Вообще же третья сессия прошла под знаком экуменизма. 21 ноября папа обнародовал декрет о восточных церквах («Orientalium Ecclesiarum») и декрет об экуменизме («Unitas redintegratio»). Однако экуменизм нашел претворение в практических шагах только касательно восточных православных церквей. 7 декабря 1965 года папа Павел VI и Афинагор взаимно отменили отлучение, провозглашенное в 1054 году, что явилось жестом на пути к сближению, но в догматическом и ритуальном отношении обе церкви ни на йоту не приблизились друг к другу.
Расширению диалога, активизации диалога с атеистами и марксистами способствовало то, что 8 апреля 1965 года папа создал Секретариат по делам неверующих. Летом 1965 года в перерыве в работе собора папа информировал епископов о нескольких запланированных им реформах: о реформе курии, о ревизии церковного законодательства, о новом регулировании смешанных браков, а также об изучении вопроса регулирования рождаемости. Однако перед тем, как приступить к осуществлению реформ, папа решил завершить работу собора. Это имело место на четвертой сессии (8—14 декабря 1965 года).
Четвертая сессия собора была самой продуктивной. При открытии сессии Павел VI объявил об обновлении постоянного епископского синода. На соборе обсуждалось 11 проектов документов. Наибольшую дискуссию вызвали декларация о свободе вероисповедания, а также духовно-пастырская конституция о роли церкви в современном мире.
28 октября 1965 года собор принял три декрета и две декларации: о духовно-пастырском предназначении епископов («Christus Dominus»), декрет об обновлении в современном духе монашеской жизни («Perfectae caritatis»), декрет о воспитании и обучении священников («Optatum totius»), декларация о христианском воспитании («Gravissimum educationis momentum») и, наконец, декларация об отношениях церкви и нехристианских религий («Nostra aetate»).
Весьма важным документом для нового толкования экуменизма, а также для понимания отношений между католической церковью и иудейством явилась декларация «Nostra aetate». Еще в сентябре 1960 года папа Иоанн XXIII поручил кардиналу Беа, председателю Секретариата христианского единства, представить проект документа об отношении церкви к евреям. Многократно перерабатываемый текст расширился затем также и за счет новой католической оценки великих мировых религий. Декларация исходила из того, что религиозность — естественный спутник человека и каждая религия есть проявление этого; поэтому и нехристианские религии также содержат ценные, достойные уважения со стороны христианина элементы.
Что ценит церковь в нехристианских религиях? Прежде всего достойными уважения она считает монотеистические религии: в индуизме — глубоко воздействующую медитацию, самодисциплинирующую форму жизни; в буддизме — стремление к совершенству посредством просветления, озарения; в исламе — наличие многих элементов, присущих христианской религии. Декларация самым подробным образом занималась иудейской религией. Указывалось на то, что католическая церковь уходит корнями в Ветхий завет; иудейство и христианство связаны духовной близостью. Христиане считают себя духовными наследниками избранного народа — ведь их общим духовным сокровищем является Библия. Она раскрывает учение церкви, связанное со смертью Христа, подчеркивая, что ответственность за это не отягчает ни евреев того времени, ни их потомков. Декларация считает заслуживающими осуждения и сожаления преследования евреев и все проявления антисемитизма; памятуя об общем с евреями наследии, церковь глубоко сожалеет о всей той ненависти, преследованиях и многочисленных проявлениях антисемитизма, которые когда бы то ни было и со стороны кого бы то ни было обрушивались на евреев. В этом ею руководит не политический расчет, а религиозная, евангелическая любовь, поскольку она осуждает любое преследование, против кого бы оно ни было направлено.
