Карл V, болезненно подавленный после смерти своей супруги, удалился в монастырь иеронимитов Сислы. Перед этим он принял посвящение. Маркизу де Ломбэ и его супруге пришлось сопровождать тело в Гренаду и захоронить в королевской часовне, которая после Реконкисты волей Их Католических Величеств стала склепом для потомков. 2 мая прах императрицы в сопровождении дворян и прелатов был вывезен из города. Тело наскоро подготовили и закрыли в цинковом гробу. Маркиза лично обрядила свою госпожу в ее самое красивое платье. Похоронная процессия продвигалась очень медленно, прерываемая многочисленными остановками на молитвы в городах, находившихся на их пути длиной более чем в 500 километров. Через месяц кортеж добрался до Гренады. Сопровождавшим необходимо было выполнить одну формальность: священники Гренады должны поместить тело в склеп, но сначала перед открытым гробом каждый из сопровождавших обязан засвидетельствовать, что это был прах именно императрицы. Перед местными нотариусами, созванными по такому случаю, приоткрыли крышку гроба. Тление уже началось. Теперь невозможно было узнать некогда тонкие черты лица покойной — кучка бесформенной гнили издавала отвратительное зловоние. Ни один человек из свиты не решился поклясться, что эти ужасные останки принадлежали той, чьим очаровательным лицом они столько раз восхищались. Только Франциск засвидетельствовал, что это была именно императрица — но не потому что он ее узнал, а потому что во время путешествия он не спускал глаз с гроба.

Это ужасное видение смерти заставило маркиза принять твердое решение. Такой страшный конец неизбежно ожидал любое земное существование, поэтому он решил, что свою жизнь на земле он посвятит подготовке загробной жизни, служа единственному повелителю, которого смерть у него не заберет — Богу. Он дал такую клятву: Nunca mas servire a senor que se me pueda morir (Никогда не буду служить тому господину, которого смерть у меня заберет). На следующий день после погребения, во время заупокойной мессы на торжественных похоронах в соборе, он еще более утвердился в своем решении. Прорицатель-мистик Жан д’Авила, прозванный Апостолом Андалусии, действительно на примере Изабеллы осудил суету придворной жизни и заблуждения тех, кто забывает о неизбежном конце своего земного пути.

Но Франциск реально смотрел на жизнь и слишком хорошо сознавал свою ответственность перед семьей, чтобы удалиться в монастырь. Больше того, вернувшись в Толедо, он попросил у Карла V разрешения отправиться в Гандию. Император его и слушать не захотел. Желая показать, насколько он уважал маркиза, он назначил его вице-королем и главным капитаном Каталонии.

В 29 лет маркиз де Ломбэ оказался облеченным опасной губернаторской должностью. В течение четырех лет ему придется проявлять осторожность и энергию, которых от него ждал хорошо его знавший его повелитель. Карлу V было необходимо поставить во главе своих государств человека, которому бы он доверял. Помирившись с Франциском I, он испросил у короля разрешения проехать по территории Франции по дороге во Фландрию. Он хотел наказать жителей Гента, взбунтовавшихся против регентши Нидерландов Марии Венгерской, заставившей их выплачивать контрибуции. 7 октября 1539 года французский суверен направил в Толедо пригласительное письмо. Карл V сразу же сделал регентом своих королевств принца Филиппа — будущего Филиппа II, тогда ему было 12 лет. А Франциск Борджиа должен был стать губернатором Каталонии.

Известие об отъезде императора крайне затрудняло деятельность нового вице-короля. Провинцию заполонили разбойники, готовые взбунтоваться, узнав о наступившем безвластии. Приходилось вести против них нечто вроде партизанской войны. Чтобы увеличить финансовые возможности Франциска Борджиа, Карл передал ему командование военным орденом Святого Иакова, или Сантьяго, и назначил его членом совета порядка, состоявшего из 13 главных командоров. Поэтому маркиз мог считать, что он состоит на службе у Бога и императора одновременно, и рассматривать свою миссию как крестовый поход. Он преследовал разбойников в их логове, приказывал судить по всей строгости закона и приговаривал их к смертной казни или каторге. «Страна, — писал он Карлу, — больше нуждается в наказании, чем в прощении». И в другом письме: «Я приказал повесить шестерых самых знаменитых. Процесс над остальными идет в соответствии с законом, и тот, кто получит наименьшее наказание, может быть уверен, что проведет остаток своей жизни на галерах!» Но перед казнью он приказывал присылать к каждому осужденному священника, а после смерти приговоренных отслужить тридцать месс за спасение их души. Такая неумолимая строгость напоминала действия Инквизиции по уничтожению ереси в Испании.

