Сам же С.А. Воеводский так писал о своем директорстве: «Имея пример моего бывшего директора, адмирала А.П. Епанчина, я старался относиться к воспитанникам, хотя и строго, но с любовью, как к своим сыновьям, быть их руководителем и защитником, заботиться о них. Поднимая дисциплину, я требовал, чтобы наказания за проступки налагались, хотя и строго, но однообразно и справедливо… Для этого был учрежден дисциплинарный комитет, состоявший из директора, инспектора классов, шести ротных командиров и тех воспитателей, которые были докладчиками проступков воспитанников. Комитет собирался по субботам. Я старался, чтобы воспитанники видели во мне не пугало, а их защитника…»
В первую очередь директор укрепил преподавательский состав Морского корпуса. Воспитанники рассказывали, с каким увлечением и интересом слушали они лекции по военно-морскому искусству лейтенантов Доливо-Добровольского, Бубнова, Немитца. Новый директор уверенно, без каких-либо угроз и приказов укреплял дисциплину в учебном заведении. Степан Аркадьевич всегда поддерживал воспитанников, высказывавших свои собственные соображения о реформировании учебного заведения и отечественного флота. Он даже добился разрешения морского министра издавать и печатать в корпусной типографии молодежный журнал «Якорь», в котором регулярно публиковались статьи воспитанников и морских офицеров корпуса. За двухлетний период руководства учебным заведением Воеводскому удалось значительно улучшить дело организации питания кадетов и гардемаринов.
5 апреля 1907 года царь Николай II произвел смотр батальону Морского корпуса в Царском Селе. За «блестящее состояние и военную выправку» воспитанники удостоились высочайшей благодарности, а С.А. Воеводского царь произвел в контр-адмиралы. Вечером того же дня император записал в свой дневник: «Целый день шел дождь, но было тепло. В 10 1/2 поехали в экзерциргауз на смотр Морскому корпусу. Смотрел поочередно учения каждой роты, затем общий церемониальный марш. Остался очень доволен общим видом гардемарин и кадет. Были на их обеде во дворце. После нашего завтрака они прошли мимо нас на пути к станции. Гулял и колол лед. Читал до 8 часов. Обедал Чагин (деж.). Играл с ним на бильярде».
Стараниями контр-адмирала Воеводского Учебный отряд судов Морского корпуса пополнился новыми кораблями. Теперь кроме учебных судов «Минин», «Рында», «Верный», «Воин» и шхун «Моряк» и «Забава» в отряд передали крейсера I ранга «Аврора» и «Диана».
Гардемарин Георгий Четверухин впоследствии вспоминал: «Летом 1907 года я совершил свое третье практическое плавание. Наша группа была направлена на крейсер 1 ранга „Аврора“. Практика на боевом корабле ознакомила нас с современными для того времени артиллерийскими орудиями и порядком проведения стрельб, судовыми машинами большой мощности, котельной установкой. Мы начали осваивать практическую навигацию. 24 июня нас перевели на уже знакомый „Воин“, на котором под руководством вахтенного начальника нам доверили командовать небольшими маневрами судна».
Выпуск корабельных гардемаринов, состоявшийся весной 1907 года, находился в годичном плавании на судах гардемаринского отряда под флагом контр-адмирала А.А. Эбергарда. Лето прошло в плавании и маневрах флота на Балтике, а с осени и до начала марта – за границей. Кроме обычных стоянок в портах иностранных государств отряд несколько недель простоял в глухом порту на малоазиатском побережье Мармариса, где проходили морские учения. На рождественских праздниках Гардемаринский отряд кораблей находился в Пирее, неподалеку от Афин. Греческая королева, русская великая княгиня (дочь покойного генерал-адмирала Константина Николаевича) Ольга Константиновна, неоднократно посещала русские военные корабли и встречалась с офицерами и матросами. Ее секретарь капитан I ранга М.Ю. Гаршин, получивший тяжелое ранение в Порт-Артуре, писал в своей книге «Любя Русский флот» о великой княжне: «Королева прежде всего любила его личный состав. Матросы были предметом ее особого попечения и не только потому, что они были матросами, а главным образом потому, что это были русские крестьяне, простые люди, которых королева знала и любила с детства. Посещая русские суда, она на них чувствовала себя как бы в России, как бы общалась с Родиной».
