Экономическая политика испанских колонизаторов основывалась на различных формах налогообложения и принудительном труде местного населения. Еще в процессе завоевания на Филиппины была распространена энкомьендарная система (1570 г.), прежде введенная в американских колониях. Жители островов передавались «в опеку» (encomienda) колонистам-энкомендеро якобы для того, чтобы те защищали их и помогали обратиться в «истинную» веру. За это филиппинцы должны были платить налоги и работать на энкомендеро. Иными словами, энкомьенда означала право сбора налогов (в натуральной, денежной, отработочной формах) с определенного числа жителей. Энкомьенда не была связана с земельными пожалованиями. Право сбора налогов с населения, отданного «в опеку» энкомендеро, не означало наделения последнего землей. Лишь незначительная часть колонистов-энкомендеро владела земельными угодьями в тех же районах, где жили филиппинцы, обложенные налогами в их пользу.
Энкомьенды были частные, раздававшиеся конкистадорам в качестве награды за службу короне, и королевские, или коронные, за которыми первоначально была закреплена треть населения архипелага. Формально размеры налогов, собираемых энкомендеро с населения, были определены государственным; законодательством. По закону 1570 г., все мужчины-филиппинцы в возрасте от 18 до 60 лет должны были уплачивать ежегодно 8 реалов (деньгами или в продуктовом выражении)[13]. Фактически же энкомендеро пользовались неограниченной властью над «опекаемым» населением. Они прибегали к насилию, обманам, всевозможным ухищрениям, чтобы увеличить налоговые поступления. Повсеместно энкомендеро по собственному усмотрению определяли размеры натуральных поставок, и виды продуктов, которые взимались с крестьян, произвольно занижали их оценку, увеличивая объем поступлений и наживаясь на перепродаже по существующим ценам. Обязанности сборщиков налогов выполняли старосты (кабеса) балангаев (в испанском произношении — барангаев), назначавшиеся энкомендеро из числа бывшей общинной знати. Кабеса отвечали за своевременную выплату налогов всеми жителями барангая. Поставленные над основной массой эксплуатируемого крестьянства, кабеса в то же время и сами не были защищены от произвола энкомендеро. Одной из самых тяжелых форм эксплуатации были принудительные отработки. В любое время года крестьян отрывали от хозяйства и отправляли на строительство домов энкомендеро, церквей, дорог, судов, вырубку лесов и пр. Сроки отработочных повинностей не были ограничены, и многие крестьяне проводили на принудительных работах по нескольку месяцев в году.
Разорение крестьянских хозяйств в результате грабительской эксплуатации энкомендеро угрожало подрывом сельской экономики, а начавшееся вымирание филиппинцев приводило к сокращению рабочей силы, в которой нуждались колонизаторы. Стабилизации испанского режима мешали стихийные выступления против гнета и злоупотреблений энкомендеро, которые вспыхивали повсюду на архипелаге. Крупные антииспанские восстания произошли в 1585 г. в провинции Пампанга (Лусон) и на Самаре, в 1585 г. — на Лейте, в 1589 г. — в провинциях Кагаян и Илокос (Северный Лусон). Вымогательства и притеснения энкомендеро толкали на путь протеста и представителей бывшей общинной знати — кабеса, которые возглавляли многие народные восстания. Их участие в антиколониальной борьбе лишало испанцев той социальной опоры, которая была необходима для упрочения их господства на Филиппинах. Уже в 80-х годах XVI г. испанские власти вынуждены были принимать меры по «смягчению» и упорядочению режима энкомьенд. Попытки законодательным путем ограничить произвол энкомендеро (по закону 1581 г., подтвержденному в 1589 г., устанавливался единый подушный налог в размере 10 реалов) были малоэффективны. Более серьезной мерой было сокращение числа частных энкомьенд, положившее начало постепенной ликвидации этой системы. За ее упразднение энергично выступала церковь, заинтересованная в сохранении паствы и укреплении своего влияния. Давление церкви ускорило отмену системы энкомьенд. В начале XVII в. она была окончательно заменена введением единого подушного налога — трибуто, сбором которого ведало королевское налоговое управление. Однако законодательная отмена режима энкомьенд произошла намного позднее — в 20-е годы XVIII в.
