Утром 18 февраля 1248 года Фридрих отправился на соколиную охоту на близлежащие болота (это он делал практически ежедневно). В это время защитники Пармы совершили вылазку, подготовленную шпионами, но все еще казавшуюся безнадежной. Небольшому отряд удалось выманить из ворот Виттории главнокомандующего ослабевшей от многих параллельных операций армии осаждающих. После этого на лагерь было совершено нападение, он был захвачен и подожжен. Напрасно подоспевший император пытался организовать сопротивление. Только большими усилиями ему удалось наконец отступить с немногими сопровождающими в Кремону. Верховный судья Таддеус фон Суэсса и другие члены императорского совета нашли в горящей крепости свой конец, а вместе с ними и 1 500 населения Виттории, в то время как победители увели в плен около 3000. Была потеряна вся государственная казна с драгоценными инсигниями, роскошными одеждами и украшениями. Были утеряны также невосполнимый охотничий штат, «гарем» Фридриха – охраняемые евнухами сарацинские рабыни -, а также загадочные рисунки придворных астрологов. Потеряно было и нечто более ценное: слава непобедимого императора.
Во всей центральной и северной Италии эта катастрофа воспринималась как приговор Господа против Фридриха. То, что император уже через три дня повел свои войска против в Пармы, не могло изгладить это психологическое впечатление. Жители Пармы воспрянули духом, поэтому императорским войскам показалось правильнее напасть сначала на другие города и разжечь во всей центральной Италии костры войны. После нового отделения Равенны (май 1248) была потеряна большая часть Романьи.
В общем положение Фридриха в Италии было достаточно стабильным, поэтому ни в коем случае нельзя утверждать – как это делали исследователи старшего поколения -, будто бы вместе с Витторией погибла фортуна Штауфена. Так как все генеральные викариаты были почти полностью заняты близкими родственниками императора, попыткам Папы переманить людей на свою сторону была противопоставлен мощный барьер. К «управленческой верхушке» принадлежали: король Энцио; Эццелино да Романо, зять императора; Манфред, сын одной итальянской возлюбленной; Фридрих Антиохийский, чья мать предположительно находилась где-то на Востоке; Генрих, сын третей императрицы, Изабеллы Английской; граф Ричард фон Тит, еще один внебрачный сын императора; графы Томас Аквинский и Ричард фон Касерта, а также генуэзский маркграф фон Каретто, молодые зятья Фридриха II; позднее и его внук Фридрих, сын короля Генриха (VII); графы Савойские, после того, как Манфред (будущий король) женился на дочери графа Амадеуса; наконец к ним присоединился и одноглазый угрюмый маркграф Уберто Паллавичини, как приемник короля Энцио единственный «король второго порядка», не принадлежащий императорскому дому.
С помощью беспощадно жестокой системы – причем взятие заложников и массовые изгнания сыграли свою зловещую роль – Фридрих смог наконец-то утвердить свою власть в городах и городах-государствах, где прежде у власти сменялись гвельфы и гибеллины. Его войска одерживали победы прежде всего в марке Анкона, в Венетии (где не доверяли понтифику-генуэзцу) и в Пьемонте. Когда в июле 1248 года Людовик IX Французский, который нуждался в Сицилии как в опорном пункте для своего крестового похода, хотел заставить Папу пойти на уступки, ситуация, казалось бы, прояснилась, но ничто не могло заставить Иннокентия IV пойти на мирные переговоры с «Антихристом». Борьба в Ломбардии продолжала подрывать экономические силы враждующих. Потерю государственной казны перед Пармой император попытался возместить введением специального налога, так что в королевстве Сицилия налоговое бремя увеличилось вдвое (вместо 60000 золотых унций в 1242 году было собрано 130000, которые один исследователь 1927 года оценил в 7,8 млн. рейхсмарок). Вскоре на Север потекли транспорты с деньгами, чтобы удовлетворить требования нетерпеливых наемных рыцарей.
Основу императорского войска, решающую исход битв, все еще составляли рыцари в тяжелых доспехах. В основном они были из Германии, и только этим Фридрих в последние годы был связан с северной частью империи.
Положение в Италии вновь консолидировалось (прежде всего в Пьемонте из-за перехода Верчелли в лагерь гибеллинов была создана хорошая база для похода в Лион), поэтому Папа почувствовал большую опасность, к тому же его защитник Людовик IХ Французский ушел в крестовый поход. До конца года проклятый Штауфен оставался в Ломбардии. Страшась его, Иннокентий IV предпринял отчаянный шаг послать крестоносцев вместо Палестины на Сицилию, где им в общем нечего было делать.
Когда потом в начале 1249 года настало время снова начать военные действия, императора постиг один из трех тяжелых ударов, которые решительным образом повлияли на то, что Папа был избавлен от неприятного визита.
