Минная лаборатория корпуса также имела специальное оборудование и образцы учебных мин разных типов и конструкций. В девиационной учебной лаборатории, размещенной на первом этаже здания, установили большую железную вращающуюся платформу с компасами.
Артиллерийскую учебную батарею оснастили новыми современными орудиями. В ней поставили деревянную модель корабельной башенной установки с 12-дюймовыми орудиями. Здесь также установили действующее 6-дюймовое орудие, системы Канэ, 125-миллиметровую пушку без станка и ряд других корабельных орудий. Учебная «артиллерийская батарея» впервые пополнилась уникальным набором различных образцов и систем дальномеров и разного рода технических приспособлений, используемых для корректировки и ведения огня из корабельных орудий.
В 1908 году контр-адмирал С.А. Воеводский назначается заместителем морского министра, а в начале 1909 года он занял пост морского министра. В течение двух лет адмирал возглавлял Морской корпус и немало сделал для его реорганизации. На новом же весьма ответственном посту Степан Аркадьевич, воспитанный в старых морских традициях, не сумел приспособиться к работе с Государственной Думой, поэтому многие его деловые предложения по усилению военно-морских сил России не имели практического разрешения. Дума отказала новому министру в кредитах на постройку целого ряда новых боевых судов. Их строительство пришлось осуществить за счет средств особого фонда.
Академик А.Н. Крылов, считая контр-адмирала С А. Воеводского «честнейшим человеком, о котором никогда, даже при петербургском злословии, не говорили плохо и тем более не связывали его имя с корыстными побуждениями», все же полагал, что «к посту министра он не был подготовлен. Технику морского дела он знал мало, схватить и оценить сущность дела не мог, легко поддавался наветам, верил городским слухам и сплетням, не умел заслужить доверия Государственной Думы, ни дать ей надлежащий отпор, когда следовало. Ясно, что с этими качествами, несмотря на истинное джентльменство и корректность, он мало подходил к деловой должности заместителя Морского министра, в особенности в то время, когда надо было спешно воссоздавать флот…»
Преемником С.А. Воеводского на посту директора Морского корпуса стал капитан I ранга Александр Иванович Русин. Он окончил Морское училище в 1878 году, после производства в мичманы и начал службу на броненосном корабле «Петр Великий». Много плавал на военных судах, выполняя обязанности старшего штурманского офицера, артиллерийского офицера, а с 1898 года – старшего офицера крейсера I ранга «Россия». В конце 1899 года капитан II ранга А.И. Русин назначается морским агентом в Японию. Его работа за рубежом и собранные им ценные сведения позволили заблаговременно и довольно точно предсказать начало войны со Страной восходящего солнца. После объявления военных действий он назначается в Николаевск-на-Амуре начальником обороны побережья, а в 1905 году – исполняющим обязанности начальника морской походной канцелярии главнокомандующего сухопутными и морскими силами, действующими против Японии. По возвращении в Петербург капитан I ранга Русин командует эскадренным броненосцем «Слава». При нем, в 1906 году, корабль был включен в состав гардемаринского Учебного отряда. В начале 1907 года, оставаясь командиром броненосца, А.И. Русин вступает в командование отрядом боевых судов, предназначенных для учебных плаваний корабельных гардемаринов – выпускников Морского корпуса. Весной 1907 года он выполняет обязанности заместителя начальника Главного Морского штаба, а с 7 июля 1908 года высочайшим приказом назначается директором Морского корпуса. 29 марта 1909 года он производится Николаем II в контр-адмиралы.
В своих воспоминаниях Александр Иванович писал: «Наследство, полученное от Степана Аркадьевича Воеводского, полагаю, я не растерял, а укрепил, пользуясь в полной мере мощной поддержкой товарища Морского министра и впоследствии Морского министра С.А. Воеводского, пребывавшего душою и сердцем с Корпусом и Академией. Благодаря его содействию мне удалось провести отделение Академии от Корпуса, учреждение в ней военно-морского отдела, так сказать, Академии Морского Генерального штаба. Учебные программы проводились главным образом инспектором классов, генералом А.М. Бригером, при участии преподавателей Корпуса. Я следил, чтобы не перегружать программ и чтобы они были приемлемыми для юношей средних способностей».
