Якою наругою, яким лицемірством було те, що Петро І, який відверто і брутально нищив усі вольності, права і привілеї України, обіцяв у грамотах "нашим, царского величества, словом… нерушимо, свято содержать", і при цьому посилався на договір 1654 р. Навіть посадивши на шию українського народу Малоросійську колегію, що була по суті окупаційною владою в Україні, цар заявляв гетьманові, що цій колегії "велено все чинить по трактату, учиненному с Хмельницким".
Після смерті Скоропадського, у 1722 р., Петро І заборонив вибори нового гетьмана. Ще Скоропадський призначив наказним гетьманом Павла Полуботка. Спроба козацької старшини домогтися відновлення гетьманства і ліквідації Малоросійської колегії була придушена Петром з небувалою жорстокістю — взагалі вритаман-ною його правлінню. Про це розповідається у Чернігівському літописові від 1723 р.
"Канцелярист Іван Романович подав челобитную от усього війська малоросійського, за підписом рук усієї полкової та сотенної старшини і товариства бунчукового і значкового до рук самій імператорської величності, з церкви святої Троїци по службі Божій йдучому, ноября 10 числа. Так зараз в кофейний дом увійшовши і вичитавши, і вишедши з того дому, того ж моменту, ізволив приказать своїми устами генералу майору і гвардії Преображенського полку майору Андрію Івановичу Ушакову, з великим гнівом і яростію, взяти під караул полковника Павла Полуботка, судію єнерального Івана Черниша, Семена Савича, писаря єнерального, там же при кофейному домі стоявших, і всіх, хто за ними асистовав. Від котрих і від усіх, відв'язавши своїми руками шаблі, тот же єнерал Ушаков повелів усіх попровадити у замок мурований пітербургській, де, з первого часу, порізно були всі за караулом посажені. Потім по чотири чоловіки злучені, а далі, знову неділь з кілька, поодинці розведені. А взято тоді при головній старшині під караул у замок полковників показних трьох: 1) гадяцького полкового судію Григорія Грабянку, 2) переяславського есаула полкового Івана Кирпича, 3) стародубського Петра Корецького да бунчукового товариша Дмитрія Володківського, канцеляриста Військової єнеральної канцелярії Миколу Ханенка, Іосифа Гаврилова, Насиля Биковського, стародубського значкового Стефана Носовича, чернігівського значкового Івана Римшу. А слуг усіх, на господі де стояли, під караул побрано й усі пожитки, у кого що било, сукні й гроші, одібрано… Того ж часу взято з України полковника миргородського Апостола в Москву і Санкт-Петербурх, есаула єнерального й бунчукового з Глухова, а деяких полків побрано в Глухів старшину полковую и держано под караулом".
Під 1724 р. в чернігівському літопису повідомляється про смерть Павла Полуботка "18 грудня на замку Пітербургськом, під караулом і поховання його при церкви Самсона Страннопріємца".
Після смерті Петра І в 1725 р. арештованих старшин звільнили з ув'язнення. Вони повернулися на Україну, і серед них — майбутній гетьман Данило Апостол. Малоросійська колегія була ліквідована, у 1727 р. відновлено гетьманство. Царський уряд пішов на це, щоб мати підтримку з боку козацької старшини у зв'язку із загостренням російсько-турецьких відносин.
Обраний гетьманом Данило Апостол був видатним діячем, талановитим військовим керівником. Влада Данила Апостола була обмеженою, контролювалась царськими радниками на чолі з резидентом, які стежили за всіма сторонами діяльності гетьманського уряду.