На свои средства королева построила и оборудовала в Пирее небольшой госпиталь с русским персоналом, где могли лечиться русские офицеры и матросы. При госпитале специально обустроили небольшую русскую церковь и матросскую чайную.
Гардемарины осмотрели Афины, Акрополь и столичные музеи. На второй день Рождества для команд русских судов устроили елку, причем подарки каждому раздавала сама греческая королева. Затем именитым гостям показали спектакль «Женитьба» Н.В. Гоголя, в котором участвовали гардемарины и матросы.
В начале мая 1908 года отряд корабельных гардемаринов благополучно возвратился на Родину.
В четверг, 10 мая, Николай II сделал очередную запись в дневник: «Встали в 7 1/2 и через час отправились в Петергоф на моторах. Погода была серая, шквалистая и холодная. На новой „Александрии“ пошли в Кронштадт. Посетили Гардемаринский отряд, недавно возвратившийся из заграничного плавания: броненосцы „Слава“, „Цесаревич“ и крейсер „Богатырь“. Последним посетили учебное судно „Герцог Эдинбургский“, к которому очень трудно было приставать из-за зыби. Остался очень доволен всем виденным… Вечером принимал Столыпина».
6 мая 1908 года новый выпуск корабельных гардемаринов после сдачи экзаменов, завершивших их обучение в корпусе, расписали по кораблям Балтийского гардемаринского отряда: броненосцам «Слава», «Цесаревич» и крейсерам «Богатырь» и «Олег». Командование отрядом было поручено контр-адмиралу В.И. Литвинову. Выпускников Морского корпуса ожидало годичное учебное плавание на боевых кораблях действующего флота во внутренних водах и за границей. На каждого из 138 корабельных гардемаринов заготовили аттестационные листы, они должны были быть заполнены и подписаны всеми специалистами корабля, на котором выпускникам корпуса предстояло совершить учебное плавание. Причем каждый корабельный специалист, кроме оценки успехов по усвоению той или иной судовой дисциплины, обязывался аттестовать корабельного гардемарина по степени развития военно-морских качеств – выносливости, исполнительности, находчивости и мужества.
Вначале корабли Балтийского гардемаринского отряда находились во внутреннем плавании, курсируя между Кронштадтом, Бьерке-Зундом, Ревелем и Либавой, производя различные учения. Учебное плавание гардемаринов в территориальных водах Российской империи совпало с посещением головного корабля гардемаринского отряда – броненосца «Цесаревич» – французским президентом Фальером. Отряд прибыл на Ревельский рейд. Вслед за ним в Ревель пришли императорские яхты «Штандарт» и «Полярная звезда», крейсер «Адмирал Макаров» и миноносцы.
14 июня стояла жаркая солнечная погода. Для встречи французской эскадры в море вышел дивизион миноносцев под флагом контр-адмирала Н.О. Эссена. Около 15 часов на Ревельский рейд под мощный орудийный салют вошли французские военные суда, эскортируемые русскими миноносцами. Все корабли украсились флагами расцвечивания. Ревельский берег в Екатеринтале и у гавани заполнили толпы ликующего народа.
14 июля, в 17 часов, Николай II вместе с французским президентом и сопровождавшими их лицами свиты прибыл на флагманский корабль гардемаринского отряда броненосец «Цесаревич». У парадного трапа высоких гостей встречал командующий отрядом контр-адмирал В.И. Литвинов, он представил президенту офицеров броненосца и своего штаба. Роту корабельных гардемаринов шокировало легальное исполнение «Марсельезы» – революционного государственного гимна Франции.