Удаленность Филиппин от метрополии и остальных частей империи создавала особо благоприятные условия для произвола колониальных властей. Бюрократический централизм, на основе которого строилась система административного управления в колониях, сочетался здесь с бесконтрольной, по существу, властью колониальных чиновников над филиппинским населением.
С точки зрения служебной карьеры назначение в далекую азиатскую колонию расценивалось испанцами весьма низко. Испанские чиновники и военные приезжали на острова на небольшие сроки (не превышавшие в среднем пяти-шести лет), стараясь использовать свое пребывание в колонии главным образом для личного обогащения. Любая административная должность, начиная с поста генерал-губернатора, служила источником огромных доходов, добывавшихся всевозможными незаконными способами (участие в спекулятивных коммерческих сделках, ростовщических операциях, взяточничество, вымогательства и пр.). Попытки мадридских властей как-то ограничить злоупотребления колониальной администрации с помощью ревизий из метрополии, расследований деятельности генерал-губернаторов, их частых замен не могли исправить существующего положения. Коррупция в среде колониальных чиновников была лишь одним из проявлений пороков общей системы испанского колониализма.
Колонизация Филиппин Испанией на первых порах ускорила утверждение на островах исторически более прогрессивного общественного строя — феодализма. Однако чем дальше, тем больше испанский колониализм превращался в тормоз развития производительных сил, способствовал экономическому застою в колонии. На филиппинской экономике пагубно отражалась политика экономической изоляции колониальных владений, проводившаяся Испанией в XVII–XVIII вв. Теснимая передовыми капиталистическими странами, испанская монархия с помощью искусственного ограничения торговых связей колоний (с метрополией и между самими колониями) пыталась удержать монопольные позиции в своих владениях. До 80-х годов XVIII в. между Филиппинами и Испанией были запрещены прямые торговые отношения. Торговля с американскими колониями ограничивалась отправкой из Манилы в мексиканский порт Акапулько ежегодно двух галионов с грузами азиатских товаров. Манильский порт был закрыт для иностранных торговцев, за исключением китайских, снабжавших испанцев восточными товарами для загрузки галионов. По королевскому указу 1605 г. — первому из серии законов XVII–XVIII вв., регламентировавших галионную торговлю, — объем грузов, отправляемых в Мексику, не должен был превышать 300 т, а их стоимость — 250 тыс. песо. Соответственно стоимость ввоза из Мексики должна была быть не более 500 тыс. песо. В состав товаров, разрешенных для вывоза в Акапулько, были включены китайские шелковые и индийские хлопчатобумажные ткани, ювелирные изделия китайской и индийской работы, пряности и китайский фарфор.
Галионная торговля служила одним из основных источников обогащения колонизаторов. По существовавшим законам, определенный процент (в XVII — начале XVIII в. — 17 %) от стоимости реализованных в Мексике товаров поступал в королевскую казну (так называемая королевская пошлина). Остальные доходы шли генерал-губернатору, чиновникам, монахам и коммерсантам, пользовавшимся официальным правом загрузки галионов. Однако наибольшие прибыли приносила реализация товаров, отправлявшихся в Мексику контрабандным путем, в обход ограничений и регламентации. Объем и стоимость грузов манильских галионов намного превышали установленные нормы. Объем их, как правило, был не менее 1000 т, а ввоз серебра из Мексики исчислялся суммами в 3–4 млн. песо.
В XVII в. галионная торговля процветала. Она была несколько омрачена лишь в период испано-голландских конфликтов, когда блокада Манильского порта мешала отправке галионов, а голландские каперы перехватывали китайские джонки на пути к Маниле. Но уже в начале XVIII в. стали обнаруживаться явные признаки кризиса, связанные с общим упадком испанской колониальной империи. Капиталистические страны Европы усилили натиск на американские владения Испании. Наплыв дешевых товаров из Европы ударил по галионной торговле. Возможности реализации в Мексике азиатских товаров стали сокращаться. Галионы постоянно возвращались из Акапулько с грузами нераспроданных китайских и индийских тканей, не находивших сбыта из-за конкуренции с дешевой английской текстильной продукцией.
