С другим южнофилиппинским султанатом, Сулу, военные конфликты продолжались. В первой четверти XVII в. во главе султаната стоял раджа Бонгсу, опиравшийся в борьбе против испанцев на военную помощь своего родственника, султана Брунея. Бонгсу одним из первых среди мусульманских правителей попытался заключить военный союз с голландцами (1614 г.). Последние, однако, не располагая в то время достаточными военными ресурсами, ограничились неопределенными обещаниями.
В 1615–1630 гг. моро Сулу провели несколько успешных военных кампаний, причем наиболее сильному разгрому подверглись прибрежные пункты провинции Камаринес и корабельныеверфи в Кавите. Испанцы предприняли две ответные военные экспедиции в Сулу. В 1628 г. они сумели захватить столицу султаната — Холо, разрушили султанский дворец, мечети, захватили много золота и жемчуга. Султан со своими приближенными и частью населения города укрылся в крепости в горах, защищаясь от атак испанцев испанскими пушками, захваченными во время недавних набегов в арсеналах Камаринеса и Кавите. Испанцы не смогли овладеть крепостью и вынуждены были уйти на о-в Басилан (союзный Сулу). Вторая испанская экспедиция в 1630 г. закончилась поражением испанцев. Подойдя к Холо и не сумев захватить город, вновь отстроенный и хорошо подготовленный к защите, испанская эскадра ушла на север, понеся большие людские потери.
Новый этап борьбы филиппинских мусульман начался на рубеже 20—30-х годов XVII в. К этому времени был положен конец длившимся около двух десятилетий распрям и военным конфликтам между султанатами Магинданао и Сулу. Инициатором объединения сил филиппинского Юга выступил султан Магинданао Кударат, который вошел в историю моро как один из самых крупных и талантливых военачальников, искусный дипломат и политик, грозный враг испанских колонизаторов. С начала 20-х годов Кударат, унаследовавший султанский трон, повел энергичную борьбу с феодальной раздробленностью. В этот период он был заинтересован в мирных отношениях с испанцами. Кударат не только соблюдал условия договора 1609 г., но и получал неоднократно военную помощь от испанцев, используя ее в борьбе с непокорными дато. К концу 20-х годов Кударату удалось одержать верх над внутренними противниками, объединить страну, распространив свою власть над большей частью территории Центрального и Южного Минданао. Тогда же он сумел убедить правителей Сулу в необходимости установления союзнических отношений, скрепленных в 1632 г. женитьбой его сына на дочери султана Сулу.
В результате были созданы благоприятные условия для организации военной кампании против испанских колонизаторов, которых Кударат считал главными и самыми опасными врагами, угрожавшими независимости моро. Первоначально в его военно-политических планах значительное место отводилось налаживанию контактов с голландцами, возможности использования их военной помощи в борьбе с испанцами.
Руководители голландской Ост-Индской компании были заинтересованы в развитии связей с правителями филиппинских султанатов, так как рассчитывали подчинить их своему контролю и распространить влияние Голландии на южные районы Филиппин. Переговоры Кударата с представителями Ост-Индской компании (1628–1630 гг.) о получении голландской военной помощи раскрыли перед ним колонизаторские замыслы голландцев. Он стал по-иному относиться к ним — не как к возможным военным союзникам, а как к враждебной иноземной силе, подобной испанцам и португальцам. Понимая, что непосредственную угрозу независимости его страны представляют испанские колонизаторы, Кударат выработал осторожную и гибкую тактику в отношении голландцев. Поддерживая мирные отношения с Ост-Индской компанией, поощряя коммерческую деятельность голландцев в Магинданао, в отдельных случаях даже используя их военную помощь, он вместе с тем старательно избегал таких ситуаций (в результате переговоров, соглашений и т. п.), которые могли бы создать условия для голландского военно-политического проникновения в султанат.
