Никон ответил жёстко. Иван Неронов был сослан, Логгина и Даниила расстригли и сослали. Аввакум, отстраненный от службы в церкви, проповедовал «в сушиле» (в сарае) и призывал не подчиняться указам Никона. Его заковали в цепи и бросили в монастырский подвал. Никон хотел расстричь Аввакума, но заступился Алексей Михайлович, лично знавший протопопа. Аввакума с семьей отправили в Сибирь. Пострадали и менее известные противники новогреческого богослужения. Весной 1654 г. Никон созвал общерусский церковный собор. В присутствии царя патриарх перечислил отступления в русских церковных обрядах от греческой литургии. Члены собора утвердили предложенные Никоном изменения в богослужении. Лишь коломенский епископ Павел отказался утвердить предложения Никона. Он был сослан и вскоре умер.
На соборе 1654 г. Никон не решился заменить двуперстие на троеперстие и ввести сугубую, а не трегубую аллилуйю (произносить «аллилуйя» дважды, а не трижды). За поддержкой он обратился к Восточным патриархам. В 1655 г. пришел ответ из Константинополя от патриарха Паисия, его митрополитов и епископов. Паисий писал, что единство Церкви не повреждается различием в обряде и может нарушиться только через ересь. Хотя у греков принято троеперстие, патриарх допускал, что «при том же значении можно слагать персты и иначе». Послание Паисия не устроило Никона, и он предпочел советы прибывшего в Москву Антиохийского патриарха Макария, заявившего, что крестящиеся двуперстно подражают армянам, т.е. еретикам-монофизитам. Макарий проклял тех, кто крестится двумя перстами, а находившиеся в Москве восточные иерархи осудили двуперстие как армянскую ересь. В апреле 1656 г. Никон созвал церковный собор, отлучивший от церкви сторонников двуперстия.
Ломка вековых обрядов богослужения потрясла русское общество. Значительная часть народа, духовенства, даже бояр, выступила против нововведений. Под руководством ревнителей благочестия началось открытое неприятие новых обрядов — назревал религиозный раскол. Огромная доля вины здесь лежит на Алексее Михайловиче, но царь оставался за спиной патриарха и ненависть противников новшеств обрушилась на Никона. Впрочем, он её заслужил бестактностью, жестокостью и оскорблением чувств верующих. Во время богослужения снял с себя русский клубок и одел греческий, повелел клиру облечься в греческие одежды, даже завел греческую кухню. Не выучил только греческий язык. Об обращении Никона с несогласными Ключевский пишет: « Оборвать, обругать, проклясть, избить неугодного человека — таковы были обычные приёмы его властного пастырства». Дерзнувший перечить епископ коломенский Павел был предан «лютому биению» и сослан, в ссылке сошел с ума и умер.
Никон выступил и против икон «франкского письма», написанных под влиянием европейской живописи. В 1654 г. он велел собрать их по домам. На собранных образах патриарх велел выколоть глаза и приказал носить иконы по городу и кричать, что та же участь постигнет тех, кто будет их писать. Вскоре началась моровая язва и случилось солнечное затмение. Народ был уверен, что виной всему — богохульство Никона. В 1655 г., после службы в Успенском соборе, Никон в присутствии царя и при огромном стечении народа предал анафеме новые иконы и отлучил от церкви изготовителей и всех, кто держит иконы дома. На глазах у народа он брал осужденные образа и разбивал об железный пол. Затем приказал сжечь. Царь стоял с открытою головою и почтительно слушал. Но затем приблизился к патриарху и тихо сказал: «Нет, батюшка, не вели их жечь, а прикажи лучше зарыть в землю». Так и было сделано.
Постепенно отношение царя к Никону стало охладевать. Алексей Михайлович повзрослел, и ему уже казалась непомерной власть, которой он наделил Никона. Ведь царь разрешил Никону именоваться и сам его именовал «Великим Государем». Прежде так именовался патриарх Филарет Никитич, и то на правах отца и соправителя царя Михаила. Между тем подобная традиция в Московском государстве отсутствовала: никогда (за исключением Филарета) Отцы Церкви не управляли страной и не стремились возвыситься вровень с великим князем или царем. Никон же поучал царя в делах государственных. Скорее всего Алексей Михайлович, привязчивый к друзьям, остался бы его покровителем, но вмешались бояре, ненавидевшие мужика-выскочку. Всё же дело не шло дальше отдаления царя от прежнего любимца. Не выдержала бурная, не терпящая полутонов натура Никона.
