Новый магистр Ордена Немецких Рыцарей, Конрад Тюрингский (близкий Фридриху родственник святой Элизабет), поспешил в Рим с компромиссными предложениями германских князей. Так как Конрад уже был однажды отлучен от церкви из-за уже упомянутого нападения на архиепископа Зигфрида Майнцского, он больше всего подходил для исполнения этой обязанности. Все же Папа с самого начала объявил, что ломбардцы будут участвовать в мирных переговорах. Когда Конрад умер через несколько недель в Риме, император не видел больше никакой возможности достигнуть своей цели посредством переговоров. Он приехал в Романью, которой угрожали Венеция и Болонья. Здесь Фридрих через несколько дней смог захватить Равенну, а перед средним по величине, но хорошо укрепленным городом Фаэнца простоял восемь месяцев, тот капитулировал лишь в апреле 1241 года.

Грегор IХ лихорадочно работал на тем, чтобы на Пасху 1241 года в Риме собрался всеобщий (т.е всеевропейский) церковный собор, который должен был низложить императора, в раздражении заканчивающего дорогостоящую осаду Фаэнцы, задевавшую его престиж. В это время всей Германии угрожала ужасная опасность: хан Батый, один их наследников Чингисхана, умершего в 1227 году повелителя Монгольской империи, послал непобедимое войско против Восточной и Западной Европы. Кто должен был встретить его в Германии?

Насколько помнит история, это всегда было заданием королей и императоров. Король Генрих I в 933 году на реке Унструт, а император Оттон I в 955 году на реке Лех под Аугсбургом положили конец разбойничьим набегам венгерской кавалерии. В 1241 году в Германии был один только 13-летний король. Регент, архиепископ Зигфрид Майнцский, как раз собирался на благо Папе раздуть новую гражданскую войну. Не обращая внимание на опасность монгольского нашествия, он объединился со своим кельнским коллегой, Конрадом фон Хохштаденом, чтобы бороться против императора.

Дикого и буйного главу кельнского архиепископата Фридрих в 1238 году после канонических выборов сделал имперским князем со светскими правами. Он надеялся, что тот будет представлять штауфенские интересы, как и его предки, носившие графский титул. Однако архиепископ Конрад только и ждал удобного случая, чтобы использовать политические и военные затруднения императора для беспощадной захватнической политики, которая поначалу была направлена против его княжеских соседей.

Зигфрид Майнцский сражался с герцогом Отто Баварским за аббатство Лорх (недалеко от Швебиш-Гмюнд). Пока герцог Баварии склонялся в сторону антиштауфенской политики, особенно около 1239 года, архиепископ считал необходимым оставаться «верным» императору. Возвращение же Отто в партию Штауфена изменило этот расклад. Когда в 1241 году Конрад фон Хохштаден, служа Ватикану, старался создать антиштауфенский союз князей, и регент был его важнейшим помощником. Архиепископ Трирский также вступил в заговор. Все втроем (первые имперские князья) приказали огласить проклятье Фридриху с церковных кафедр. Кроме того, они, как разбойники, грабя и поджигая, вторглись на равнину Веттерау, принадлежавшую Штауфенам. Этим был разбит фронт лояльных церковных и светских князей, которым император обеспечил особые привилегии в 1220 и 1231/32 годах. А ведь еще в 1239 году этот союз стал всеобщим выступлением против папского произвола после отречении императора от церкви.

Далекий император ничего не мог противопоставить действиям так называемого регента и его церковной клике. И все же в начале 1241 года он еще олицетворял единственную силу, которая казалось способной защитить империю от конников Батыя. Так как многие современники видели в наступающих монголах воплощение библейского пророчества (Откровение 20) о войске Антихриста, кочевых народах Гога и Магога, то победа Фридриха «над Антихристом» была бы выгодна даже с чисто психологический точки зрения. Папская пропаганда о том, что кайзер является предтечей Антихриста или сам является им, сильно бы пострадала от этого.

