученых греческих монахов. Ревнители московского благочестия с недоверием следили за их деятельностью. Они были твердо убеждены в том, что после падения Византии на долю Москвы выпала задача сохранения чистоты православной веры, из чего следовало, что при исправлении богослужебных книг за образец должны быть взяты не греческие, а московские рукописные книги. Претензии такого рода, естественно, не встречали сочувствия греков. В середине XVII в. русские люди были потрясены известием о сожжении московских богослужебных книг на Афоне. Напряжение во взаимоотношениях грекофилов и их противников постоянно нарастало. Официальное руководство церкви отвергало любые попытки реформы московских обрядов и обычаев. «Боголюбцы», рассчитывая на поддержку царя, не побоялись вступить в конфликт с главой церкви. Поначалу их усилия сосредоточились на том, чтобы упразднить многогласие в церковной службе, когда несколько священнослужителей пели и читали молитвы одновременно, из–за чего прихожанам трудно было что–нибудь понять. Вонифатьев и его окружение требовали введения «единогласия». Патриарх воспринял новшества как покушение на московскую старину. Созванный им в 1649 г. собор наложил запрет на «единогласие». Когда же Вонифатьев заявил, что в Московском государстве нет более Божьей церкви, собор пригрозил царскому духовнику судом и казнью.

Никон разделял взгляды «боголюбцев», по их взаимоотношения подверглись суровому испытанию, когда он занял патриарший престол и приступил к реформе. Восточные иерархи, зачастившие в Москву, охотно обсуждали с царем и его окружением планы возрождения Византии под эгидой России. Один из таких иерархов предсказал Никону, что после освобождения Константинополя от турок он вернет православию храм святой Софии и станет главой мировой православной церкви. Идеи подобного рода высказывались неоднократно, и московские умы были давно подготовлены к их восприятию. При патриархе Иове теория «Москва — третий Рим» подкрепила претензии московской церкви на равное положение с восточными патриаршествами. При «великом государе» Никоне названная теория получила новую имперскую направленность. Идея мирового православного царства, усвоенная царем Алексеем и Никоном, стала одной из главных причин раскола русской церкви. Поставив под свою власть Украину и имея в виду перспективу дальнейшего объединения православных народов Восточной Европы и Балкан, царь и его советники должны были позаботиться о достижении религиозного единства, без чего империя лишилась бы прочного фундамента. Достичь такого единства можно было двояким способом. Первый заключался в том, чтобы взять за образец московские обряды и переводы и навязать их грекам, украинцам и всему прочему православному миру. Другой путь состоял в том, чтобы внести исправления в московские обряды и книги, следуя новогреческим образцам. Никон избрал второй путь, признав, что русской церкви следует поучиться у более образованных греков и ученых киевских монахов. Ближайшим помощником Никона выступил известный украинский богослов Епифаний Славинецкий. Исправление книг патриарх поручил Арсению Греку. В прошлом Арсений не раз менял веру, был униатом, принял ислам, за что в России был сослан на покаяние в Соловецкий монастырь. Никон освободил Арсения, вызвал с Соловков и определил на Печатный двор. Следуя приказу патриарха, Печатный двор начал исправлять московские книги по греческим оригиналам, а затем церковные власти внесли изменения в обряды. При Грозном митрополит Макарий с собором приговорили креститься двумя перстами, как в Москве, а не тремя — как в Новгороде, повторять возглас «Аллилуйя» дважды, а не трижды, служить литургию на семи, а не на пяти просфорах, писать имя Исус, а не Иисус и пр. Никои, обнаружив расхождения русского обряда с греческим, решительно стал на сторону греков и единоличным приказом велел прихожанам креститься тремя перстами, потому что так крестятся греки.

Собор 1654 г. одобрил новшества и внес изменения в богослужение, из–за чего сократились литургия, обряды крещения и покаяния. Собор предписал ходить вокруг аналоя не по солнцу («посолонь»), а против солнца, отменил поклоны на коленях, когда молившиеся били челом о землю, запретил иконы, написанные не в византийской, а в западноевропейской манере. Еретические иконы подверглись публичному поруганию: с досок соскабливали лики святых и в таком виде носили по городу.

Столкнувшись с сопротивлением бывших друзей, Никон подверг разгрому кружок «боголюбцев»: Аввакум был сослан в Сибирь, Неронов — в Каменский монастырь на Кубенском озере. Епископ Коломенский, осмелившийся усомниться в некоторых из нововведений, лишился сана. Священный собор отлучил от церкви всех противников реформ.