В феврале 1565 г. у берегов Филиппин появилась испанская военная эскадра, вышедшая в ноябре 1564 г. из мексиканского порта Нативидад. Экспедицию возглавлял бывший алькальд г. Мехико Мигель Лопес де Легаспи, опытный военачальник, прошедший школу захватнических войн на Американском континенте. В качестве советника Легаспи на Филиппины отправился ученый монах-августинец Андрее де Урданета, участник многих военных походов, картограф и искусный навигатор, однажды уже побывавший на Филиппинских островах в составе экспедиции Лоайсы. Легаспи командовал эскадрой из 5 военных судов, на которых находились 500 солдат и пять (включая Урданету) монахов-августинцев.

В апреле 1565 г. испанцы высадились на Себу. Здесь было основано первое укрепленное испанское поселение Сан-Мигель (позднее на этом месте вырос город Себу). Используя разобщенность балангаев и межплеменные противоречия, испанцы привлекли на свою сторону часть местных дато. Легаспи заключил «кровные договоры» с двумя наиболее воинственными и сильными правителями — дато Сикатуной (о-в Бохоль) и раджой Тупасом (Себу). Воины Тупаса и Сикатуны вместе с солдатами Легаспи участвовали в завоевании Висайских островов. Кровавой расправе испанские конкистадоры подвергали ту часть местного населения, которая оказывала сопротивление завоевателям. В 1565 г. вооруженные восстания вспыхивали в различных районах Себу. В том же году произошли восстания на о-вах Мактан и Тави. Вождь мактанцев Дагами объявил себя продолжателем борьбы Лапу-Лапу. Эти восстания были подавлены в 1566 г.

К началу 70-х годов XVI в. в основном закончился процесс завоевания территории Висайев и Северного Минданао.

Серьезной проблемой, с которой испанцы столкнулись на Висайях, был недостаток продовольствия. Экономика Себу и Паная — двух островов с наиболее плотным населением и сравнительно высоким уровнем развития производительных сил — была подорвана испанским завоеванием. Были разорены и сожжены многие селения, уничтожены рисовые поля, сократилась численность трудоспособного населения. До 1569 г. основной базой испанцев на Висайях был Себу, затем Легаспи перенес свою резиденцию на Панай. Но и на Панае — центре рисового производства Висайев (жители Паная снабжали рисом соседние острова и вывозили его на Минданао и Молукки) — в результате испанского завоевания урожайность риса резко упала. В 1570 г. нехватка риса и других продовольственных продуктов приняла катастрофические размеры. Продовольственный вопрос был одной из причин, побудивших Легаспи ускорить продвижение на север в поисках более плодородных и освоенных земель. Весной 1570 г. была отправлена экспедиция под командованием Мартина де Гоити и внука Легаспи, Хуана де Сальседо, для разведки и, по возможности, установления испанского суверенитета на Лусоне. Экспедиция состояла из отряда испанских солдат (100 человек) и нескольких отрядов висайя.

20 мая 1570 г. испанские корабли вошли в Манильский залив. Испанцы обратили внимание на то, что Майнила была хорошо укреплена: на побережье возвышалась крепость, сооруженная из земли и стволов пальмовых деревьев, защищенная 12 артиллерийскими орудиями (местные пушки-лантаки). Население Майнилы, по сведениям Гоити, насчитывало до 2 тыс. жителей. Мусульманский правитель Майнилы, раджа Солиман, встретил высадившихся на побережье иноземцев артиллерийским огнем. Испанцы отступили, но затем, используя военное превосходство, сумели захватить крепость. Гоити оставил там небольшой отряд, двинувшись с основными войсками на завоевание соседних районов Лусона. Оставшиеся в Майниле испанские солдаты начали грабить и притеснять местное население, что вызвало восстание, возглавленное раджой Солиманом. Восставшие перебили испанских солдат, сожгли крепость и ушли в горы. Гоити вынужден был вернуться на Панай.

