Была проведена перестройка управления транспортом. Еще в 1918—1920 гг. В. И. Ленин неоднократно подчеркивал, что необходимым условием успеха войны является строжайшая централизация всех ресурсов и, в частности, железнодорожного транспорта. Он рассматривал вопросы управления транспортом в неразрывной связи с укреплением дисциплины труда на предприятиях отрасли, а также последовательным проведением принципа централизации и единоначалия¹²⁸⁴.

В феврале 1942 г. при Государственном Комитете Обороны был организован Транспортный комитет¹²⁸⁵, который должен был планировать перевозки, регулировать их, координировать работу различных видов транспорта, руководить их материально-техническим снабжением. Создание такого органа способствовало усилению централизма в управлении всей транспортной системой и обеспечивало большую согласованность в деятельности различных отраслей транспортного хозяйства. В этих же целях при НКПС было организовано Центральное управление движения вместо ликвидированных дорожных территориальных управлений.

Все виды транспорта были переведены на военное положение. Указом Верховного Совета СССР от 15 апреля 1943 г. все рабочие и служащие железных дорог объявлялись мобилизованными¹²⁸⁶. На железнодорожном транспорте был принят новый дисциплинарный устав рабочих и служащих. Его целью было обеспечение большей организованности, порядка, четкости в работе транспорта, повышение чувства ответственности его работников. Военное положение на морском и речном транспорте было введено в мае 1943 г. Тогда был утвержден СНК СССР «Устав о дисциплине рабочих и служащих речного флота СССР»¹²⁸⁷, способствовавший укреплению дисциплины среди речников, прекращению текучести кадров, поднятию уровня работы речного транспорта.

Автомобильный транспорт с первых дней войны в значительной своей части был мобилизован для военных нужд и передан в Вооруженные Силы.

Улучшение работы транспорта на втором этапе войны было обусловлено созданием слаженного военного хозяйства, когда завершилось новое размещение производительных сил и установились устойчивые экономические связи. В годы войны проявились преимущества социалистической системы хозяйства перед капиталистической: возможность перестройки сложившихся пропорций в зависимости от требований обстоятельств в данный момент, обеспечение даже в условиях войны более рационального размещения производительных сил. При выработке военно-хозяйственного плана на IV квартал 1941 г. и на 1942 г. была принята во внимание необходимость сокращения издержек на транспортировку продукции. Поэтому перебазирование производительных сил в восточные районы осуществлялось с учетом новой специализации предприятий и их целесообразного кооперирования.

Размещение заводов предусматривалось там, где можно было использовать ресурсы местного сырья и топлива, полуфабрикатов, чтобы зря не загружать транспорт. Это позволяло обеспечивать независимость того или иного предприятия от дальнепривозного сырья, подвоз которого не мог быть таким регулярным, как в мирное время. Увеличение роли внутрирайонных производственных связей и сокращение удельного веса межрайонных перевозок народнохозяйственных грузов послужили одним из важных элементов перестройки промышленности и перевода ее на рельсы военной экономики.

Создание слаженного военного хозяйства позволило укрепить планирование перевозочной работы транспорта — с 1943 г. транспорт начал выполнять месячные планы погрузки.

В годы войны железнодорожный транспорт работал по специальному военному графику, введенному по указанию Политбюро ЦК с 24 июня 1941 г.¹²⁸⁸ Это обеспечило более устойчивую работу магистралей и дало возможность максимально использовать их пропускную способность. В последующем график был заменен новым, определявшим увеличение весовых норм поездов на тех направлениях, где позволяло техническое вооружение. График, введенный с 25 мая 1942 г., был составлен на основе годового опыта войны, он предусматривал особенности условий различных дорог, узлов и станций, усиливал ритмичность движения поездов¹²⁸⁹. Если в 1940 г. по расписанию отправлялись 60,7% грузовых поездов, то в 1942 г. — 73,6%, а в 1943 г. — 76,5%. Повысился также удельный вес и проследования по расписанию грузовых поездов¹²⁹⁰.

