18 сентября отряд из 22 рот гвардейской пехоты, драгун и донских казаков, разделившись на три группы, выступил по железной дороге из Вильно. Эшелоны Дубельта и младшего Барятинского прошли Ковно и разделились. Дубельт двинулся на Вильковишки — Кальварию, а Барятинский — на Коцлову Рудь — Серию — Сейны. Сам Бакланов с эшелонами Дена через Гродно вышел на Граево и занял Райград. Таким образом, территория была прочесана, как граблями. Небольшие гарнизоны оставили в Липске, Августове, Сувалках. Паутина мелких отрядов и патрулей опутала всю губернию.
Принимая в управление Августовский край, далеко не замиренный, он в одиночку проехал дремучими лесами. Почту из Сувалок в Ломжу до этого отправляли в сопровождении роты пехоты. Бакланов же решил проехать в почтовой карете один и без охраны. Потом его спрашивали, не страшно ли было. «Но я был слишком стар для того, чтобы бояться смерти, — ответил Бакланов. — Моя старинная шашка да пара турецких пистолетов достаточно обеспечивали меня от позорного плена. Стало быть, я рисковал только жизнию; но вместе с тем был убежден, что ежели проеду по этим местам, то отниму уже всякий повод говорить в народе о повстании».
Муравьев прекрасно осознавал, что партизанские отряды существуют, пока их поддерживает местное население, и поручил Бакланову карать деревни, снабжающие повстанцев продовольствием и дающие им приют. Бакланов же прекрасно понимал, что сельскому жителю очень трудно, практически невозможно отказать шайке вооруженных, озлобленных людей, появляющихся на его пороге, и он нарушил инструкцию Муравьева — карать крестьян, оказавших гостеприимство повстанцам. Они лишь обязаны были немедленно сообщить, куда повстанцы направились после. Но «если кто-либо не исполнит последнего распоряжения или пристанет сам к вооруженным шайкам, — за тех отвечают целые общества. Такие деревни объявлены будут вне всякого закона: имущество их будет разграблено, жилища сожжены, и сами они от мала до велика поплатятся жизнью!..»
«Сознаю сам, что мера эта слишком жестока. Многие вправе назвать ее варварской», — говорил впоследствии Бакланов. Однако через две недели о повстанцах не было и слуху.
Как и всякий начальник, отвечающий за территорию, Бакланов обратил внимание, что простое сельское население запугано, а восстанию сочувствуют помещики и интеллигенция. Потому местным панам объявили, что в случае нападения на их земле повстанцев на русские отряды они ответят «всем своим существом и головами».
Вместе с тем Бакланов усиленно поддерживал слухи о собственной жестокости, слухи самые нелепые, вплоть до того, что он пожирает детей.
Во время управления Баклановым августовской губернией 7 человек было казнено. 12 октября 1863 года Бакланов предоставил Муравьеву список подлежащих аресту и отправке в Вильно и на поселение жителей, сочувствующих повстанцам.
Впрочем, и помимо Бакланова поляков хватали, сажали и высылали. Многие ветви и ответвления власти действуют, не ставя друг друга в известность.
Более того, написали донос на самого Бакланова. В. С. Сидоров обнаружил запись одного донского краеведа о том, как «в Литве на Якова Петровича поступил донос в политической неблагонадежности. Стукач извещал, что Бакланов распространяет в обществе фотографические снимки с портрета Пугачева, которым (Пугачевым) восхищается. Начальство потребовало формальных объяснений. Видимо, Яков Петрович написал то же, что впоследствии рассказывал редактору журнала „Русская старина“ Семевскому — что один из сыновей Пугачева звался „Бакланом“ и является предком его. Вот он и заказал с попавшегося ему интересного пугачевского портрета снимки для себя.
Насчет сына Пугачева — маловероятно. Ведь он должен был бы быть не далее, как дедом Якова Петровича, отцом Петра Дмитриевича. Ну а донос — это всегда весьма вероятно».
И все же Бакланов своей волей выпускал из тюрем сидевших там подозреваемых — 60 на Новый год и 60 на Пасху.