В личной жизни вице-король отрекся от роскоши, приличествовавшей его сану. Он начинал день с молитв, причащался один раз в неделю, а когда заканчивал государственные дела, подчинялся правилам ордена Сантьяго: уединялся и молился, размышляя о таинствах молитвы и перебирая четки. Ночью долгими часами он стоял на коленях, налагал на себя различные наказания, например, никогда не ужинать, что, правда, скорее напоминало нечто вроде диеты. Он стал болезненно тучным и поэтому жестоко страдал, когда скакал верхом. Насмехаясь над собой и намекая на свою кольчугу, он писал Карлу: «Ваше Величество прекрасно представляет себе, что это значит для моего толстого брюха!» Но не жаловался и даже считал себя в привилегированном положении: «Теперь меня будет вести вперед правосудие Божие!» Он прибегал к этому божественному суду в своих карательных экспедициях, но также и совершая благотворительные поступки: он всегда был готов помочь скорбящим и убогим. Он подавлял беспорядки, возникавшие после прохождения войск, морем направлявшихся из Барселоны в Италию или Фландрию. Обеспечивал снабжение продовольствием провинции и укреплял города в тот момент, когда французы угрожали Русильону. В период волнений он гарантировал населению безопасность.

Пока Франциск Борджиа — мирянин с замашками монаха-воина — восстанавливал общественный порядок, защищая духовные и материальные интересы своих подданных, скромная организация, появившаяся в подземной часовне Монмартра 15 августа 1534 года благодаря усилиям Игнатия Лойолы, бывшего узника Инквизиции Алькалы, добилась официального признания. Папа Павел III выдал ей буллу об основании 27 сентября 1540 года. «Общество Иисуса» было основано как ополчение и подчинялось генералу. От древних религиозных орденов этот отличался тем, что был настроен очень воинственно: его целью было завоевание душ, которым угрожали мирские опасности и бурное развитие новой реформистской религии. Строгий отбор давал возможность испытать искренность вступающих в ряды общества: помимо трех обетов — целомудрия, бедности, послушания, — они с большими трудностями получали разрешение дать обет неограниченного повиновения воле папы. Таким образом, в распоряжении понтифика была армия бесконечно более преданная, чем все светские армии. Так иезуиты начали штурм мира.

17 апреля 1541 года, в день Пасхи, Игнатий Лойола был избран генералом ордена. Первым членам своего общества он доверил первую миссию — трудиться на благо Церкви. Однажды в Барселону приплыл отец Антонио Араос. Он встретился с Франциском Борджиа, которого без труда убедил поощрять действия Ордена. В то время снова завязались отношения семьи Борджиа и Святого престола — в 1539 году был назначен кардиналом один из братьев вице-короля Генрих, сменивший своего покойного брата кардинала Родриго, который умер в 1537 году — через год после посвящения в кардинальский сан. Папа Павел III, бывший всего лишь кардиналом Фарнезе и братом красавицы Джулии, обязан своей карьерой Александру VI. Теперь он оказался связан с Борджиа: его привлекали не только мирские выгоды — они были едины в стремлении обеспечить спасение душ человеческих.

Вице-королю постоянно сообщали о том, как развивается деятельность Общества. Решающую поддержку иезуитам оказал король Жуан III Португальский, брат Императрицы Изабеллы. Основание Коллегии в Коимбре, необычайная миссия Отца Франсуа Ксавье в Индии, затем на границах Японии и Китая открывали Христианству такие перспективы, о которых раньше никто не осмеливался мечтать. Лютеранская Германия, Швейцария, завоеванная учением Цвингли и Кальвина, как и Франция, стали тем полем, на котором должна была развернуться битва против реформистов — их теперь считали еретиками. Иезуиты проникли повсюду: в императорские собрания выборных, города Империи, университеты, а на Тридентском вселенском соборе стали глашатаями папской власти.