Отже, внаслідок змови обох воюючих країн відбувся поділ України, тобто офіційно, юридичне оформлений міжнародним трактатом поділ української території на три частини.

Андрусівська угода мала катастрофічні наслідки для України. Вона перекреслювала українсько-російський договір 1654 р., найважливішою і першорядною умовою якого був захист українського народу від ворогів, а також зобов'язання Москви ніколи не віддавати Україну польському королю. Тому передання половини України Польщі, у боротьбі проти панування якої у кількавіковій боротьбі український народ пролив багато крові, було справжнім злочином, підступною, чорною зрадою Москви.

Представників України не допустили до участі в переговорах, їх не визнавали юридичною стороною. В Андрусівському трактаті формулювалося, що у володінні Росії залишаються "відвойовані у Речі Посполитої" міста і землі. Навіть не згадувалося, що це територія України, яка за міждержавним договором тільки 13 років тому добровільно приєдналася до Російської держави. Формула трактату "завойовані землі" давала право Москві встановлювати на них свої порядки і закони. Таким чином царський уряд за допомогою міжнародного трактату спробував здійснити інкорпорацію України і свідомо ламав договір 1654 р., за яким він зобов'язувався зберігати "права і вольності" Української держави. Україну позбавляли статусу суб'єкта міжнародного права. Українсько-російські відносини тепер мусили визначатися Андрусівською угодою між Річчю Посполитою і Московскою державою.

Царський уряд, віддавши Правобережжя, намагався зміцнити свою владу на Лівобережній Україні. Взагалі Андрусівська угода фіксувала зміни у розстановці політичних сил Східної Європи в другій половині 60-х років. Відтіснивши на другий план Польщу, лідером ставала Московська держава.

Третій пункт Андрусівського трактату, за яким Запорозька Січ потрапляла під спільну зверхність Польщі й Москви — двох ворожих держав — узагалі був історичним нонсенсом, що спричинив ряд гострих колізій і ставив запорозьке козацтво у надзвичайно важке становище. Січ примушували служити Речі Посполитій, що постійно вела наступ на Запорожжя, перешкоджала походам козаків проти турецько-татарських нападників, прагнула знищити запорожців.

Андрусівська угода викликала гнів серед усіх верств українського народу. На Лівобережжі серед старшини виникла справжня паніка. Навіть найбільші прихильники Москви були обурені й вражені її політикою щодо України. Вибухнуло повстання, що охопило Правобережну і Лівобережну України. Його очолили правобережний гетьман Петро Дорошенко, кошовий отаман Запорозької Січі Іван Сірко, змушений був приєднатися навіть лівобережний гетьман Іван Брюховецький. Український народ виступив і проти панування Польщі, і проти Московської держави.

Розгортався народний рух проти царських воєвод. На Слобожанщині повстання 1668 р. очолив Іван Сірко, який на той час був харківським полковником, його підтримали міста Цареборисів, Маячки, Зміїв, Валки, Мерефа, Харків. До українських слобідських козаків приєднувалися ратні люди з деяких царських гарнізонів, які зазнавали утисків від своїх воєвод. Однак харківський воєвода, маючи численний гарнізон і оснащений великою арматою, завдав повстанцям під Охтиркою тяжкої поразки.

І все ж влада Москви в Україні захиталася. Царський уряд пішов на поступки. Він затвердив гетьманом колишнього чернігівського полковника Дем'яна Многогрішного. Дорошенко, який на деякий час об'єднав розділені Польщею і Москвою частини України, залишив на Лівобережжі того ж Многогрішного своїм наказним гетьманом. Многогрішного старшина обрала в Глухові на лівобережного гетьмана. Прийняті в Глухові статті значно зменшували кількість воєвод і обмежували їх функції тільки командуванням гарнізонами. Було внесено також важливу статтю про обов'язкову участь українських делегатів у дипломатичних справах Москви.