Не стал Бакланов исполнять распоряжения Муравьева конфисковывать имения высланных инсургентов. По этому поводу состоялось объяснение, записанное биографами: «- Почему вы, Яков Петрович, не исполняете точной моей инструкции?» — спросил Муравьев (…) — «Потому, Михайло Николаевич, что не казацкое это дело — лишать орлят родимого гнезда» — «Так, а не думаете вы, что орлята вырастут только для того, чтобы занять места сосланных вами же отцов?» — «Позвольте, Михайло Николаевич, и среди сосланных были невинные». -'«Лес рубят — щепки летят!» — «Однако вот вам живой пример: в Уфу выслан президент Сувалок Ростишевский. Когда его увезли, жена его слегла в постель, и через месяц ее не стало. Дочь — 16-ти лет, два сына — 9 и 6 лет, все остались без куска хлеба и приюта. Что же, дочери было идти торговать собой, чтобы достать на обед братьям? А Ростишевский был невинен». — «Да ведь вы, Яков Петрович, добились, что его вам вернули из Уфы, вы его освободили. Чего же вы еще хотите?» — «Я говорю к примеру, ваше превосходительство, что были и ошибки…» — «Пусть меня судит история, а мои подчиненные должны только исполнять мои инструкции». — «Позвольте мне вам сказать следующее прямо и без уверток. Что я полякую, вы, надеюсь, Михайло Николаевич, о Бакланове не подумаете?» — «Не подумаю; хотя бы даже вынужден был отдать Якова Петровича под суд за неисполнение моих ясных и строгих приказаний». — «Там уже ваша воля на то будет, а я считаю долгом чести сказать вам все, чего, может быть, никто вам из боязни не дерзнет сказать. Михайло Николаевич! Обращаюсь к вашей справедливости! Ведь теперь не начало мятежа, пока мы казнили за преступления, а конец всей истории, когда мы уже казним из мщения. В разгар мятежа под ружье и винтовки попадали правые и виновные; но теперь — теперь было позорно действовать без строжайшего разбора. Крутые меры, как бы они ни были жестоки, хороши лишь тогда, когда принимаются своевременно. Не в русской привычке доколачивать лежачего врага!» — «То-то у вас на Дону не приколачивают черкесов!» (…) — «Черкес змея, с земли укусит…» — «А поляки — нет? Э-эх, Яков Петрович!..»
В заключение Бакланов не преминул сказать, что правил в Августове именем Муравьева, и если теперь в Литве Муравьева проклинают, то в Августове благословляют.
«Рассказы про Бакланова в Литве — гимн его человеколюбию, — писал В. С. Сидоров. — Мы думаем, что в основном это чистая правда; похоже, еще на Кавказе совесть его стала тяготиться проливаемой кровью — отсюда, с одной стороны, фаталистские и мистические настроения, с другой — попытки уменьшить количество смертей. С годами память о Кавказе не делалась легче, несмотря на все идеологические подпорки — верность царю, присяга, долг и т. д. Поэтому-то мы как раз охотно верим в нежелание Бакланова снова мараться в крови в Литве».
С другой стороны, Бакланов, как профессиональный воин, никогда не лил кровь даром, ради удовольствия. Если есть возможность выполнить задание без крови, зачем же ее лить? Ни один здравомыслящий начальник не пошлет армейскую часть без крайней нужды на «спецоперацию». От таких операций солдаты разлагаются.
30.1.1864 г. Бакланов, по его просьбе о четырехмесячном отпуске, был уволен как военный начальник Августовского края, но с оставлением заведующим донскими полками в Виленском округе.
6 февраля 1864 года он получил орден «Святого Владимира» 2-й степени с мечами «за усердно-ревностную службу и труды».
29 марта 1864 года польские руководители восстания были схвачены, и эта дата считается официальным окончанием военных действий.
В мае Я. П. Бакланов отбыл на Дон в четырехмесячный отпуск по поводу воспаления печени. На Дону заболевшего Бакланова постигло пожарное разорение. 14 августа все его имущество и квартира в Новочеркасске сгорели.
В январе 1865 года Бакланов вернулся в Вильно и продолжил службу.
27 марта 1866 года «высочайше разрешено производить ему аренду по 3 тысячи рублей в год на 12 лет». В том же году, 17 сентября, прошел смотр, произведенный Великим князем Николаем Николаевичем, по результатам которого Бакланову объявили Высочайшее благоволение «за отличное состояние донских казачьих полков».