Возобновившиеся с 1642 г. военные столкновения между испанцами и войсками Кударата свидетельствовали о явном перевесе сил мусульман. Как нельзя кстати для Кударата был испано-голландский военный конфликт 1645 г., поставивший испанцев в чрезвычайно сложное положение. Сменивший Коркуэру генерал-губернатор Алонсо Фахардо отказался от агрессивной тактики своего предшественника, стараясь добиться хотя бы временного мира с опасным и сильным южным соседом — султаном Кударатом. С дипломатической миссией в Магинданао был отправлен иезуит Алехандро Лопес, которому удалось подписать мирный договор с Кударатом в июне 1645 г. Согласно договору, испанцы признали власть Кударата на Минданао — к востоку от Замбоанги до залива Давао и в горных районах на территории современных провинций Котабато и Букиднон.

В отношении Суду испанские колонизаторы проводили политику «подчинения или смерти» — истребления местного населения, разрушения поселений, уничтожения посевов, угона пленных. В 1639–1643 гг. они отправили несколько крупных карательных экспедиций на архипелаг Сулу, которые необычайно жестоко расправились с местным населением. В 1644 г. султан Сулу, скрывавшийся от преследования испанцев на о-ве Тави-Тави, отправил посланников в Батавию с дарами голландскому губернатору и просьбой о военной помощи.

Голландцы пообещали военную помощь, но предоставили ее спустя год, когда повели наступление на испанские владения на Филиппинах. Голландские войска высадились в Холо и начали осаду испанского форта. Хотя они и не сумели захватить его, тем не менее нанесли серьезный урон испанцам. Военный совет в Маниле, учитывая голландское вторжение на Лусон, принял решение об оставлении форта в Холо и переброске испанских войск в столицу для борьбы с голландцами. Одновременно в Холо был направлен Алехандро Лопес для переговоров о мире. Вначале султан отказался принять испанского посланника, но затем дипломатическое искусство иезуита одержало верх, и в 1646 г. был подписан мирный договор.

В 50-х годах обстановка на юге Филиппин складывалась явно в пользу Кударата, добившегося внутренней и внешней стабилизации султаната. Испанские власти вынуждены были считаться с влиятельным мусульманским правителем, оставляя без последствий очевидные антииспанские акции Кударата — запрещение деятельности католических миссионеров на территории султаната, пограничные конфликты, пиратские экспедиции моро на Вясайи и т. п. — и время от времени посылая Алехандро Лопеса для урегулирования отношений с южным соседом. Одна из таких поездок оказалась роковой для иезуита. Кударат, недовольный содержанием послания испанского генерал-губернатора, привезенного Лопесом, приказал убить монаха. Султанский приказ выполнили воины вассального княжества Буайяна, сопровождавшие Лопеса на обратном пути в Замбоангу.

Кударат в конце 50-х годов начал подготовку к новой военной кампании против испанцев, разослав письма султанам Сулу, Тернате, Брунея и Макасара с призывом объединить силы и объявить «священную войну» испанским колонизаторам. Однако реальным оказался лишь союз с султаном Сулу Бахтиаром, да небольшие военные подкрепления прислал Кударату султан Тернате. Планировавшаяся Кударатом широкая военная кампания против испанцев так и не была осуществлена из-за его болезни, а также из-за неожиданного ухода испанцев из Замбоанги в 1663 г., позволившего султану без всяких усилий распространить свою власть на всю территорию Минданао, включая и бывшие испанские владения[15]. Кударат умер в 1671 г. в возрасте, близком к 90. В последние годы жизни местные жители считали его святым, среди них была распространена вера в некую магическую силу, которой обладал султан.

Последующие несколько десятилетий были периодом развития мусульманского юга Филиппин в условиях внешнего мира. Преемники Кударата, намного уступавшие ему в авторитете и влиянии, были заняты главным образом внутренними распрями, борьбой за власть и безуспешными попытками восстановления торговых позиций моро в островной части Юго-Восточной Азии, подорванных голландцами. Захватив монополию в торговле пряностями, голландские колонизаторы проводили политику ограничения деятельности местных торговцев, не допускали их на территорию голландских владений и в те султанаты и княжества, которые находились в договорных отношениях с Ост-Индской компанией. В результате голландской экспансии торговые связи Магинданао и Сулу с соседними районами Юго-Восточной Азии резко сократились.