Одной из важнейших проблем в военные годы была проблема обеспечения транспорта топливом. Временная потеря важнейших каменноугольных бассейнов страны вызвала серьезные трудности в этом плане. Северо-западные, северные и центральные железные дороги были переведены на отопление дровами, дороги Юго-Востока и Кавказа — мазутом. Для обеспечения топливом паровозного парка железных дорог НКПС разрешалось организовывать собственные дровозаготовки. В связи с тем, что применение местных видов топлива было связано со значительными трудностями (усложняло условия для обеспечения топок необходимым давлением пара), внедрение низкосортных малокалорийных видов энергоресурсов потребовало проведения соответствующих мероприятий. Эффективной мерой оказалось материальное стимулирование за успешное использование высокозольных углей, торфа, дров. На транспорте была введена система премирования. Всемерное распространение среди паровозных бригад получил метод машиниста депо Вологда В. И. Болонина, который, умело и экономно используя дрова, добился скоростного вождения поездов повышенного веса. Благодаря уменьшению расхода топлива и обеспечению безостановочного пробега поезда по графику Вологодское депо сократило потребность в паровозах, что в условиях войны имело важное народнохозяйственное значение.

Успешно решили железнодорожники и проблему применения низкосортных углей. Существенную роль в этом сыграло развитие соревнования за умелое применение на практике комплексных мер по использованию высокозольного угля. Машинист депо Тула Д. А. Коробков стал инициатором соревнования за применение на железнодорожном транспорте низкосортного угля. Советские железнодорожники добились увеличения технических скоростей движения поездов на этом топливе и его экономии.

Недостаток подвижного состава, ограниченность материальных ресурсов со всей остротой выдвинули проблему максимального использования наличных паровозов и вагонов.

В 1942 г. среднее время оборота грузового вагона возросло до 13,8 суток против 7,4 суток в 1940 г.¹²⁹¹, т.е. подвижной состав стал оборачиваться от погрузки до погрузки почти в 2 раза медленнее.

Экономические причины замедления оборачиваемости вагонов были связаны с увеличением дальности пробега подвижного состава. Технические причины увеличения времени оборота вызывались ростом простоев на технических станциях из-за уменьшения протяженности станционных путей и маневренной способности сети. В 1942 г. простой вагонов на технических станциях увеличился по сравнению с 1940 г. более чем в 2 раза¹²⁹². Уменьшился среднесуточный пробег грузового вагона и локомотива соответственно со 139,9 км и 257 км в 1940 г. до 94,6 км и 173 км в 1942 г. Ухудшилось положение и на речном транспорте. Недоиспользовалась мощность самоходных судов и буксиров речного флота; к концу войны грузонапряженность речных путей уменьшилась в 2 раза по сравнению с довоенным периодом.

В целях улучшения эксплуатационной деятельности транспорта 17 апреля 1942 г. ГКО принял постановление «Об оживлении движения и создании устойчивости в работе железных дорог», в котором намечались меры по ускорению продвижения на Восток эшелонов, задержанных в пути¹²⁹³. Специальное решение ГКО от 10 января 1944 г. предусматривало ускорение погрузочно-разгрузочных работ и сокращение простоев вагонов на подъездных путях промышленных предприятий¹²⁹⁴. Для этого было увеличено строительство подъездных путей, повышен уровень механизации погрузочно-разгрузочных работ, установлены твердые нормы суточной выгрузки. В августе 1944 г. было принято постановление ГКО «Об ускорении оборота вагонов на железнодорожном транспорте»¹²⁹⁵, которое имело исключительно важное значение для улучшения всей его работы. На 65 крупных сортировочных узловых станциях были созданы комплексные колонны формирования поездов. Они включали составителей поездов, сцепщиков, стрелочников, маневровых машинистов, их помощников и др.