На невнимание царя и его требование не зваться «Великим Государем», Никон ответил сложением с себя патриаршего облачения после литургии в Успенском соборе 10 июля 1658 г. Царскому посланцу он сказал, что оставляет патриаршество не из-за обид, а по обету не быть патриархом больше трех лет. Никон переехал в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, расположенный в 50 верстах от Москвы. Очевидно, он ожидал, что царь начнет умолять его вернуться. Этого не случилось, и Московская церковь на восемь лет осталась без действующего патриарха. В 1666—1667 гг. состоялся Большой собор под председательством антиохийского и александрийского патриархов. Собор подтвердил реформы Никона, но его самого осудил. Никона лишили патриаршего сана и сослали в Ферапонтов Белозерский монастырь. По смерти Алексея Михайловича его перевели в Кирилло-Белозерский монастырь. Царь Фёдор Алексеевич, почитатель Никона, разрешил ему вернуться в Воскресенский монастырь. По дороге тяжело больной Никон скончался (17 августа 1681 г.). Царь Фёдор настоял на отпевании Никона как патриарха и достал у восточных патриархов разрешительные грамоты, причисляющие его к лику патриархов.
Неудавшаяся симфония. Историки часто пишут о вспыльчивости Никона, приведшей к разрыву с царем. В этом можно усомниться: его отказ от патриаршества имел более глубинные причины, чем задетое самолюбие. Никон действительно допустил просчёт, переоценив свое влияние на Алексея Михайловича, но двигали им принципиальные соображения. В отличие от реформы богослужения, где патриарх являлся орудием Алексея Михайловича, Никон вполне самостоятельно пришёл к убеждению о необходимости повышения авторитета Русской церкви и её главы — Московского патриарха. Бороться за возвышение Церкви он начал ещё при избрании патриархом, когда пред всем народом в Успенском соборе заставил царя обещать повиноваться его пастырскому слову. Никон желал достичь симфонии, которая, по крайней мере теоретически, являлась идеалом согласия императоров и церкви в Византийской империи.
В Византии симфония властей — гармония и сотрудничество священства и царства, — являлась догматом со времен императора Юстиниана (VI в.), но на практике светская и церковная власть принадлежала императорам. Лишь при императорах Македонской династии (IX—XI вв.) отношение властей приближалось к идеалу двоевластия симфонии, когда ««мирская власть и священство относятся между собою... как тело и душа в живом человеке». На Руси идея симфонии оставалась достоянием духовенства. В Московском государстве, где изначально была сильна княжеская власть, для симфонии не было места. Попытка митрополита Филиппа увещевать Грозного закончилась его гибелью. Огромная власть патриарха Филарета не имела отношения к симфонии: Филарет правил как отец царя вместо слабовольного сына. Никон стал первым патриархом, открыто выступившим за симфонию светской и духовной власти в Московском государстве.
Никон проиграл: восточные патриархи Макарий Антиохийский и Паисий Александрийский, участвовавшие в разбирательстве «дела Никона» на соборе 1666—1667 гг., приняли сторону московского царя. В декабре 1666 г. патриарх Никон был низложен. Патриархом был избран послушный царю архимандрит Иоасаф. Восточные патриархи стремились угодить Алексею Михайловичу во всем, что не касалось их личных интересов. Они указали на подчинённость патриарха царю: «Патриарху же быти послушлива царю, яко же поставленному на высочайшем достоинстве и отмстителю Божию» и на право царя смещать неугодного патриарха. Царь объявлялся «своею властию подобен Богу». Привыкшие к абсолютной власти султана, греки выработали «правила», освобождавшие царя от влияния церкви. Сама идея симфонии была отброшена.