Огорченная этой неприятностью Лукреция, очень слабая из-за новой беременности, старается помочь пленнику насколько это в ее силах.
Следующие месяцы оказались более удачными. 25 августа герцогиня родила красивого мальчика, который впоследствии станет Ипполитом II д’Эсте. В декабре она радуется, что ее муж и деверь кардинал смогли остановить на реке По венецианский флот, который, двигаясь по течению, опустошал все на своем пути. В качестве трофеев были захвачены 18 галер и 5 кораблей с 28 большими пушками и 140 маленькими орудиями. Этот успех помогает Изабелле Мантуанской в переговорах в Венеции. Она пытается освободить своего мужа, отдав своего сына Фредерика папе в качестве заложника. Юлий II хочет быть уверен, что маркиз не выступит против него, оказавшись на свободе.
Два породнившихся княжества — Мантуанское и Феррарское — еще никогда не оказывались в ситуации, навязанной железной волей папы Юлия II. Отдавая себе отчет в том, что уничтожение Венеции неблагоприятно скажется на судьбах Италии, понтифик организует Святую Лигу, разрушая, таким образом, все союзы, существовавшие до этого. Теперь его врагом становится уже не Венеция, а Франция, которую нужно выдворить из Италии. Альфонс д’Эсте, отказывающийся предать Людовика XII, лишен звания знаменосца Церкви, которое папа передает его шурину Франциску де Гонзаге! Кроме того, маркиз Мантуанский снова получает должность главного капитана венецианской армии, которую он исполнял во времена битвы при Форново с Карлом VIII.
Юлий II налагает интердикт на Феррару и провозглашает герцога отлученным от Церкви. Лукреция по-прежнему управляет государством. Она с ужасом узнает, что папа поручил Франциску де Гонзаге осадить ее город. Вместе со своей женой Изабеллой, не забывшей, что она из семьи д’Эсте, маркграф находит предлог, чтобы не выступать в поход против Феррары: он притворяется серьезно больным. Герцог Альфонс храбро защищается, ему помогают французские войска, среди которых — рыцарь Баярд. Юлий II терпит поражение 11 февраля 1511 года при Ла Бастиде, и это спасает Феррару.
Пережитые совместно трудности примирили Лукрецию и Альфонса. Герцогиня с большими почестями принимает в Ферраре защитников-победителей, организуя празднества и пиры. «Она была прекрасна, нежна и обходительна со всеми», — пишет Верный Оруженосец, летописец великих деяний Баярд. Он добавляет: «Верно то, что ее муж был мудрым и храбрым государем, но эта дама смогла сослужить ему добрую и великую службу своей учтивостью».
Еще восемь лет назад Людовик XII заявил послу Феррары, что «мадам Лукреция не та женщина, которая нужна дону Альфонсу». Теперь ему приходится признать, что он ошибся. Лукреция — из тех государынь, которые достойны соперничать с королевой Франции. Пока ее муж отсутствовал, она вместо него управляла государством, не забывая об обязанностях доброй матери большой семьи.
Именно в это время ей приходится быть как никогда бдительной, чтобы сохранить то, что остается от состояния ее двух старших сыновей — маленьких римских герцогов. Ненавидевший Борджиа Юлий II приказал полностью лишить детей имущества. Старый кардинал Козенцы Франциск Борджиа предупредил Лукрецию и за это был брошен в тюрьму папой. Ему удается бежать в Пизу вместе с кардиналом-епископом Сабины Бернардино Лопесом де Карвахалем и Гийомом Брисонне — кардиналом-епископом Палестрины. Объединившись там с кардиналом Рене де При, князья Церкви созывают церковный собор, на котором они обвиняют Юлия II в симонии и других грехах. Понтифик мечет молнии со Святого престола в раскольников, отлучает их от Церкви и лишает кардиналов-бунтовщиков званий и должностей, издав по этому поводу буллы соответственно в июле и октябре 1511 года.
Но смерть становится сообщницей грозного папы. Еще до получения второго приговора в Пизе от апоплексического удара умирает кардинал Франциск Борджиа. Через некоторое время — в 1512 году — Юлий II с удовлетворением узнает о кончине двух других Борджиа, особенно дорогих сердцу Лукреции — кардинала Пьетро Луиджи и маленького герцога Бисельи. Кардинал жил в королевстве Неаполитанском и защищал там интересы маленького герцога Родриго. Он умер, упав с мула, незадолго до того, как его воспитанник умер от болезни.
