Отец генерал радовался, что для христианской веры открываются далекие земли. Но страдания и смерть шли по пятам за воинами Господа; случалось, что все их усилия оказывались напрасными из-за мелочной вражды между религиозными орденами.
Даже при поддержке Пия V иезуиты со всех сторон подвергались нападкам. На территории Империи, в Мюнхене, пытаясь уничтожить репутацию святости, основанную на целомудрии преподавателей и студентов иезуитских коллегий, в 1565 году лютеране распустили слух, что юных школяров подвергали кастрации. Обвинение было выдвинуто в тот момент, когда провинциал иезуитов (духовное лицо, возглавляющее монастыри ордена в округе) Пьер Канизиус был папским легатом в империи. Герцог Баварский приказал устроить публичное следствие. Обвинителем выступил Жан Кессель — четырнадцатилетний ученик, высланный из учебного заведения за дурное поведение. Он предстал обнаженным перед врачами и хирургами. В своем протоколе они констатировали, что действительно учащийся не имел тестикул, но при этом не было обнаружено ни шрамов, ни следов насильного калечения. Объяснение оказалось простым — его дал хирург герцога. Тестикулы оказались зажатыми в животе ребенка, и после нескольких вдохов и нажатий на область брюшной полости они вышли наружу! Разумеется, обвинение отпало само по себе, но слухи распространялись с умыслом, и реформисты были готовы ими снова воспользоваться в случае необходимости.
Казиниус боролся с отступничеством ректора Иезуитской коллегии в Праге, с враждебными памфлетами, опубликованными в Магдебурге и направленными против Святого престола, с Centuries (Центуриями), написанными под руководством Матиаса Флаха Франковича, или Иллирикуса. Ко всему прочему, прошел слух, что сам Казиниус стал лютеранином. Единственным достойным ответом было создание коллегий — в Галле, Тироле с помощью дочерей императора Фердинанда, в Польше, в Трансильвании, и публикация истории Церкви с описанием великих деяний — знаменитые Annales ecclesiastici (Церковные Анналы).
Наступил момент, когда пришлось вступить в открытую борьбу с внешней опасностью, угрожавшей всему христианскому миру. Новый султан Селим в 1570 году решил уничтожить христиан, выставив против них огромную армию. Папа Пий V был настроен так же решительно, как и его предшественники в прошлом веке. Под знаменем Церкви он решил собрать всех монархов католического мира. Легатами a latere из окружения, были назначены: кардинал Коммендоне (ему помогал иезуит Франсиско Толет) и кардинал Александрийский (его племянник) в Германии и Польше; Микеле Бонелли в Испании, в Португалии и Франции. Кардинал Александрийский попросил своего дядю, чтобы Франциск Борджиа тоже участвовал в его посольстве. Отец-генерал был очень занят делами ордена и болен. Он знал, что уехать — значило для него подписать себе смертный приговор. Но он поклялся безоговорочно повиноваться Святому отцу. 30 июня 1571 года вместе с блестящей свитой кардинала Александрийского он отправился в путь.
В бывшем королевстве Гренада, на юге Испании, обстановка была взрывоопасной. Мориски время от времени бунтовали против представителей Его Католического Величества. В 1569 году репрессии достигли своего пика. Филипп II издал декрет, в котором приказал разрушить турецкие бани, запретил арабский язык и ношение традиционных мавританских одежд. Ответом стала настоящая война: нападения на Гренаду и Альмерию, осквернение церквей, убийства священников и монахов. Брат короля дон Хуан Австрийский выставил против бунтовщиков мощную армию. Адмирал Кастилии привел к побережью свой флот, чтобы помешать приходу подкрепления из Африки. Наконец, в 1571 году герцог д’Аркос разгромил мавров в решительном сражении, а Филипп II изгнал обращенных насильно, оставшихся в живых и их семьи; они шли через все королевство, доведенные до нищеты, умирая от болезней, и единственными, кто оказал им помощь, были отцы-иезуиты. Еще со времени основания их ордена они считали своей обязанностью проявлять сострадание к «новым христианам», евреям или мусульманам по происхождению. Франциск Борджиа увидел раздробленную Испанию, где царил произвол, преследовали за религиозные верования. Страна полыхала от религиозных сражений с внутренними и внешними врагами.
30 августа 1571 года кардинал Александрийский и отец прибыли в Барселону. Каталонцы радостно встретили своего бывшего вице-короля — они прекрасно помнили его как великолепного воина и умелого администратора. В его честь Инквизиция, до этого осудившая его труды, теперь опубликовала их, отдавая дань уважения стойкости его веры.
