Германские князья, и прежде всего король Людовик I Французский, который настаивал на крестовом походе в Святую Землю, хотели разделить компромиссный мир. Император должен был быть освобожден от проклятья и покаяться. Спорным оставался только ломбардский вопрос, так как новый Папа непреклонно требовал себе место третейского судьи. Когда Штауфен наконец-то потребовал объясниться, Папа усмотрел в этом – явно, не без причины – попытку подчинить Ватикан своей власти. Маска «благожелательного духовного отца» пала: в конце 1244 года понтифик переодетым бежал в Чивитавеккья , а оттуда по морскому пути в его родной город Геную, где несмотря на тяжелое заболевание оставался несколько месяцев, а затем на корабле Лион. Туда на Иванов день (24 июля) 1245 года он и созвал вселенский церковный собор. На повестке дня собора снова стояло низложение императора, но в этот раз место его проведения de jure было расположено за пределами Священной Римской Империи, а de facto принадлежало к территориям, подвластным французскому королю. Что могло из этого получиться, позже продемонстрировала борьба императора Людвига Баварского с Папой Иоанном XXII. В 1324 году из Авиньона на тогдашнего германского короля Людвига и его союзников было наложено проклятье и интердикт, и вплоть до его смерти (1347) папство, над которым господствовал французский король, нельзя было заставить пойти на уступки. Возможно, 50-летний Штауфен, все еще обладавший неисчерпаемой душевной силой, был в депрессии по поводу грозящей опасности ниспровержения (оно могло поставить под сомнение наследные права его сына). Парламентеры Фридриха сделали папе настолько странно звучащее предложение, что исследователи до сих пор гадают, устал ли император от бесконечной борьбы и желал мира любой ценой, или он просто хотел открыто уличить своего смертельного врага в лицемерии, если бы тот не принял такой знак доброй воли.
Повод для этого дало ставшее с августа 1244 года очень опасным положение в Святой Земле. Хорезмийцы, магометанский народ, чья великая империя между Кавказом, Гиндукушем и Персидским заливом в 1220 была завоевана Чингисханом, использовали частые разногласия между сирийскими государствами крестоносцев и захватили Иерусалим. Поэтому бежавший патриарх Альберт Антиохийский был яростным сторонником мира между папой и императором, чтобы в надежде на удачу начать крестовый поход для отвоевания священных мест христианства. Даже небольшая часть того, что Фридрих предложил Папе, еще несколько месяцев назад вернула бы его в лоно церкви: признание понтифика судьей в решении ломбардского вопроса. Кроме того, император был готов пообещать отправиться с войском крестоносцев на освобождение Гроба Господня в Иерусалим и не возвращаться в течение трех лет без разрешения Папы. Папская область должны была быть очищена от имперских войск тотчас же. При нарушении этого обещания он принимал потерю своей империи как справедливое наказание. Как только этот обет был торжественно дан на придворном совете, Фридрих к июню созвал германских князей в Верону, на этот же месяц был назначен собор в Лионе. Удалось ли ему избежать опасной петли? В апреле он со всем своим двором и сильным войском покинул Апулию по дороге, проходящей мимо Витербо. Если бы столь убедительно демонстрируемая уступчивость «непобедимого императора» была подлинной, то роскошный «мирный» поход в Верону сломил бы партию «войны», все еще стремящуюся к окончательному разрыву. Взоры жителей ненавистного Витербо должны были подействовать на Штауфена, как красный платок на быка. Так как он не мог надеяться мимоходом захватить город, который был готов к обороне, то приказал опустошить городские предместья, вместе в которыми пострадала и курия прилежащих земель.
Казалось, что кардинал Райнер фон Витербо, которого Иннокентий IV, что характерно, назначил своим представителем, ожидал этого. Будучи лидером куриальной партии «войны» он потоком писем начал подстрекать собравшихся в Лионе прелатов против безбожного и коварного императора, который несомненно проявлял все черты Антихриста. 6 мая Фридрих наконец оставил Витербо в покое. В этот же день его друзьям удалось добиться согласия Папы на снятие проклятья. Однако ввиду неожиданного успеха памфлетов кардинала Райнера Иннокентий IV быстро изменил свою точку зрения. Он больше не сомневался и 26 июля 1245 года собор был открыт.