Поражение при Ла Бастиде становится началом неудач Юлия II. Бентивольо возвращаются в Болонью. Народ разбивает огромную бронзовую статую Юлия II, произведение Микеланджело, украшавшую фасад собора. Из ее обломков Альфонс д’Эсте приказывает отлить пушку, которую гордо назовет Юлианой. Лукреция с радостью узнает о возвращении Модены и других городов, отторгнутых от герцогства Феррарского. На Пасху 1512 года успех закреплен в результате победы Гастона де Фуа при Равенне. Этот молодой, 22 лет, племянник короля Франции победил испанцев и папские войска. Но победа досталась дорогой ценой — погибли 10 000 человек и среди них — молодой французский генерал.
Лукреция все больше и больше занимается управлением государства. В начале 1513 года ее муж поручает ей управление делами и защиту города, а сам отправляется в Рим, где надеется снять с себя отлучение от Церкви благодаря заступничеству поэта Лудовико Ариосто и через посредничество Фабрицио Колонны. Но оказывается, что Юлий II заманил его в ловушку. Папа выставляет свои условия: Альфонс должен отречься от феррарского трона, отказаться от всех своих прав и прав детей Лукреции в пользу Святого престола и, наконец, удалиться в изгнание в городок Асти в Ломбардии. Он будет находиться под стражей, пока не даст ответа. К счастью, Фабрицио Колонна, который своей честью поклялся Альфонсу, что тот может безбоязненно приехать в Рим, помогает герцогу бежать из тюрьмы. Переодетый поваром Просперо Колонны Альфонс смог пробраться через враждебные папские земли и поспешно вернуться в Феррару. Оказывается, его столица осаждена вражескими войсками. Венецианцы оккупируют его земли. Но Лукреция поддерживает порядок и боевой дух в городе. Положение улучшается после того, как Альфонс примирился с венецианцами.
К великому для Феррары счастью 21 февраля 1513 года умирает Юлий II. Герцогиня и герцог, которых еще больше объединили пережитые ими несчастья, приказывают во всех церквях служить благодарственные молебны. Папа Лев X помирился с Мантуей и Феррарой. Его личным секретарем стал старинный друг Лукреции Пьетро Бембо. Как говорят, Пьетро вскоре получит полномочия вице-короля. Он стал кардиналом, что, впрочем, не мешало ему приносить жертвы Венере. После любовных связей с дамами, носившими очень поэтические имена — Аврора, Топаз, он будет жить как супруг с генуэзкой Морозиной, которая родит ему троих сыновей.
После четырех суровых лет войны в Ферраре наступил мир. Лукреция, храбро боровшаяся за интересы герцогства и отдавшая этому столько сил, теперь только улыбается, узнав милые новости из Рима, вспоминая прежнюю пылкость своего венецианского поэта. Она сама сильно изменилась. Ее закалили испытания, она ударилась в набожность и под своими расшитыми рубашками носит власяницу, отказывается от открытых платьев, во время еды ей читают религиозные произведения, теперь она усердно посещает церкви Феррары. Она вступает в ассоциацию мирян при ордене Францисканцев и побуждает маркграфа Мантуанского сделать то же самое. Тем временем беременности Лукреции не прекращаются. В 1516 году ей исполняется 36 лет. За 14 лет брака она родила герцогу Альфонсу четырех сыновей, один из которых вскоре умрет, и дочь. А теперь она беременна пятым ребенком. Рождение детей чередуется с многочисленными выкидышами, что подрывает ее здоровье, но она по-прежнему прекрасна, если верить похвальному слову Лудовико Ариосто, включенному в поэму Неистовый Роланд, опубликованную в 1515 году: «Своей особой красотой, своей великой осторожностью она превосходит само совершенство».
Теперь Лукреция стала спокойной. Этому способствуют события, происходящие вокруг нее. Победитель в битве при Мариньяне король Франциск I покровительствует герцогству Феррарскому. Когда папа Лев X демонстрирует враждебные намерения по отношению к Эсте в 1518 году, Альфонсу надо только отправиться в Париж, чтобы отвести угрозу. А в остальном понтифик оказывается очень внимателен к матери Лукреции — Ванноцце Каттанеи, которая по-прежнему живет в Риме.