Ссылаясь на апостола Павла, декларация отвергает различия между людьми, поскольку вселенское братство христианства исключает всякую дискриминацию. «Таким образом, никакого морального основания не могут иметь под собой такая теория или политика, — читаем мы в этом заявлении, — которые делают различия между людьми и расами в отношении их человеческого достоинства и вытекающих из него прав. Исходя из этого, церковь считает чуждым духу Христа и строго осуждает любую дискриминацию или оскорбления людей по расовому признаку, цвету кожи, общественному положению или религиозной принадлежности». Возвышенная и действительно заслуживающая уважения позиция собора помогает церкви освободиться от тяжелого бремени прошлого и делает возможным для нее активно включиться в борьбу против унижающих людей проявлений дискриминации.
18 ноября дошел черед до принятия собором многократно оспариваемой со времени первой его сессии догматической конституции «Dei verbum» об откровении Божьем (точнее, о его источниках). Другим объявленным одновременно с этим документом был декрет об апостольстве мирян «Apostolicam actuositatem». В нем скромно просматривалось «Католическое действие» как одна из возможных форм апостольства.
7 декабря 1965 года состоялось последнее заседание II Ватиканского собора. На нем были приняты еще 4 декрета: декрет о службе и личной жизни священнослужителей («Presbyterorum ordinis»), в котором, однако, вопрос о целибате остался открытым; декрет о миссионерской деятельности церкви («Ad gentes»); декларация о свободе вероисповедания («Dignitatis humanae») и, наконец, второй важнейший документ собора — духовно-пастырская конституция об отношениях церкви с современным миром («Gaudium et spes»).
Эта конституция, определяющая деятельность священнослужителей, явилась самым пространным, вызвавшим множество споров и не раз полностью перерабатываемым документом собора. Он содержит наибольшее количество новых идей, определяет место, занимаемое церковью в мире, ее отношение к обществу и государству, а также задачи и призвание церкви в современном мире. На его подготовку и редактирование большое влияние оказала энциклика Иоанна XXIII «Pacem in Terris». Руководителем комиссии по разработке конституции был влиятельнейший член партии реформ кардинал Сюаненс, но в работе над документом принимал участие и кардинал Кароль Войтыла. Окончательная редакция конституции выдержана в духе аджорнаменто. Ее исходный пункт — автономия земных дел, которая, в свою очередь, делает возможным для церкви диалог с миром. Конституция рассматривает структуру общества, вопросы семьи и брака, анализирует отношения церкви и современной культуры, вопросы экономической жизни. Труд, созидательный труд она считает центральной частью самоосуществления человека.
8 декабря 1965 года в храме Святого Петра состоялось торжественное закрытие II Ватиканского собора. Павел VI 3 января 1966 года сформировал шесть постоянных, пять специальных и одну координационную комиссию для истолкования и осуществления решений собора. Тем самым собор реформ закончился.
Еще в разгар работы собора, 6 августа 1964 года, появилась первая, программная энциклика Павла VI («Ecclesiam suam»). Эта энциклика отразила те изменения, которые характеризовали Павла VI в отличие от Иоанна XXIII: в положении о «возвышенном прогрессе» упор делался теперь на взвешенность, сдержанность. Эта энциклика искала равновесие между прогрессивными и консервативными силами, и уже ясно было, что и сам папа в догматических и внутрицерковных вопросах остается пленником своего консервативного воспитания и наследия Пачелли.
Энциклика «Ecclesiam suam» во многих отношениях явилась шагом назад по отношению к энциклике «Pacem in Terris». Хотя главной темой оставался диалог, вести его, согласно энциклике Павла VI, можно было только исходя из укрепившейся и единой церкви. Основным принципом опять провозглашалось жесткое отграничение от социалистических и коммунистических направлений, что служило подчеркиванию антагонизма. Атеизм папа вновь охарактеризовал как самое вредоносное явление нашей эпохи, из которого проистекают и другие беды. Таким образом, заявленная в энциклике позиция на практике говорила не в пользу диалога, а против него. Но «Ecclesiam suam» обращалась и к собору, открыв «зеленую улицу» последователям среднего пути.