Испанские колонизаторы появились снова на берегу Манильского залива спустя год — в апреле 1571 г. Военными операциями руководил Легаспи. Конкистадоры разрушили и сожгли заново отстроенную крепость и окрестные селения, заставив Солимана и правителей соседних балангаев признать верховную власть Испании. Удобное стратегическое положение и процветающая экономика Майнилы привлекли внимание Легаспи. По его приказу в устье Пасига было начато строительство испанского города, будущей столицы колонии — Манилы.

Обосновавшись в Маниле, испанцы в 1572–1574 гг. завоевали территорию Центрального Лусона — рисовую житницу острова, наиболее развитые экономически и густо заселенные районы. В 1574 г., двигаясь на север, они захватили территорию, заселенную илоканами, и в 1575–1580 гг. распространили свое господство на весь Северный и Северо-Восточный Лусон. В военных операциях принимали участие отряды, набранные из висайя, и воины «союзных» дато. Завоевание многих районов Лусона было осуществлено руками филиппинцев.

При завоевании Лусона карательные методы применялись испанцами в значительно больших масштабах по сравнению с относительно мирным процессом покорения Висайских островов. На Лусоне испанцы чаще встречались с сильным сопротивлением местного населения, особенно упорной была борьба жителей северных районов Лусона, вспышки которой продолжались вплоть до 1590 г.

В начале 80-х годов в основном закончилось завоевание архипелага. Границы испанской колонии, в которую входили северные и центральные районы Филиппин (о-в Лусон, Висайи, северные территории о-вов Минданао и Палавана), просуществовали около трех столетий — до второй половины XIX в. Вне контроля испанских колонизаторов остались горные племена, населявшие труднодоступные внутренние районы Лусона, которые формально находились под властью испанской короны. Попытки христианизировать и колонизовать эти районы дали ничтожные результаты. Испанская экспансия в южные районы архипелага была остановлена филиппинскими мусульманскими народами, населявшими центральные и южные территории Минданао и архипелаг Сулу.

Важным фактором, который обеспечивал успешное сопротивление южных районов европейским колонизаторам, была внешняя поддержка, получаемая султанатами Магинданао и Сулу от правящих мусульманских кругов соседнего малайско-индонезийского региона. Военную помощь Магинданао оказывали султаны Тернате, султанат Сулу получал поддержку из Брунея и с Суматры. Военно-политическому союзу с индонезийскими султанатами способствовали родственные связи между филиппинскими и индонезийскими правящими династиями, религиозная общность и, наконец, торговые интересы индонезийцев, стремившихся к сохранению морской и торговой монополии в островной части Юго-Восточной Азии.

Многолетняя борьба филиппинских мусульманских народов против испанских колонизаторов, начавшаяся с сопротивления европейской агрессии в конце XVI в. и продолжавшаяся до второй половины XIX в., вошла в историю Филиппин как «войны моро». Моро, т. е. маврами, испанские колонизаторы стали называть свободолюбивых филиппинских мусульман[9]по аналогии с воинственными арабами (маврами) у себя на родине.

Борьба между мусульманскими народами и испанскими колонизаторами велась с обеих сторон под лозунгом защиты «истинной веры». Для испанцев религиозные лозунга служили идеологическим обоснованием экспансии. Само название «моро», данное филиппинским мусульманам, должно было указывать на преемственность «войны креста и полумесяца». Для мусульманских народов ислам служил идеологическим знаменем антиколониальной борьбы, сопротивление европейским агрессорам облекалось в форму войны против «неверных».

Впервые испанцы столкнулись с моро в 1565 г. (вскоре после прибытия на острова экспедиции Легаспи), захватив у берегов о-ва Бохоль торговое судно из Сулу. Эпизодические столкновения с моро в районе Висайских о-вов и Северного Минданао продолжались и в последующие годы. Захват испанцами Майнилы был враждебно встречен султаном Брунея, связанным родством с тамошними правителями-мусульманами. В 1574 г. генерал-губернатор Филиппин получил секретную информацию о снаряжении в Брунее сильного флота для нападения на Манилу и о подготовке антииспанского восстания в самой столице. В 1574 г. действительно вспыхнуло восстание, возглавленное бывшим раджой Тондо — Лакан Дулой, которое было жестоко подавлено испанцами. Атака мусульманского флота, однако, не состоялась.