Итак, в начале 30-х годов XVII в. испанские колонизаторы на Филиппинах оказались лицом к лицу с сильным централизованным государством у южных границ колонии, укрепленным союзом с Сулу и возглавлявшимся опытным и искусным политиком и военачальником. В 1634 г., прервав договорные отношения, Кударат начал открытую военную кампанию против испанцев. Объединенный флот Магинданао и Сулу, насчитывавший до 1,5 тыс. судов, под командованием Кударата совершил нападение на Дапитан — центр миссионерской деятельности иезуитов в Северном Минданао, на о-ва Бохоль и Лейте, нанеся сокрушительный удар по испанским силам.
Этот новый период «войн моро», начавшийся в 1634 г. и продолжавшийся почти 30 лет (до 1663 г.), был временем наиболее крупных по масштабам военных операций каксостороны моро, так и испанцев. Военно-стратегическими планами моро руководил Кударат, который вел борьбу с целью сохранения государственной, политической и религиозной целостности мусульманских районов и стремился распространить свое влияние на всю территорию о-ва Минданао. Фактором, благоприятствовавшим моро, было голландское присутствие в Юго-Восточной Азии и в особенности продолжавшиеся до конца 40-х годов XVII в. военные испано-голландские конфликты на Филиппинах. Испанские колонизаторы, вынужденные вести борьбу на два фронта, одновременно с карательной политикой «железа и крови» в отношении мусульман прибегали к политическим и дипломатическим приемам, старались использовать противоречия внутри феодальной верхушки в султанатах, натравливать друг на друга враждующие группировки, привлекая на свою сторону отдельных мусульманских правителей. Как и в предшествующий период, во всех военных кампаниях и особенно в дипломатической деятельности испанцев активнейшую роль играли монахи-иезуиты. Военные кампании против моро велись под лозунгом христианизации мусульманского и немусульманского населения Магинданао и Сулу.
В 1634 г., сразу после атаки мусульманского флота, иезуиты потребовали у генерал-губернатора строительства укрепленного испанского форта на северо-западном побережье Минданао.
Испанцы выстроили такой форт в Замбоанге (поблизости от старой испанской крепости Ла Кальдера) в 1635 г. Форт защищали артиллерийские орудия, гарнизон из 300 испанцев и около тысячи солдат-висайя. Из Замбоанги стали отправляться эскадры для нападения на моро (прежде они формировались в более удаленных от мусульманских районов Висайев).
В конце 30-х годов испанские колонизаторы провели несколько наступательных операций против моро. Военной кампанией руководил генерал-губернатор Себастьян Уртадо де Коркуэра, выдвинувший весьма амбициозный план покорения моро: пленение Кударата и султана Сулу, разрушение мусульманских фортов и укреплений, «замирение» Минданао и христианизация населения Магинданао и Сулу. Честолюбивым замыслам Коркуэры не суждено было осуществиться, хотя испанцам в 1637 г. удалось нанести поражение войскам моро в районе оз. Ланао на Минданао (входившем в султанат Магинданао) и тяжело ранить Кударата. Местные жители (ирануны) сумели переправить Кударата во внутренние горные районы, куда ушли и отряды его воинов (около 2 тыс.). Таким образом, Кударат сохранил значительные военные силы. Коркуэра назначил вознаграждение в 4 тыс. песо тому, кто выдаст Кударата живым или мертвым, но среди моро не нашлось ни одного предателя.
Иначе, чем предполагал Коркуэра, развертывались военные операции в Сулу. Отправленная в январе 1638 г. из Замбоанги сильная военная эскадра приблизилась к Холо, но нашла город пустым: султан, его приближенные и все население скрылись в крепостях на соседних островках. Испанцы заняли город, где вскоре началась сильная эпидемия холеры. В апреле 1638 г. испанские корабли ушли в Замбоангу. Коркуэра приказал выстроить в Холо форт и оставил там 400 солдат и двух монахов-иезуитов. Одним из них был Алехандро Лопес, к дипломатическому искусству которого впоследствии не раз обращались испанские генерал-губернаторы.
Кударат, занятый тогда консолидацией мусульманских сил, подписал в 1639 г. мирный договор с испанцами, действовавший до 1642 г. В начале 40-х годов Кударат не только восстановил свою власть, но и значительно расширил границы султаната — почти на всю территорию о-ва Минданао.