Она также приказала изготовить картины на религиозные сюжеты для молельни в своем замке. Считается, что среди них была картина, сегодня находящаяся в Коллегии Патриарха в Валенсии, с изображением Покрова Святой Богородицы, защищающей жертву покушения: Мадонна в окружении святого Доминика и святой Екатерины Сиенской возвышается над тремя братьями Борджиа — герцогом Джанни, Чезаре и Джофре. Герцогиня заказала эту картину, когда после пленения Чезаре Борджиа она пыталась добиться его осуждения за убийство брата.

Считается, что герцог Хуан Гандийский изображен увенчанным розами как избранник Божий, коленопреклоненный перед Девой, протягивающей ему красную розу мученика. Позади него стоит его мрачный убийца, потрясающий длинным ножом. У ног Хуана, на земле, лежит его герцогская шапка. Напротив него — цветущий бородатый мужчина, чертами и профилем напоминающий Чезаре на портрете, иллюстрирующем Похвальное слово знаменитым людям Поля Жова. Он протягивает свою опущенную шпагу, как если бы раскаивался в этом заказном убийстве. Позади него — молодой человек, Джофре, присутствует здесь как свидетель обвинения. Возможно, что эта картина написана в момент побега де Валентинуа. Хотя герцогине было всего 28 лет, она отказалась продолжать бесполезный процесс и стала еще более набожной. Практически не выходила из своего замка в Гандии, которая считалась как бы столицей маленького королевства между горной цепью и морем. Она продала все имущество своего мужа и, как полагали, получила при этом 82 000 дукатов. Ее богатство росло благодаря значительным доходам, которые давали ее прекрасные земли — их обрабатывали крестьяне-мориски; почти все ее состояние должно было перейти ее сыну. Действительно, она собиралась (и это свое намерение она осуществила) удалиться в монастырь, когда Хуан женится. Она постриглась в монахини в 1509 году в монастырь Бедных Кларисс в Гандии, где и скончалась в 1537 году под именем сестры Марии Габриэлы. Ее дочь Изабелла удалилась в этот монастырь несколько раньше — в 1507 году. С восьми лет она была помолвлена с герцогом Сеговии, расторгла помолвку и приняла пострижение под именем сестры Франсуазы.

Третий герцог Гандийский был сам по себе очень религиозен. Он настолько почитал таинство причастия, что если ему случалось встретить священника, несущего евхаристию больному, он сворачивал с дороги и шел вместе с ним, чтобы присутствовать при причащении страдающего и ободрить его. Он был примером для своих крестьян, которые все еще помнили ислам и которых следовало убедить в превосходстве христианства. Но герцог был искренен: в возрасте 14 лет король Фердинанд, пытаясь помешать ему удалиться от мира и покинуть свое герцогство, заставил его жениться на донье Хуане Арагонской, дочери его собственного внебрачного сына Алонсо, которому он отдал архиепископство Сарагосы. Этот недостойный прелат отслужил мессу всего один раз — в день своего посвящения в сан. Как все священнослужители из дома Борджиа, он проводил время в светских удовольствиях и занимался обеспечением будущего своих детей. Своих сыновей он предназначал для духовной карьеры: двое из них — сначала Хуан, потом Фернандо — стали его преемниками — епископами Сарагосы.

Союз Хуана Гандийского и незаконнорожденной дочери епископа — внебрачной внучки короля Фердинанда — оказался удачным. 28 октября 1510 года через год после свадьбы родился старший из их детей. Он был крещен Франциском в честь святого Франциска Ассизского, которого его мать призывала в муках. Затем слишком быстро один за другим родились еще шестеро детей, что стоило жизни их матери. Очень скоро ее сменила другая знатная дама — донья Франсиска де Кастро-и-Пиньос. На свет появились еще семеро детей: набожный герцог Гандийский был вынужден просить Церковь позаботиться о его отпрысках. Из его сыновей (кроме старшего, который был обязан унаследовать герцогство, и еще двоих — один из них стал вице-королем Каталонии, а другой умер молодым) пятеро выбрали церковную карьеру. Двое стали кардиналами, один — аббатом, еще один — архиепископом Сарагосы, явившись, таким образом, преемником своего деда и двух дядей, последний — великим магистром военного ордена Святой Марии Монтесы. Четыре дочери выйдут замуж за грандов Испании, а еще две станут аббатисами. Одна из них в Мадриде будет настоятельницей королевского монастыря Босоногих Кармелиток, а другая в Гандии возглавит обитель Бедных Монахинь, куда когда-то удалились ее бабка и тетка.