Весной 1909 года успешно прошел высочайший смотр батальону Морского корпуса. В мае, после заключительных экзаменов, воспитанников корпуса произвели в корабельные гардемарины и расписали по судам Балтийского отряда (так теперь стал называться Гардемаринский отряд). Под флагом контр-адмирала Н.С. Маньковского корабельные гардемарины совершили традиционные плавания.
При адмирале Русине высочайшим волеизъявлением Морской корпус был признан «Старой Гвардией», ему передали все старые корпусные знамена, ранее хранившиеся в Морском музее. В 1912 году морской министр утвердил новые, значительно расширенные штаты Морского корпуса. В том же году элитное учебное заведение посетил знаменитый английский адмирал лорд Чарльз Бересфорд, прибывший в Россию в составе британской парламентской делегации. Заслуживают внимания персона этого флотоводца и любопытный факт из его биографии времен русско-японской войны.
Как уже ранее упоминалось, при переходе кораблей 2-й Тихоокеанской эскадры на Дальний Восток, в районе Доггер-банки, ночью 12 октября 1904 года группу небольших рыбацких английских судов приняли за японские миноносцы и расстреляли. На следующий день после разгрома рыбацкой флотилии разразился политический скандал. Англия заявила, что ей нанесено оскорбление, и под угрозой разрыва дипломатических отношений ультимативно потребовала от России задержать русскую эскадру в порту Виго, а затем вернуть ее обратно в Кронштадт. Подобная реакция Англии позволила ряду историков считать, что инцидент в Немецком море мог быть спровоцирован «Владычицей морей» с целью оказать услугу своему «большому другу» на тот период времени – Японии. Тем более что еще в январе 1904 года японский посол в Лондоне барон Таями просил у лорда Ленсдоуна «добрых услуг» – не допускать проход русских кораблей через Дарданеллы на соединение с Тихоокеанским флотом. Ленсдоун дал требуемое обещание, подтвержденное вскоре английским правительством. Поэтому полагают, что провокационный инцидент у Доггер-банки мог быть хорошим предлогом для последующего выдвижения России перечня довольно дерзких требований, полностью удовлетворявших просьбу Японии. При этом наш «давний друг» Англия для усиления давления на Россию сразу же, в день инцидента, через британское Адмиралтейство распорядилась послать все броненосные крейсера и эскадренные миноносцы Средиземноморской английской эскадры навстречу русскому флоту и, в случае необходимости, вооруженной силой преградить ему путь на восток. В официальной телеграмме английское Адмиралтейство тогда отдало четкое распоряжение командующему Средиземноморской эскадрой: «Чтоб вы задержали Балтийскую эскадру убеждением, если это окажется возможным, силой – если это станет неизбежным». В ответ на этот приказ командующий Ламаншской эскадрой лорд Чарльз Бересфорд запросил Адмиралтейство с непосредственной прямотой старого морского волка: «Потопить их или привести в Портсмут?» К счастью для обеих сторон, конфликт разрешился мирным путем, и русская эскадра проследовала дальше на восток, правда под эскортом кораблей адмирала Бересфорда.
И вот через 8 лет после этого инцидента адмирала Чарльза Бересфорда с почетом и русским гостеприимством встретил адмирал А.И. Русин в стенах старейшего военно-морского училища Российской империи. По свидетельству очевидцев, бывший командующий Ламаншской эскадрой, собиравшийся решительно потопить корабли 2-й Тихоокеанской эскадры адмирала 3. П. Рожественского, с удивлением и любопытством осматривал Морской корпус, его учебные классы и кабинеты. Говорили, что он пришел в восторг от увиденного в корпусе, от системы подготовки русских морских офицеров и технического оснащения учебных кабинетов, классов и лабораторий учебного заведения.