Після Андрусова загострилася міжусобна боротьба старшини за гетьманство. Були моменти, коли в Україні існувало одночасно чотири гетьмани різної політичної орієнтації. Кожен із них тягнув за собою козаків свого полку і обов'язково запрошував до союзу орди кримського хана. Руїна досягла апогею. Розпалювалася громадянська війна в Україні.

Для кожного народу не може бути нічого страшнішого, трагічнішого, ніж громадянська війна, коли брат вбиває брата, коли руйнуються, знищуються матеріальні й духовні набутки багатьох поколінь, найбільші досягнення їх культури. Над нацією нависає загроза зникнення.

Андрусівське перемир'я спричинило посилення протурецьких і протатарських настроїв у середовищі козацької старшини, Ті, що боролися проти царизму, після 1667 р. вже не могли спиратися на Річ Посполиту. А правобережні старшини не могли розраховувати на підтримку Московської держави у боротьбі проти Польщі. Тому дехто з них звертав свої погляди до Кримського ханства і султанської Туреччини.

Петро Дорошенко після першого повідомлення про Андрусівське перемир'я відправив послів до турецького султана. У політичній програмі Дорошенка — визначного полководця, політика і дипломата — передбачалось об'єднання обох частин України в єдиній Українській незалежній державі. Широка популярність забезпечила йому підтримку серед усіх верств народу України.

Дорошенко, очоливши повстання, утримував владу над Правобережжям, намагався примусити Польщу відмовитися від свого панування там. Згодом майже вся Лівобережна Україна визнала гетьманство Дорошенка.

У 1669 р. офіційним трактатом було оформлено протекторат Туреччини над Правобережжям. Так Дорошенко сподівався вивести Україну з-під влади Польщі й Москви, під номінальним протекторатом Туреччини та при нейтралітеті Москви і Польщі відновити Українську державу. Склалося інакше.

Турецький султан на свій лад використав протекторат над Правобережною Україною. У 1672 р. трьохсоттисячне військо вторглося в Україну нібито для захисту свого васала. Турецькі й татарські війська, долаючи величезний опір, завоювали Кам'янець-Подільський та інші міста, спустошили і розорили українські землі. Після облоги Львова кримський хан розіслав татарські чамбули по всій Правобережній Україні. Україна не знала подібного татарського нападу — так багато міст і сіл було сплюндровано, стільки людей забрано у неволю. Нечисленні військові частини, що їх виставила Польща, не могли протистояти цій навалі. 18 жовтня 1672 р. польський уряд уклав у Бучачі мир з Оттоманською Портою, за яким до Туреччини відходила велика частина Правобережної України.

Дорошенко ще робив спроби об'єднати Україну хоча б під егідою московського царя, однак на заваді став лівобережний гетьман Іван Самойлович. Безчинства, грабунки, що їх чинили турецькі й татарські союзники Дорошенка, відвернули від нього народ; козаки покинули правобережного гетьмана. У вересні 1676 р. він переїхав Дніпро і склав перед козацьким військом гетьманські клейноди, які передали Самойловичу. Колишнього гетьмана на вимогу царського уряду відправили до Москви. Він був деякий час воєводою у Вятці, потім одержав у власність село Ярополче поблизу Москви, де помер і був похований. Правнучкою українського гетьмана була дружина О. Пушкіна — Наталя Гончарова.

Іван Самойлович шукав ласки московських правителів. Наприклад, сприяв призначенню на київську митрополію єпископа Святополка Четвертинського, який за наполяганням гетьмана прийняв посвячення московського патріарха. Це означало для української православної церкви втрату незалежності.

Протягом кількох віків в Україні виробилась своя система соборності: митрополита обирав помісний собор Української церкви, єпископів — єпархіальні собори. Царгородський (константинопольський) патріарх, під юрисдикцією якого перебувала сім століть в умовах автокефалії українська православна церква, тільки затверджував вибір митрополита і ставив його на митрополичу кафедру. Автокефальна церква України протягом свого незалежного існування виробила національні особливості, традиції та звичаї церковно-релігійного життя.