Представителей белого духовенства было намного меньше монахов (в 1591 г., по испанским данным, всего 20 священников). Учрежденное в 1581 г. манильское епископство было превращено в 1591 г. в архиепископство, которому подчинялись три епископства: Нуэва-Сеговия (Северный Лусон), Нузва-Касерас (Южный Лусон) и Себу (Висайи и Северный Минданао).

Христианизация осуществлялась одновременно с военной экспансией и колонизацией. Задача миссионеров заключалась в том, чтобы с помощью религиозной пропаганды окончательно «замирять» захваченные территории и готовить их жителей к подчинению новой власти. На первых порах новая религия встречала недоверие, а нередко и откровенную враждебность состарены филиппинцев, для которых фигуры миссионера и конкистадора одинаково олицетворяли иноземную агрессию. Элементы насилия играли значительную роль, но в целом процесс христианизации Филиппин протекал более мирно, нежели религиозная экспансия в странах Латинской Америки (как и весь процесс завоевания и колонизации). За 1565–1570 гг. миссионерам удалось окрестить лишь 100 филиппинцев. Среди первых обращенных преобладали дружественные испанцам «союзные» дато и их семьи в развитых районах архипелага. Медленные темпы христианизации были связаны с малочисленностью миссионеров (по всей стране тогда действовало лишь несколько десятков августинцев), языковым барьером (монахи еще не успели изучить местные языки), продолжавшимся процессом завоевания. Со второй половины 70-х годов, когда в основном закончился военный этап колонизации, а число миссионеров увеличилось, положение резко изменилось. К началу 80-х годов было окрещено уже 100 тыс. филиппинцев, к 1586 г. — 170 тыс., к 1594 г. — 286 тыс., к 1600 г. — более 300 тыс. К 20-м годам XVII в. было христианизировано почти все население колонии (до 500 тыс. филиппинцев).

Быстрая и массовая христианизация Филиппин была обусловлена особенностями их исторического развития. Испанцы появились на архипелаге в период, когда там шло разложение первобытного строя и зарождение классового общества, нуждавшегося в отвечавшей его потребностям идеологической надстройке. Возникающее классовое общество создавало почву для утверждения единой господствующей религии. В южных районах архипелага этой новой религиозной идеологией, сменившей раннеклассовые религиозные представления, стал ислам. Испанское завоевание приостановило распространение ислама, очистив путь для христианства. Успехи испанских миссионеров в распространении католицизма объяснялись отсутствием на островах развитой религиозной идеологии, которая могла бы противостоять религии колонизаторов. Не случайно португальские миссионеры, действовавшие с не меньшим рвением в странах Востока, где задолго до появления европейцев утвердились мировые религии — ислам и буддизм, добивались ничтожных результатов. То же происходило и с испанскими миссионерами в Китае и Японии.

К началу массовой христианизации Филиппин католическая церковь располагала богатым арсеналом методов и приемов привлечения «язычников» в свое лоно, к их числу относилось изучение монахами местных языков, обычаев, культурных традиций, благодаря чему преодолевались недоверие и отчужденность филиппинского населения. Религиозные представления внушались уже детям в доступных для их восприятия формах. Так, учитывая врожденную музыкальность филиппинцев, миссионеры обучали детей католическим молитвам, которые перелагались стихами и пелись на мотивы народных песен. Всячески поощрялась организация театрализованных представлений на библейские сюжеты и пышных религиозных процессий, которые привлекали филиппинцев своей красочностью и способствовали пробуждению интереса к католицизму. Религиозная пропаганда велась в форме устных проповедей, так как религиозная литература была недоступна филиппинцам. В 1593 г. в Маниле была издана «Христианская доктрина» — первая печатная книга на латинском и тагальском языках. В 1597 г. появилось ее второе издание, отредактированное известным теологом-иезуитом кардиналом Беллармино. Издание 1597 г. легло в основу многочисленных «доктрин», переведенных на местные языки, которые служили основным пособием для миссионеров, действовавших в различных районах архипелага. В 70—80-е годы руководство орденов приступило к организации системы начального и среднего религиозного образования, распространявшейся лишь на детей местной верхушки. Что касается основной массы филиппинского населения, то «заботы» о воспитании их в духе «истинных христиан» целиком возлагались на монахов-миссионеров, которые следили за тем, чтобы жители балангаев неукоснительно выполняли все обряды и установления католической церкви.

Серьезные трудности для деятельности церкви создавала географическая дробность архипелага и разбросанность населения по мелким, слабо связанным друг с другом балангаям. В 80—90-х годах XVI в. церковь при поддержке светских властей попыталась осуществить так называемую редукцию — сокращение числа сельских поселений за счет присоединения мелких балангаев к более крупным, что означало на практике насильственное переселение подавляющего большинства крестьян. Инициатором этого мероприятия считается монах-францисканец Хуан де Пласенсиа, который прибыл на Филиппины в 1577 г. и занимался миссионерской деятельностью на Центральном Лусоне. Пласенсиа предложил генерал-губернатору план расселения филиппинцев в прибрежных равнинных районах большими селами с числом жителей от 2,5 до 5 тыс. Сама идея не была новой — ранее подобным образом былопроизведено переселение индейцев в Перу и Мексике. На Филиппинах это оказалось значительно сложнее. В 1593 г. епископ Саласар писал королю ФилиппуII: «Ваши острова непохожи на Новую Испанию, где всегда есть главная деревня и много мелких, подчиненных ей. Здесь же (т. е. на Филиппинах) повсюду мелкие деревни и каждая сама себе голова». Осуществление редукции должно было привести к полной ликвидации сложившейся территориально-административной системы балангаев и угрожало подорвать сельскохозяйственное производство. Некоторых успехов монахи добились лишь в провинциях Центрального Лусона, где была высокая концентрация населения и оно было в основном расселено по крупным балангаям. В остальных районах Филиппинского архипелага планы создания укрупненных поселений так и не были проведены в жизнь[12].

Отказавшись от планов концентрации сельского населения, церковь создала систему церковноприходского управления, при которой центры приходов с приходской церковью (кабесера) размещались в самых крупных населенных пунктах. В менее крупных балангаях, относившихся к приходу, строились собственные церкви, называвшиеся «висита», которые подчинялись кабесере и обслуживали «ситио» — мелкие поселения из одного-двух десятков семей. Все жилые строения должны были возводиться «под колоколами», т. е. на таком расстоянии от церкви, чтобы был слышен колокольный звон. Введенное церковноприходское управление обеспечивало церкви довольно эффективный контроль над всей массой прихожан-филиппинцев.

В результате испанской колонизации произошли серьезные изменения в системе землевладения, существовавшей на архипелаге. Юридически вся земля была объявлена собственностью испанской короны. Королевские подданные испанцы и филиппинцы формально обладали лишь правом пользования определенными земельными территориями. На практике же они становились собственниками земельных угодий с правом их наследования и отчуждения. С появлением испанцев исчезает общинная форма собственности, уступая место помещичьему и крестьянскому частному землевладению. Испанцы оставили дато, махарлика и свободным крестьянам те земли, которые принадлежали им до прихода колонизаторов. Там, где обрабатываемая земля находилась в собственности балангаев, она либо переходила во владение, а фактически в собственность представителей бывшей общинной знати, либо раздавалась правительством в качестве земельных пожалований орденам и испанцам-колонистам. Крестьяне-общинники, издавна обрабатывавшие эти земли, становились безземельными арендаторами-издольщиками. Земли, не числившиеся в частном владении и отнесенные к разряду королевских, или коронных, служили фондом для земельных пожалований церкви и колонистам.