Нищення автономії України та її пограбування ще більше посилилося за царювання Анни Іоанівни, коли при її дворі осіла зграя авантюристів, німців за походженням — Мініха, Бірона, Остермана та ін. По смерті Данила Апостола (1734) вибори гетьмана були заборонені, а керівництво Україною передано Правлінню Гетьманського уряду, до складу якого увійшли російські чиновники, призначені царським урядом, та задля годиться, — українська старшина. Очолював правління царський резидент — генерал, князь І. Шаховський, який був фактичним правителем України. Йому підлягали два російські чиновники та генеральний обозний Яків Лизогуб з двома представниками української старшини. Створення Правління гетьманського уряду було наступним після заснування Малоросійської колегії кроком у нищенні автономії України, проявом політики національного гноблення, яку ще більше посилив російський царизм у другій чверті XVIII ст. Правління гетьманського уряду проіснувало до 1750 р., коли знову було тимчасово відновлено гетьманство. Імператриця Єлизавета Петрівна прихильно ставилася до України. Резиденцією для обраного гетьмана Кирила Розумовського визначався Батурин. Єлизавета Петрівна наказала відновити колишню гетьманську столицю, яку в 1709 р. Меншиков за наказом Петра І зруйнував, а все населення, у тому числі жінок і дітей, знищив.
У 1764 р. Катерина II остаточно скасувала гетьманство, на Україні знову була запроваджена Малоросійська колегія.
Скасувавши гетьманську державу, розтоптавши договір 1654 р., Катерина II при цьому згадує "уговорні пункти Богдана Хмельницького". Мабуть, російські царі, свідомо творячи беззаконня, ламаючи договір, хотіли зберегти хоча б декор законності, яким прикривали фальш і обман.
В інструкції О. Румянцеву при його призначенні генерал-губернатором України в 1764 р. Катерина II говорить про природні багатства України, обширність її території і многолюдність, надзвичайну родючість земель і благодатний клімат, про інші переваги над багатьма місцевостями Імперії. Цариця робить висновок, що на Україну, крім подушного збору, слід накласти ще якісь інші податки "под какими-небудь другими титулами". Вона закінчує інструкцію таким "повелением":
"Необходимо нужно, подъ каким бы то ни было иным званием, кроме подушного, расположить на тамошній народ й получать с его в казну нашу, по долгу и справедливости, да и по самым уговорным пунктам гетмана Богдана Хмельницкаго нам безспорно принадлежащіе доходы".
Катерина II домоглася, що доход царської казни з України в 1780 р. виріс до двох мільйонів карбованців — величезної, як на той час, суми.
Російська імперія остаточно перетворила Україну в об'єкт колоніального пограбування.
Історична та історико-правова література про договір
Україно-російський договір 1654 р. був предметом наукового зацікавлення багатьох істориків, юристів, фахівців державного права. Наведемо не зовсім повний список тих, хто спеціально досліджував цю проблему або висловлювався про державно-правовий характер та історичне значення договору: В. Антонович, М. Бантиш-Каменський, І. Борщак, П. Буцинський, Б. Галайчук, В. Герасимчук, М. Грушевський, Д. Дорошенко, М. Драгоманов, М. Дьяконов, С. Іваницький, І. Каманін, Г. Карпов, Н. Коркунов, М. Костомаров, І. Крип'якевич, Б. Крупницький, П. Куліш, Р. Лащенко, В. Липинський, М. Міхновський, В. М'якотин, Б. Нольде, О. Оглоблин, Д. Одинець, Л. Окиншевич, О. Попов, М. Петровський, М. Покровський, І. Розенфельд, В. Сергєєвич, М. Слабченко, А. Філіпов, П. Шафран, В. Щербина, А. Яковлів.
В їх працях зустрічаємо широкий спектр різноманітних оцінок і характеристик договору, його форми і змісту, а також його історичної і юридичної кваліфікації. Одні вважали договір актом неповної або повної інкорпорації України Москвою, інші вбачали в їх об'єднанні прояв персональної унії в особі московського царя. Ряд вчених автономію України в складі Московської держави називали основою такого об'єднання, а дехто федеративність вважав його результатом. Стверджувалось також, що за цим договором Україна потрапила в повну або часткову васальну залежність від Москви або ж прийняла її протекторат. Висловлювалася й думка про суперечливість ідей, закладених у договорі: з одного боку — ідея "милості сюзерена", з другого — ідея конституційного договору між двома рівними державами. Аргументувалась думка й про те, що договір був тільки звичайним "мілітарним союзом" двох самостійних незалежних держав — тобто України та Московії.