В мире происходили великие изменения. Император Карл V, разочарованный результатом своей борьбы как против реформистов в Германии, так и во Франции, страдающий от многочисленных болезней, подтачиваемый приступами подагры, астмы и геморроя, оказался преждевременно состарившимся в пятьдесят четыре года. Он решил отречься от престола в пользу принца Филиппа. Свое решение он принял в Брюсселе в последние дни 1553 года. Филипп об этом узнал в январе 1554 года, а также о договоре по поводу его собственного брака: он остался вдовцом после смерти Марии Португальской, и теперь ему предстояло жениться на Марии Тюдор — дочери Генриха VIII Английского и королевы Англии.

Филипп Испанский заботился об отце Франциска Борджиа. Он даже попросил для него в Риме кардинальское назначение, как до этого сделал его отец. Когда принц уехал в Англию, он передал власть своей сестре инфанте Жанне — вдове наследника португальского трона. А принцесса была поклонницей отца Борджиа: именно по ее просьбе он отправился в Тордесильяс к смертному одру ее бабки, безумной королевы. С этого момента и все последующие годы отец оставался духовным наставником властей предержащих. Эта миссия была особенно деликатной, потому что неизбежно возникала необходимость давать советы, касающиеся политики. Но особенно трудным это оказалось, когда папа Павел IV Карафа, которому иезуиты безоговорочно подчинялись, проявил враждебность гегемонии Австрийского королевского дома. Пока благочестивый император готовил свое отречение, папа подверг жестоким нападкам как самого императора, так и его сына Филиппа, назвав одного глупцом, а другого выродком, затем отлучил от церкви обоих и объявил им войну летом 1556 года.

Ситуация резко обострилась для иезуитов — большинство из них были подданными Карла V. Когда 31 июля 1556 года умер Игнатий Лойола, оказалось невозможным собрать в Риме конгрегацию, которая назначила бы его преемника; Жак Лаинес — главный викарий — был избран только 2 июля 1558 года.

Великие разногласия с папой не заставили императора отказаться от его плана, о котором он сообщил своему другу Борджиа еще тринадцать лет назад. После отречения он решил удалиться от мира и в качестве места затворничества выбрал монастырь Святого Юста в Эстремадуре, принадлежащий ордену Иеронимитов, в котором он обычно предавался размышлениям. Он поручил принцу Филиппу построить просторный дом на территории монастыря в соответствии со своими указаниями.

25 октября 1555 года в Брюсселе Карл V передал своему сыну все свои владения в Голландии, потом, 16 января 1556 года — свои королевства Кастилии, Арагона и Сицилии. Перемирие в Восель, заключенное с Генрихом II, позволило ему передать своему сыну Франш-Конте в Бургундии. В середине сентября 1556 года он смог, наконец, отплыть в Испанию. 28-го высадился в Ларедо. После остановок в Бургосе и Вальядолиде 11 ноября он прибыл в Харандиллу, что недалеко от монастыря Святого Юста. Там он остановился, чтобы дождаться окончания работ по строительству его дома в монастыре. Ему оказал гостеприимство дон Гарсиа Альварес де Толедо, граф д’Оропеса.

Дворец Харандиллы, возвышающийся над Тахо, защищенный от северных ветров отрогами Гредос, был загородной резиденцией, и сейчас, поздней осенью, в погожие дни, он был весь залит солнцем. Из окон апартаментов и садов можно было видеть крыши соседнего монастыря Святого Иеронима Юсты, очень часто окутанного легким туманом, покрывавшим склоны гор. Император выбрал это место из-за его относительной близости к Новой Кастилии и к почитаемому храму Святой Марии Гвадалупской. 25 ноября 1556 года он проверил, как идут строительные работы. Очень простое по планировке здание имело четыре хорошо освещенные комнаты на первом и втором этажах. Опочивальня императора через проход, украшенный разноцветным фаянсом, сообщалась с хором церкви. Просторная кухня с огромным камином могла вместить около пятидесяти слуг, находившихся при императоре в течение дня, а вечером возвращавшихся к себе домой в соседнюю деревню Куакос или Харандиллу. Чудесное спокойствие, проточные воды, прекрасный сад с апельсиновыми и фиговыми деревьями, отгороженный от песчаной равнины маленькой рощей — после всех своих нравственных терзаний император обрел здесь предвосхищение рая, к которому он так стремился.