Анналы Пьяченцы содержат в себе скупое описание февраля 1249 года, квинтэссенцию всего того, что могло возбудить любопытство современников и заинтересовать исследователей истории: «Император отправился в Кремону, где приказал арестовать Петруса фон Винеа». Лишь незадолго до этого могущественный советник и главный пропагандист стал начальником императорской канцелярии. Уже 25 лет состоявший на службе высокочтимый придворный юрист получал жалование как простой чиновник, несмотря на то, что выполнял огромные объемы работы. И конечно, он не смог устоять перед постоянным попыткам предложить ему взятку. Зависть некоторых придворных способствовала, возможно, тому, что император во время постоянной нехватки средств расценил тайные накопления огромного состояния как предательство и покарал преступника с жестокостью воплощенной Юстиции. Предположительно, подверженный обычным пыткам Петрус вскоре покончил с собой. Почти одновременно Фридриху II чудом удалось избежать отравления ядом, который ему хотел дать его доверенный личный врач. Незадолго до этого Штауфен выкупил его, преданного папской партией, из пармского плена.
Таких подданных императора, происходивших из народа, охотно называют его «друзьями», которые по-человечески так сильно огорчили своего господина, что ему пришлось цитировать библейского Иова. Как часто «богоподобный» властитель сам «по-человечески обижал» своих «поднятых из грязи» слуг, об этом хронист ничего не говорит... Третий тяжелый удар обрушился на императора в мае 1249 года в Апулии: он потерял своего сына и наместника в имперской Италии, Энцио. При неосторожной перестрелке он еще в мае был пленен одним болонским рыцарем. Все попытки освободить короля Энцио были напрасны. Его приемник, Уберто Паллавичини, сумел отразить нападения врага (так были отвоеваны альпийское перевалы и побиты жители Пармы), но императорский сын остался в плену и в 1272 году умер в Болонье как последний из сыновей Фридриха II.
В начале 1250 года в Апулию начали прибывать известия об успехах: была отвоевана Равенна, папское войско было побито на границе королевства, в герцогстве Сполето, марке Анкона и во всей верхней Италии императорские армии одерживали победы, альпийские перевалы к королевству Арелат (Лион!), а также перевал Бреннер были в руках гибеллинов. Генуэзский флот был побежден штауфенскими галерами перед соседней Савоной.
Из Германии также пришли хорошие новости. Летом 1250 года король Конрад удачно проник на территорию папской области. Вильгельм Голландский, как и всегда, пытался раздвинуть свои личные владения по нижнему Рейну, что заметно мешало его бывшему покровителю, архиепископу Конраду Кельнскому, в его личных планах экспансии. Уже вскоре король Конрад IV смог принудить рейнских архиепископов к перемирию.
Благоприятная военная обстановка в середине 1250 года могла создать впечатление, что только лик смерти, неожиданно промелькнувший перед венценосным «сверхчеловеком» несколько месяцев тому назад, помешал ему одержать «окончательную победу». Такое предположение не выдерживало трезвой оценки общей ситуации. Повсеместно тайно готовились восстания, и даже поверхностный наблюдатель вспомнил бы о том, что военные победы никогда не могли надолго стабилизировать положение Фридриха. И даже промахи одного понтифика – Грегора IХ – не могли сыграть решающей роли, как уже вскоре показали первые действия Иннокентия IV. Таким образом нельзя переоценивать то, что Иннокентий точно так же испытывал притеснения. Этому очень поспособствовало неожиданное выступление французского короля против наместника Христа. Людовик IХ, который со всем своим войском крестоносцев попал в египетский плен, обвинил в таком исходе Папу, так как тот помешал императору принять в кампании действенное участие. Он энергично потребовал от Иннокентия заключения мира. Когда Людовик наконец откупился от плена, то с удивлением узнал, каким уважением пользуется Фридрих у сарацин. Все ожидали от «императора мира» мести за столь неудачно закончившийся поход. Папа как раз напрасно просил политического убежище в Бордо. В третий раз поход Фридриха в Лион и Германию казался делом решенным. Даже четвертый брак (с дочерью герцога Альбрехта Саксонского) император просчитал очень серьезно. Как в мирные времена он созвал свой двор в Фоггиа, надеясь исправить ошибки, допущенные Петрусом фон Винеа в государственном управлении. Внезапно в начале декабря 1250 года он заболел воспалением кишок, подхватив его скорее всего на охотничьей вылазке, но сперва никто не принял болезнь всерьез. Говорили, что Фридрих якобы никогда не бывал во Флоренции, так как там ему была предсказана смерть «sub flore». Совершенно случайно больного перевезли в незнакомую ему крепость Fiorentino (при Лучере), название которой напоминало слово «flore». Император предвидел свой конец, поэтому уже через несколько дней могущественные вельможи двора и близкие родственники собрались вокруг него, и в их присутствии он продиктовал свою Последнюю Волю.