Обстановка на юге Филиппин изменилась к началу 20-х годов XVIII в., после того как в 1718 г. испанские власти под сильным нажимом иезуитов восстановили форт в Замбоанге и по настоянию монахов-реколетов отстроили крепость Лабо на Палаване. Возвращение испанцев на территории мусульман нарушило продолжительный мир между испанскими Филиппинами и южными султанатами. Вплоть до 60-х годов XVIII в. моро Магинданао и Сулу совершали непрерывные рейды против испанцев, стремясь вытеснить их из района Замбоанги. Военные операции моро в целом были неудачны, но и попытки испанцев проникнуть во внутренние районы Минданао и захватить Сулу были столь же безрезультатны.

С середины XVIII в., по мере расширения английских колониальных захватов в Азии, территориальное положение Филиппинского архипелага на подступах к Китаю и у границ голландских владений в Юго-Восточной Азии стало привлекать внимание английской Ост-Индской компании. В поисках наиболее удобных и безопасных морских путей из Индии (где к этому времени Англия уже захватила ряд территорий) в Китай руководители Ост-Индской компании предусматривали создание опорных пунктов в районе Малайи и Филиппин, с помощью которых могли бы осуществляться постоянные связи между индийскими владениями и торговыми факториями англичан в Кантоне. В 50-е годы английские торговые суда совершали разведывательные плавания через Малаккский пролив к Филиппинам и оттуда через Тайвань к берегам Южного Китая. Возникали и планы военного захвата Манилы, с тем чтобы получить ключи от двух важнейших направлений колониальной торговли (азиатской и американской) и базу для проникновения на китайские рынки.

Англичане попытались овладеть испанской колонией в период Семилетней войны (1756–1763), вспыхнувшей из-за крайнего обострения противоречий между Англией и Францией. Испания в 1761 г. присоединилась к «семейному пакту» — военному антианглийскому союзу французских, итальянских и испанских Бурбонов — и в начале 1762 г. объявила войну Англии. К этому времени у англичан уже был готов план завоевания Филиппинских островов. Инициаторами всего предприятия были руководители английской Ост-Индской компании, в руки которых должна была перейти власть над оккупированной территорией Филиппин. Английская военная эскадра под командованием У. Дрэйпера была отправлена из Мадраса в сентябре 1762 г. Англичане предполагали захватить Манилу и постепенно оккупировать всю территорию архипелага. Первая половина плана — завоевание столицы испанских Филиппин — была без труда осуществлена английскими войсками. Появление в Манильской бухте в конце сентября 1762 г. английской эскадры оказалось полной неожиданностью для испанцев. Сведения о войне с Англией еще не дошли до Филиппин, и испанские власти оставались в неведении о происходящих в Европе событиях. Архиепископ Мануэль Рохо, исполнявший обязанности генерал-губернатора, военные и городские власти, проявив полную неспособность к организации обороны, сразу сдались английскому командованию. Английские солдаты, привыкшие к колониальному разбою и насилиям в Индии, подобным же образом повели себя в захваченной Маниле. Лишь с официальным подписанием договора о капитуляции (30 октября) в городе был наведен некоторый порядок. После подписания капитуляции военную администрацию сменили представители английской Ост-Индской компании во главе с генерал-губернатором Д. Дрэйком. Последний слабо разбирался в административных и военных вопросах, не пользовался авторитетом у подчиненных, заботясь в основном о личном обогащении, и в конце концов был изгнан со своего поста собственным губернаторским советом (1764 г.) за административную бездарность и слишком явные злоупотребления. Коррупция процветала среди английских чиновников и военных, гражданские и военные власти пребывали в состоянии длительного конфликта из-за дележа испанской контрибуции, уплата которой была оговорена в условиях договора о капитуляции.