В 1215 году Иннокентий III смог собрать в Латеране, папской резиденции, около 1300 прелатов из всей Европы и восточной церкви, чтобы незадолго до смерти еще раз продемонстрировать укрепленную им власть папства и вместе с тем милостиво утвердить выборы Фридриха II римским императором. Чтобы ниспровергнуть того же самого Фридриха, в Лионе же появились лишь 150 участников собора. Германия и Италия почти не были представлены.
Сначала казалось, будто «адвокат» императора, его придворный юрист Таддеус фон Суэсса, своей умелой защитой сможет предотвратить скорое решение и добиться отсрочки вплоть до личного появления его господина или во всяком случае до прибытия от него нового посольства. Действительно ли Фридрих собирался предстать перед этими судьями, которых не признавал, остается в высшей степени спорным. Во всяком случае он продвинулся до Турина.
Меж тем, уже 17 июля 1245 года Иннокентий II удивил собравшийся на последнее заседание собор объявлением приговора, подготовленного в тайне. Напрасно Таддеус оспаривал юридические полномочия собора и уже заранее апеллировал к новому Папе о созыве действительно всеобщего собора. Против большинства он мог так же мало, как представитель французского и английского королей, который были солидарны с императором как монархи.
Приговор был вынесен по четырем основным пунктам обвинения: 1. лжесвидетельство, 2. нарушение мира, 3. богохульство и 4. ересь. Все подданные освобождались от клятвы верности, если же кто-то хотел остаться на стороне Фридриха, должен был быть отлучен от церкви. Обладающие избирательным правом князья должны были выбрать нового германского короля, хотя Конрад IV был уже выбран вполне законно, но вопрос о королевстве Сицилии Папа хотел решить сам. Маттеус Парижский, хронист-современник, повествует о том, что прочтение этого судьбоносного вердикта было подобно вспышке молнии. «Магистр Таддеус фон Суэсса и прочие представители императора с их свитами выкрикивали жалобы, в знак боли и отчаяния били себя по бедрам и в грудь и еле сдерживали слезы. Таддеус крикнул: Сегодня есть день ярости, несчастья и горя!» Папа же вместе с присутствующими прелатами держали в руках зажженные свечи и страшно проклинали императора, который больше не мог быть императором, в то время как растерянный адвокат кайзера покинул собрание". Оставшиеся же погасили их факелы в знак, что блеск приговоренного погас точно так же, кинули из наземь и спели Tedeum.
Кажется, что Фридрих до последнего надеялся, что Папа не пойдет на крайние меры. В июне 1245 года он – как и планировалось – еще провел в Вероне намеченный всеобщий придворный совет. Это был последний совет империи Штауфенов. Здесь его ожидал король Конрад с германскими князьями, чьи ряды заметно поредели. В последний раз Конрад IV пожил несколько недель рядом с отцом.
Предметом совещания стало в основном герцогство Австрийское, где герцогу Фридриху Воинственному после тяжелого поражения в 1236 году вновь удалось встать на ноги. В 1243 году после помолвки короля Конрада с Элизабет, наследницей Отто Баварского, вновь овдовевший император захотел жениться на Гертруде, единственной дочери последнего Бабенберга, чтобы с помощью этой женитьбы уже в скором времени заполучить в личную собственность солидные территории от верхнего Рейна до венгерской границы. Но распространяемые уполномоченными представителями Папы поносительные грамоты кардинала Райнера, представлявшие Фридриха II как женоубийцу и исчадье ада, так напугали Гертруду, что она отказалась сопровождать Фридриха Воинственного в Верону. План женитьбы развалился. Уже на следующий год последний Бабенберг умер, и император смог присоединить Австрию и Штирию к империи как исчерпанный лен, а после передать ее под управление своим генерал-капитанам.