Войско Батыя напало на Венгрию. Король Бела IV предложил императору взять в лен его государство, если он придет на помощь, но тот не мог покинуть Италию. «Встают картины прошедшего, как когда-то во время Нашего похода на защиту Святой Земли от нашествия сарацин, которые преследовали Наших верующих не меньше татар, Наш возлюбленный Отец призвал миланцев и прочих людей, подданных империи, насильно вторгся в Наше королевство Сицилию – когда Мы были по другую сторону моря! – и запретил через своих легатов всем слугам Христовым просить Нас о христианской помощи». Ему оставалось только призвать князей Европы к совместной акции и организовать в Германии оборону от имени Конрада VI.

Сначала Папа недооценивал грозящую с Востока опасность, он считал ее чем-то вроде отвлекающего маневра Фридриха II. Затем понтифик приказал всему клиру читать проповеди против монголов, но в основном продолжал непрерывно трудиться над осуществлением своей основной идеи: низложения императора на римском соборе. В Германии король Конрад в мае 1241 года в Эслингене объявил всеобщий мир. И действительно, под впечатлением грозящей опасности бесчисленные междоусобицы и разбойные нападения маленьких и больших войск на время прекратились. «Крестовый поход» было решено организовать с условием, что Папа не направит его против императора. В это время 9 апреля 1241 года при Лигнице монголами было уничтожено сильное силезско-польское войско. Прибывшая на следующий день богемская армия уже не застала «татар», они ушли на юг и нагрянули в Венгрию (которую только что опустошило другое монгольское войско). Вооруженные силы в центральной Европе должны были предотвратить дальнейшие набеги, но Германии избежала опасности. Незадолго до битвы при Лигнице (княжество Силезия тогда еще принадлежало империи) Фридрих нанес сильный удар по планам своего могущественного противника в Ватикане. После блестящей победы на море юго-восточнее Эльбы он взял в плен примерно 100 испанских, французских и ломбардских прелатов (среди них трех кардиналов), которые доверились генуэзскому флоту, и приказал бросить их в апульские тюрьмы. В общественном мнении – прежде всего, в западной Европе – такое «безбожное» насилие сильно повредило ему. И хотя на соборе теперь не было кворума, император направил свои войска к Риму, чтобы в случае необходимости низложить Папу. Некоторое число кардиналов все равно было на его стороне. Уже казалось, что Священный Город наконец-то падет к его ногам, но тут Грегор IХ умер в августе 1241 года, и тонко рассчитанный удар, направленный не против системы, а против самой персоны Грегора, ушел в пустоту.

Между двумя партиями кардиналов, стоявших за мир и за войну, сразу же разгорелся спор за две трети голосов, какой понтифик будет им выгоднее. Вплоть до выборов уже пожилого Целестина VI в октябре немногие оставшиеся в Риме кардиналы были арестованы. Нет ничего удивительного в том, что после этого первого «конклава» в истории папства они поспешно разъехались, так как Целестин был смертельно болен и умер уже через 17 дней.

Только в июне 1243 года в Анагни после долгих переговоров состоялись новые выборы, после чего Фридрих, который в это время пребывал в своей любимой Апулии, на всякий случай устроил еще два «военных парада» в папской области. Необходимое большинство голосов получил Синибальд Фиеши из Генуи, холодный, образованный и светский юрист. Он считался приверженцем партии мира, и Штауфен был уверен, что сможет поддержать его в этом. Никогда его решение не было столь роковым.

Синибальд Фиеши принял имя Иннокентия IV. Вскоре выяснилось, что это имя символизировало для Фридриха самую опасную программу: принятие, и даже расширение претензий Иннокентия III и Грегора IХ. Для начала мирные переговоры должны были успокоить стоящего перед Римом императора. Фридрих тогда даже надеялся, что сможет удержать папскую область как лен понтифика! Даже кровавая расправа над штауфенским гарнизоном в крепости Витербо – город был внезапным налетом отнят у императора кардиналом Райнером фон Витербо, его смертельным врагом, во время переговоров – прервала переговоры лишь мимоходом, хотя многолетняя ненависть Фридриха к этому городу стала известнейшим примером его мстительности.