Примерно на Рождество 1556 года, еще будучи в Харандилле, Карл пригласил Франциска Гандийского к себе. Он не забыл их долгих бесед, намереваясь заставить бывшего герцога отречься от ордена Иезуитов и держать его при своей особе в качестве духовного наставника и с его помощью обеспечить себе вечное спасение. Он хотел ему предложить вступить либо в орден Иеронимитов, либо в орден Картезианцев. Франциска об этом известила регентша Хуана, и он смог подготовить защиту свою собственную и ордена так хорошо, что после долгих бесед со своим прежним повелителем в течение двух дней он убедил того в превосходстве правила иезуитов: цель каждого члена ордена — действовать ради «вящей славы божьей» и в том, что не следовало критиковать эту организацию под тем предлогом, что она недавно появилась. Франциск сумел переубедить императора. Карл встретил его с необычайным почтением: отец Франциск спал в соседней комнате и разговаривал с ним с покрытой головой, что ему разрешалось как испанскому гранду. Эти подробности окончательно сломили сопротивление по отношению к иезуитам в правящих кругах: их обвиняли, в частности, в их слишком тесных отношениях с Римом. Дон Хуан де Ла Вега, глава Совета Кастилии, стал активным покровителем ордена.

5 февраля 1557 года Карл V обосновался в своем доме в монастыре Святого Иеронима Юста. Он виделся только с некоторыми верными ему людьми. Среди них был и отец Франциск Борджиа. В сентябре Карл поручил ему передать соболезнования своей сестре Екатерине, потерявшей мужа — короля Жуана Португальского, умершего 11 июня 1557 года.

Вдовствующая королева очень приветливо встретила отца Борджиа, и он провел у нее большую часть октября, отстаивая тайное предложение императора своей сестре. В тот момент маленькому королю Себастьяну было только три года. Если ему случится преждевременно умереть, Карл V желал бы, чтобы португальская корона перешла бы к его родному внуку дону Карлосу, который родился в 1545 году от брака принца Филиппа, ставшего Филиппом II, и инфанты Марии Португальской. Отец Борджиа смог получить согласие королевы несмотря на уклончивость грандов.

Эта миссия при Португальском дворе имела очень серьезные последствия как для ордена, так и для самой страны. Франциску удалось убедить вдовствующую королеву доверить воспитание наследника короны ордену Иезуитов. Отец Лаинес поручил одному из португальских отцов — Луису Гонзальве де Камара стать наставником юного принца. Влияние этого монаха на неокрепший ум принца, взбалмошного и фантазера, оказалось роковым. Впоследствии это привело к тому, что молодой король затеял совершенно безумный крестовый поход в Северную Африку. Там он погиб в 1578 году на поле битвы при Альказарквивире, вызвав тем самым трагический династический кризис, в результате которого Испания захватила Португалию. Но ничто пока не предвещало такого драматического исхода. Правоверное королевство, богатевшее на продаже пряностей и колониальных товаров, по всем морям рассылало свои прибыльные экспедиции, а иезуиты, подготовленные в Коимбре и в других местах, участвовали в этой необычайной эпопее. Казалось, что их орден с триумфом выполнил здесь свою программу духовного завоевания мира.

Посетив богатые коллегии и учреждения Португалии, обнадеженный отец Борджиа вернулся в Испанию, но столкнулся с необычайно широко распространившимся религиозным реформистским движением в Севилье и в Вальядолиде. Великий Инквизитор Фернандо де Вальдес, архиепископ Севильи, получил доносы, в которых иезуитов обвиняли в сговоре с еретиками. Эти новости огорчили старого императора в его уединении в монастырь Юста. Он снова призвал своего старинного друга. Заканчивался 1558 год. Карл простудился на холодном утреннем ветру. Его уложил в постель жесточайший приступ подагры. Чувствуя, что конец близок, он захотел организовать пышную заупокойную мессу по своему отцу и бабке с дедом. Потом он долго беседовал о вечной жизни с отцом Борджиа, которого назначил вместе с королем Филиппом и другими крупными сановниками исполнителем своего завещания.