В 1578 г. представился повод для вмешательства испанцев во внутренние дела Брунея, поскольку там разгорелась междоусобица из-за престолонаследия. Воспользовавшись просьбой о военной помощи, исходившей от одного из претендентов на султанский трон, генерал-губернатор Филиппин Франсиско де Санде отправил в Бруней мощную военную эскадру из 40 судов, на борту которых находились 400 испанцев и более тысячи солдат-филиппинцев. Под их натиском соперник испанского союзника, занявший султанский трон, отступил во внутренние районы страны, оставив столицу. Санде поспешил объявить Бруней вассалом Испании.
Посадив на султанский трон своего ставленника и добившись таким образом нейтрализации Брунея, испанцы попытались реализовать свои планы захвата территории в южных филиппинских султанатах. В июне 1578 г. к Холо почти одновременно подошли испанская эскадра под командованием капитана Фигероа, возвращавшаяся из Брунея, и флот султана Сулу Будимана — союзника и родственника свергнутого султана Брунея, участвовавшего в недавних морских сражениях с испанскими колонизаторами. Учитывая превосходящие силы испанцев и не желая подвергнуть разрушению столицу, Будиман решил откупиться от Фигероа, уплатив ему дань золотом и 12 крупными жемчужинами. Объявив Сулу вассалом Испании, Фигероа покинул Холо.
В 1579 г. из Себу была отправлена разведывательная экспедиция под командованием капитана Риверы на Минданао. Султан Магинданао, Димансакай, уклонялся от встречи с испанцами, отступая в глубинные районы по мере продвижения испанских солдат. В конце концов Ривера отошел к западному побережью Минданао, после того как заключил договоры с несколькими мелкими дато, враждовавшими с султаном, собрал с них дань и получил сведения о населении острова и его хозяйстве.
Новая экспедиция в Бруней была организована в 1581 г. Там к этому времени была восстановлена власть прежнего, свергнутого испанцами султана, отказавшегося признать суверенитет Испании. Экспедиция была неудачной. Встретивший противника мусульманский флот разбил испанскую эскадру. С этих пор испанцы прекратили военное давление и вмешательство в Брунее, несмотря на то что правящие круги султана продолжали поддерживать связи с филиппинскими мусульманами на территориях, находившихся под испанским контролем. В 1587 г. колониальные власти раскрыли новый заговор среди бывших правителей Тондо во главе с Магат Саламатом, пользовавшихся поддержкой Брунея. Испанцы казнили всех участников заговора и всех подозреваемых, но воздержались от карательных действий в отношении Брунея.
Ослабление внимания испанских колонизаторов к обстановке в районе Калимантан — Сулу было связано с концентрацией военных усилий для колонизации Минданао. Экспансия на Минданао обусловливалась рядом причин. Испанцы были заинтересованы в том, чтобы продвинуть дальше на юг границы колонии и обезопасить пограничные территории от нападений моро. Не последнюю роль играла жажда наживы. Поскольку колонизованные районы архипелага оказались бедны золотом и пряностями, заманчиво было овладеть большим южным островом, обладавшим, по сведениям испанцев, значительными естественными богатствами.
Главным же стимулом была перспектива использования Минданао как плацдарма для проникновения на Молуккские острова и в соседние районы Юго-Восточной Азии. В испанских источниках того времени прямо указывается на связь колонизации Минданао с испанскими интересами на Молукках и в районе Индонезии в целом. Капитан Фигероа, руководитель ряда экспедиций в южные районы архипелага, в докладе генерал-губернатору особо отмечал, что колонизация Минданао облегчит распространение испанского влияния «на Молукки и соседние королевства на Борнео, Сулу и Яве». Этим планам не суждено было осуществиться из-за сопротивления, оказанного мусульманским населением.