В Валенсии дети ждали встречи со своим отцом. Там были его сыновья — герцог Карлос и его брат Алонсо, его внук Франсиско, маркиз де Ломбэ, его зять маркиз де Дениа. Он с трудом избежал приготовленного для него праздника и поспешно направился в Мадрид выполнить поручение, данное ему и кардиналу Александрийскому — чисто формальное, потому что Испания уже согласилась стать ударной силой в будущем крестовом походе.
Дон Хуан Австрийский находился в Мессине, где под знаменем Святого Петра собирался огромный флот. Эскадрами командовали величайшие моряки того времени: генуэзец Андреа Дориа, римлянин Маркантонио Колонна, венецианец Бабариго и кастилец маркиз де Санта-Крус. 7 октября 1571 года этот христианский флот с иезуитами и капуцинами на борту (они составляли духовное войско) разгромил ислам, одержав решительную победу в морском сражении при Лепанто.
Успех крестового похода, однако, не значил, что посольство кардинала Александрийского и Франциска Борджиа закончилось. В Португалии они должны были решить одну деликатную проблему — речь шла о выживании королевской династии вообще. Молодой король Себастьян в свои семнадцать лет находился под абсолютным влиянием воспитавшего его иезуита Гонзальве де Камарра. Монах устроил так, что его брат Мартин де Камарра стал фаворитом и министром короля. В 1568 году, когда Себастьян достиг возраста совершеннолетия — ему исполнилось четырнадцать лет, — могущество иезуитов проявилось во всей своей полноте. Под их влиянием дворянские фамилии были вынуждены возвратить награбленное ими имущество, принадлежавшее военным орденам. Молодой человек мечтал только о заморских завоеваниях и победах над неверными. Но его духовные наставники считали, что необходимо срочно обеспечить династическую преемственность. Нужно было найти жену для юноши, хотя и было известно, что сделает он это нехотя, только повинуясь приказу своего исповедника, потому что ни по своей физической природе, ни по мистической экзальтированности он не был к этому расположен.
Его бабушка, королева Екатерина, хотела, чтобы он женился на одной из ее внучатых племянниц — одной из дочерей императора Максимилиана II. Тогда Австрийский дом по-прежнему обладал бы португальской короной. Но одна из этих двух принцесс вышла замуж за Филиппа II, а другая — за Карла IX. Единственной подходящей партией оставалась французская принцесса Маргарита де Валуа — дочь Екатерины Медичи и сестра короля Карла IX. В беседе с королем отец Борджиа подчеркнул, что папа Пий V тоже согласен на этот брак, так как благодаря ему Франция присоединится к католическому лагерю. Наконец Себастьян согласился, но сделал это исключительно из христианского смирения.
Зима была в самом разгаре. Начатые в Португалии переговоры теперь надо было продолжить по дипломатическим каналам. Однако Франциск Борджиа опасался, что папским посланникам во Франции придется столкнуться с определенными трудностями, потому что принцесса, как говорили, была помолвлена с принцем-протестантом Наваррским. Король Испании предоставил ему корабль для возвращения в Италию. Но кардинал Александрийский получил из Рима приказ продолжать свою миссию. 2 января 1572 года он снова отправился в путь и приказал генералу иезуитов следовать за ним. Страдающий от болей Франциск окольными путями пересек Пиренеи, пытаясь обойти владения еретички Жанны д’Альбре, королевы Наваррской. В Блуа он приехал через два дня после легата. Молодой король оказал ему почетный прием, выехав верхом ему навстречу. Но римское посольство опоздало. В соответствии с секретным мирным договором, заключенным с протестантами 8 августа 1570 года в Сен-Жермен-ан-Лэ, Екатерина Медичи и ее сын готовили брак принцессы Маргариты с Генрихом Беарнским, королем Наваррским, юным предводителем реформистской партии. Теперь было почти уже невозможно начать переговоры в пользу Себастьяна. И речи не могло быть о вступлении французского королевства в антисултанскую лигу, во-первых, потому что со времен Франциска I между Францией и Турцией существовали особые связи, а во-вторых, потому что после яркой победы при Лепанте сама лига оказалась бесполезной. Кроме того, французы и слышать не хотели о проведении Тридентского церковного собора на территории Франции. Поэтому аудиенция у короля 8 апреля оказалась особенно неудачной.