Искусственная экономическая изоляция Филиппин способствовала консервации отсталых методов колониальной эксплуатации. Испанские колонизаторы не проявляли заинтересованности в развитии колониальной экономики, освоении естественных ресурсов архипелага. Примечательно, что товары местного происхождения составляли ничтожную часть грузов, отправлявшихся на галионах. В отличие от колоний Англии и Голландии на Филиппинах не развивалось производство колониальных экспортных культур, которые пользовались спросом на европейских и американских рынках.
Основой колониальной экономики было сельское хозяйство, его главной отраслью — рисоводство. Филиппинские крестьяне выращивали рис старыми, унаследованными от предков способами. Наиболее высокие урожаи этой культуры собирались в «рисовых» провинциях Центрального Лусона — Булакане, Пампанге, Нуэва-Эсихе, снабжавших рисом Манилу и северные районы Лусона. На Висайях центром рисоводства был о-в Панай, уступавший по производству риса лишь Центральному Лусону. Сохранялись традиционные отрасли хозяйства — рыболовство, морские промыслы, огородничество, разведение птицы и свиней.
Испанские монахи ввезли на архипелаг из американских колоний некоторые культуры, до того неизвестные филиппинцам, впоследствии получившие там значительное распространение (кукуруза, помидоры, какао, гуава, папайя). Монахи пытались развить на Филиппинах мясо-молочное животноводство. Первые скотоводческие фермы (ранчерии) появились в поместьях иезуитов. Однако мясо-молочное животноводство так и не получило на архипелаге значительного развития.
В первой половине XVII в. окончательно сложилась система землевладения. Основным типом феодального владения была асьенда (поместье). Ордена образовывали слой наиболее крупных коллективных феодальных землевладельцев. Первоначально основным источником формирования орденского землевладения служили королевские пожалования. Короли передавали орденам обширные территории с правом наследования и отчуждения на условии ежегодной уплаты так называемой наследственной десятины в денежной или натуральной форме в пользу короны как верховного собственника земли. Со временем уплата десятины приобрела номинальный характер, и уже к середине XVII в. земли, пожалованные орденам, превратились фактически в их собственность. В XVII–XVIII вв. орденское землевладение росло за счет скупки пустующих угодий из разряда коронных, приобретения земли с помощью ростовщических операций, захвата крестьянских участков.
Категория помещиков-испанцев была крайне малочисленной. Среди асендеро-испанцев выделялись генерал-губернаторы, владевшие обширными и богатыми земельными угодьями в окрестностях Манилы.
В XVII–XVIII вв. довольно интенсивно шел процесс формирования слоя помещиков-филиппинцев из представителей местной имущей верхушки (принсипалия), которые, подобно монахам, расширяли свои земельные владения главным образом за счет крестьянских земель и скупки невозделанных участков.
Широкое распространение на Филиппинах получило также мелкое частное крестьянское землевладение. Объяснялось это наличием обширных территорий свободных земель, формально относившихся к разряду коронных. Сравнительно малочисленное население колонии было не в состоянии возделывать все пригодные для обработки земли. Крестьянин мог превратить в свое владение любой невозделанный участок и сохранял право владения, пока он или его наследники обрабатывали эту землю. Если участок в течение трех лет оставался невозделанным, то крестьянин терял на него право и земля снова переходила в разряд коронной.
Накануне испанского завоевания феодальные методы эксплуатации получили распространение лишь в наиболее развитых центрах Лусона и Висайев. С приходом испанцев они утвердились на всей территории страны. В XVII–XVIII вв. основной формой эксплуатации в орденских поместьях и асьендах испанских и местных помещиков была издольщина. Размеры арендной платы (в виде определенной доли урожая с арендуемого участка), вносимой помещику — собственнику земли, зависели от обеспеченности крестьян-арендаторов средствами производства (рабочий скот, сельскохозяйственный инвентарь, посевной материал и т. п.). Со второй половины XVIII в. господствующим типом издольной аренды на Лусоне стала «ка-самахан» (касама по-тагальски — издольщик), при которой крестьянин-арендатор отдавал помещику от двух пятых до половины урожая. Подобного же типа арендные отношения получили развитие и на Висайях, где издольная аренда на местных языках называлась «акса».