Наследник герцогства Франциск еще в ранней молодости проявил настолько чрезмерную склонность к религии, что это обескуражило даже его очень набожных родителей. Его отец, послуживший, однако, для него примером, жаловался, что своим поведением он больше напоминает священника, чем Caballero (рыцаря). Его мать — дочь архиепископа — застав его в момент религиозного экстаза, повторяла ему, что она просила Небо послать ей герцога, а не монаха. Ребенку не исполнилось и десяти лет, когда она умерла. Он настолько страдал, что решил, что виновен в этой смерти, потому что прогневал Бога. Мальчик закрылся в своей комнате и занялся бичеванием.

Спустя некоторое время спокойная жизнь в Гандийском замке была нарушена новыми событиями. Сын Жанны Безумной и покойного Филиппа Австрийского эрцгерцог Карл получил корону Кастилии, а потом стал преемником своего деда Фердинанда Арагонского, умершего в 1516 году. После избрания в 1519 году императором под именем Карла V ему пришлось уехать в Германию. Он оставил страну на своих фламандских министров, против которых восстали испанцы — знаменитые бунты Communeros (Комунерос,) в Кастилии и Germanias (Германцев) в королевстве Валенсия. Возле Гандии и Хативы развернулись жестокие сражения. Герцогу пришлось покинуть свой замок и морем увозить всю свою семью в Пеньисколу. Оттуда верхом он добирается в Сарагосу, где его принимает шурин Хуан, только что ставший архиепископом после смерти своего отца Алонсо.

Вдовый герцог собирался снова жениться и поручил прелату усовершенствовать воспитание своего старшего сына: в течение трех лет ребенок получал образование просвещенного человека и военного. Имея в своем распоряжении княжеский дом в столице, окруженный многочисленными слугами, он соответствовал рангу кузена суверена Арагона. Чтобы придать еще большее значение своим родственным связям с королевским домом, он нанес визит своей прабабке Марии де Луна, вдове Энрико Энрикеса — великого командора Леона. Старая дама жила далеко на юге, в цветущем городе Баэса в королевстве Гренада. Во дворце жили монахи из ее семьи, которых она приютила во время волнений в Гандии. Едва приехав туда, юноша тяжело заболел. Болезнь продолжалась около полугода, и все это время он должен был лежать. Во время подземных толчков Франциска вывезли из города, и он лежал на носилках посреди поля еще сорок дней, поэтому у него было достаточно времени, чтобы размышлять о бренности бытия. Но тринадцатилетнему наследнику герцога неприлично было долго учиться или уединяться в пустыне. Его нужно было представить ко двору: в соответствии с традицией он должен был стать пажем. Он уехал в Тордесильяс. Там держали взаперти несчастную королеву Жанну Безумную — она не покидала прах своего мужа. Рядом с ней была ее дочь Екатерина. Она родилась в январе 1507 года через четыре месяца после смерти отца и постоянно жила с сумасшедшей матерью. Теперь ей исполнилось 16 лет. Франциск особенно к ней привязался. Считалось, что служба в Тордесильяс была наказанием. Отнюдь — королева по-прежнему жила в роскоши. Но все события, происходившие в мире, доходили сюда в весьма сглаженном виде, а реальная власть принадлежала Карлу V — сыну королевы.

В спокойной обстановке этого дворца, подобно гандийскому украшенному разноцветной росписью, — мавританское наследство — только журчание фонтанов в цветущих патио умиротворяюще действовало на безумную королеву и ее беззаботную дочь. За два года, проведенных там, Франциск забыл о семейных несчастьях. Его чрезмерная набожность уменьшилась благодаря общению с принцессой. Но в 1525 году Екатерине пришлось покинуть королевство, чтобы вступить в брак с королем Жуаном III Португальским. Ее пятнадцатилетний паж хотел было последовать за своей повелительницей, но герцог, его отец, не разрешил ему уехать. Он не хотел, чтобы его наследник покидал землю Испании. Начиная с 1520 года герцог Гандийский по приказанию Карла V был внесен в список двадцати грандов первого класса. Эта честь давала особую привилегию не обнажать голову в присутствии короля и право беседовать с ним как с близким родственником. Герцог хотел, чтобы после каникул в Тордесильяс его старший сын возобновил учебу, чтобы впоследствии он смог занимать высшую должность в государстве. Поэтому он заставил его вернуться в Сарагосу под опеку архиепископа. Там Франциск прожил до семнадцати лет, изучая риторику и философию.