Капитан Фигероа в 1591 г. был назначен пожизненным губернатором еще не завоеванного острова Минданао. На него возлагалась обязанность «замирить» султанат Магинданао и основать испанскую колонию в бассейне Пуланги. Экспедиция Фигероа, под командованием которого находились весьма крупные силы (50 кораблей, более 200 солдат-испанцев и 1,5 тыс. филиппинцев), в апреле 1596 г. достигла устья Пуланги. Однако развернуть военные действия Фигероа не смог. В первом же сражении он был убит мусульманами. Военные операции против моро после гибели капитала не принесли испанцам успеха, им удалось только соорудить форт в местечке Тампакан.
В феврале 1597 г. на Минданао был прислан новый испанский губернатор Хуан Ронкильо со свежими военными силами и с заданием продолжать экспансию. В военной кампании 1597–1598 гг. испанским колонизаторам противостоял прочный военно-политический союз султанатов Магинданао и Тернате. Султаны Тернате были заинтересованы в том, чтобы защитить Минданао от европейской агрессии, не допустив колонизаторов к границам Молуккских островов. Поблизости от Тампакана моро выстроили крепость, откуда совершали нападения на опорную базу колонизаторов. По свидетельству испанских источников, на испанцев сильное впечатление производила отчаянная храбрость мусульманских воинов, вооруженных лишь малайскими ножами-крисами и мечами-кампиланами и тем не менее отражавших атаки испанских солдат, имевших огнестрельное оружие. Ронкильо в донесениях генерал-губернатору указывал на организованность сопротивления моро и отмечал, что «мусульманские вожди в отличие от правителей Лусона пользуются несравненно большим авторитетом и властью». В 1598 г. испанцы, изнуренные атаками мусульман, испытывая трудности с коммуникациями и снабжением войск, перевели гарнизон из Тампакана в крепость Ла-Кальдера, выстроенную на крайней северо-западной оконечности Минданао (в нескольких километрах от современной Замбоанги), поблизости от испанских владений. В конце 1598 г. Ронкильо вернулся в Манилу, не выполнив миссии по колонизации Минданао. Таков, был итог первого, начального этапа «войн моро».
В последующие годы (до начала XVII в.) мусульмане продолжали тревожить испанцев, совершая набеги на территории испанской колонии. Ежегодно с юго-западными муссонами лодки моро, легко уходившие от преследования тихоходных испанских галионов, устремлялись к Висайским островам, а нередко подплывали и к берегам Лусона. В результате этих набегов моро увозили ценности из разрушенных церквей и большие. партии пленников-христиан. Взятых в плен испанцев за выкуп возвращали в Манилу, филиппинцев-христиан превращали в рабов, используя их в качестве гребцов на военных и торговых судах. Пленные филиппинцы, переходившие в мусульманство, получали свободу, и многие из них сами становились участниками морских набегов на христианские районы Филиппин. До начала XVII в. борьба моро ограничивалась морским пиратством, правящие круги султанатов не пытались организовать крупные военные экспедиции.
На рубеже XVI–XVII вв. стали замедляться темпы и сокращаться масштабы испанской колониальной экспансии в связи с начавшимся во второй половине XVI в. ослаблением экономических, политических и международных позиций феодально-абсолютистской Испании. К концу XVI в. относится неудавшаяся попытка испанцев проникнуть на территорию Китая, используя в качестве плацдарма Филиппины. В 1598 г. испанцы вторглись на Тайвань, рассчитывая захватить остров и превратить его в базу для дальнейшего продвижения на континент. Но закрепиться на Тайване они не смогли и отказались от планов вторжения на китайскую территорию.
Территориальные захваты Испании в Полинезии и Австралии (на рубеже XVII в.) были незначительны и недолго удерживались испанскими колонизаторами. Филиппины оставались единственным прочным «приобретением» Испании в Азии.
Испанское завоевание превратило Филиппинский архипелаг в составную часть гигантской колониальной империи Испании. В 1571 г. Манила была объявлена столицей испанской колонии, административно подчинявшейся Мексиканскому вице-королевству, первым губернатором Филиппин был назначен Легаспи. В устье Пасига, где до прихода колонизаторов теснились свайные жилища малайских селений, поднялись каменные башни и стены города-крепости Интрамуроса («Город внутри стен»), заселенного испанцами центра Манилы.