В первые десятилетия после завоевания Филиппин одним из главных источников доходов для колонизаторов была внешняя торговля. В этот период испанское правительство старалось реализовать планы проникновения на восточные рынки, служившие одной из главных целей испанской экспансии на Филиппины. Важнейшую роль в развитии филиппинской внешней торговли играла Манила, население которой быстро росло и к началу 90-х годов XVI в. достигло 30 тыс. У стен Интрамуроса возникли торгово-ремесленные пригороды и села. В конце XVI в. Манила превратилась в центр двух основных направлений внешней торговли Филиппин — азиатского и американского. В Манилу стекались восточные товары (китайский шелк, фарфор, индийские ткани, ювелирные изделия, пряности и др.), пользовавшиеся огромным спросом на европейских и американских рынках. Они перекупались испанцами и отправлялись на галионах в Мексику, откуда частично экспортировались в Европу. Возвращаясь на Филиппины, испанцы везли сюда мексиканское серебро, которое почти не использовалось для нужд колониального хозяйства, а обильными потоками: устремлялось в Китай и другие азиатские страны, обмениваясь на новые партии восточных товаров.
Во внешнеторговом обороте Филиппин первое место занимал Китай, экспорт которого состоял из наиболее ценимых в Европе предметов (шелк, фарфор). Ежегодно Манильский порт посещали по 200 и более судов, принадлежавших китайскому частному торговому капиталу, и это несмотря на проводившуюся минским правительством Китая политику ограничения морской торговли. Подобная политика китайских императоров была связана с изменением общей обстановки в Юго-Восточной Азии (которая издавна входила в сферу экономических и политических интересов Китая) в результате экспансии европейских держав. Хотя в Китае, следуя древней имперской традиции, продолжали считать страны Юго-Восточной Азии вассалами Поднебесной, минские императоры были слишком слабы, чтобы отстаивать свои интересы в соседнем районе, — они были заняты в основном поисками способов ограждения собственно китайских территорий от натиска европейцев. Курс на всемерное ограничение внешнеторговых связей, ущемлявший интересы частных китайских торговцев, рассматривался китайским правительством именно как средство защиты от европейской экспансии. Одним из последствий этого курса был рост китайской эмиграции из южных и восточных приморских провинций Китая в страны Юго-Восточной Азии, где существовали более благоприятные условия для частной торговой инициативы.
Испанцы, захватив Манилу, обнаружили там всего несколько десятков китайских переселенцев. В 1588–1590 гг. китайская община в Маниле насчитывала уже около 10 тыс. человек, т. е. составляла треть ее населения. На рубеже XVI–XVII вв. на Филиппинах (в Маниле и портах Южного Лусона и Висайев) проживало 25 тыс. китайцев. В начале 80-х годов XVI в. китайцы были поселены в районе Манилы, получившем название Париан[14], на расстоянии, как указывают испанские источники, «пушечного выстрела от Интрамуроса» (к северу от испанского города). Манильские китайцы монополизировали посредническую торговлю, обеспечивая испанских колонистов восточными товарами для загрузки галионов, отправлявшихся в Мексику. В руках китайских переселенцев находились внутренняя розничная торговля и городское ремесленное производство.
Китайские иммигранты на Филиппинах (как и в других странах Юго-Восточной Азии) были лишены поддержки центрального правительства Китая, в котором преобладали сторонники ограничения внешних связей. Испанские же власти по мере увеличения китайской иммиграции стали относиться к китайским переселенцам с растущей настороженностью, усматривая в усилении их экономических позиций угрозу собственному влиянию. С начала XVII в., убедившись в отсутствии защиты китайского населения со стороны императорской власти, испанцы перешли к откровенно дискриминационной политике в отношении китайцев и к поощрению антикитайских настроений среди филиппинцев, которые выливались в периодически вспыхивавшие погромы, резню и т. п. В то же время испанцы были заинтересованы в сохранении в колонии китайского населения, учитывая посредничество китайцев во внешнеторговых операциях и обеспечение китайскими торговцами и ремесленниками потребностей колониального аппарата. Поэтому испанские власти, культивируя антикитайские настроения филиппинцев, поощряя время от времени открытые вспышки антагонизма, вместе с тем оставляли китайским переселенцам довольно широкие возможности для торговой инициативы, ремесленного производства и торгово-посреднической деятельности.