Более смело Павел VI повел себя в области реформ церковного управления. Прежде всего он реформировал процедуру выборов папы и кардинальскую коллегию. Уже декрет собора от 28 октября 1965 года («Christus Dominus») определил предельный возраст для нахождения на должности епископа в 75 лет. Исходя из этого, Павел VI в своем апостольском послании от 6 августа 1966 года («Ecclesiae sanctae») призвал всех епископов по достижении 75-летнего возраста добровольно и без принуждения уходить в отставку. Эту позицию — с некоторыми изменениями — он распространил в своем послании от 21 ноября 1970 года («Ingravescentem aetatem») и на кардиналов: достигшие 80 лет кардиналы лишались им права участвовать в выборах папы и исключались из конклава. Тем самым была буквально отброшена древняя традиция, что вызвало большое возмущение среди тех, кого это касалось. В октябре 1975 года в булле «Romano pontifici eligendo» Павел VI вновь скорректировал систему выборов папы. Число кардиналов, участвующих в выборах, было ограничено этой буллой до 120 человек. В остальном корректировка лишь подтвердила уже известные изменения.
При Павле VI коллегия кардиналов стала подлинно интернациональной. Через два-три года он назначил новых кардиналов. Их количество к 1973 году уже возросло до 145 человек; папа и этим путем хотел усилить коллегиальность управления. Итальянские кардиналы потеряли в коллегии абсолютное большинство. Из 145 кардиналов в результате распоряжения папы на возможном конклаве 28 уже отсеивалось. Среди исключенных оказался и большой враг папы — кардинал Оттавиани. Очень обижен в связи с исключением был и кардинал-декан Тиссеран. Часто болевший Павел VI, особенно к концу своей жизни, тоже неоднократно обращался к мысли об отставке. Однако его окружение, ссылаясь на интересы церковной политики, неизменно отговаривало его от этого.
Другим важным форумом коллегиального управления стал постоянный епископский синод. Во главе синода стоял Совет Генерального секретаря. На проводившихся периодически заседаниях синода обсуждались в духе собора насущные проблемы католической церкви. По существу, этот форум — тоже одно из средств истолкования и применения решений собора. Его постановления утверждались папой, а за их выполнение отвечал епископский корпус соответствующих стран (с 1971 года они проводятся раз в три года).
Реформа курии снова стала актуальной и во время II Ватиканского собора, и после него. Иоанн XXIII и Павел VI начиная с 1960 года осуществили ряд мер, подготовивших всеохватывающую реформу. Павел VI уже во время собора начал реформу с того, что сократил, уменьшил штат папского двора. Реформа папского двора нашла окончательное выражение в подписанном Павлом VI в 1968 году документе «Pontificalis domus». Была распущена ватиканская гвардия; сохранены были лишь швейцарские гвардейцы в память того, что во время разграбления Рима («Sacco di Roma») воины швейцарской гвардии сражались до последнего, защищая папу. Ватиканская полиция была переодета в гражданскую форму. Былая помпезность, напоминавшая о средневековье и столь почитавшаяся папой Пием XII, была «оскромнена» в духе модернизации и экуменизма. Павел VI отказался от помпезности, но не от папского суверенитета; папская власть вынуждена была отказаться от внешних форм, напоминавших о мировом господстве.
Всеохватывающие реформы курии были обнародованы в папской булле от 15 августа 1967 года («Regimini Ecclesiae Universae»). Эта булла рассматривала структуру курии не в плане иерархической подчиненности; перечисление не означало иерархической лестницы. Куриальную управленческую машину следует рассматривать не в виде этакой иерархической пирамиды, на вершине которой стоит папа, а ниже — подчиненные друг другу по нисходящей линии учреждения (управления), а таким образом, что все учреждения в одинаковой форме и непосредственно зависят от папы, а между собой скорее соподчинены, скоординированы.
Реформа децентрализовала куриальные учреждения. Вместо пожизненных должностей вводилась практика назначения на должность на пятилетний срок. Хотя папа и оставил управленческую структуру, основанную на конгрегациях, он сделал ее более рыхлой посредством учреждения множества новых комиссий и секретариатов, которые частично занимались делами, входящими в компетенцию конгрегаций, на параллельных началах. Эта реформа, несомненно, снизила значение конгрегаций.
Среди новых учреждений самое важное — это Совет по церковным общественным делам, тесно взаимодействующий с Государственным секретариатом. Этот совет пришел на смену существовавшей ранее Конгрегации по чрезвычайным делам. Секретариаты первыми превратились в постоянные органы курии. Их отличие от конгрегаций состояло в том, что они были не столько административно-исполнительными, управленческими органами, сколько скорее органами открытых связей, диалога, исследований, и в соответствии со своей задачей обрели и иной стиль работы. Аналогичным образом новыми куриальными органами стали и советы: Совет по делам мирян и папская исследовательская комиссия под названием «Юстиция и мир». Из ранее функционировавших учреждений прекратили свое существование Датария, а также Секретариат по документам и латиноязычным письмам. Но возникли и новые учреждения: Префектура по хозяйственным делам Святого престола, Префектура апостольских дворцов и, наконец, Церковное статистическое управление. Знаменателен и тот факт, что должности в куриальных конгрегационных учреждениях, на которые ранее назначались только кардиналы, после реформы могли занимать и епархиальные епископы.
В 1967 году в духе реформы значительно возросла роль Папского государственного секретариата, ставшего первостепенным по значению органом Ватикана, который координировал работу всех конгрегаций, секретариатов и комиссий, куда тянулись нити этих учреждений. Кардинал-государственный секретарь (или: кардинал-статс-секретарь) стал теперь уже подлинным премьер-министром. Свою прежнюю приоритетную задачу — заниматься внешними вопросами (иностранными делами) он перепоручил секретарю, возглавляющему Совет по церковным общественным делам, находящийся в персональном объединении с Государственным секретариатом. Этот последний орган одновременно принял на себя и функции Конгрегации по чрезвычайным делам церкви.
Во время понтификата Павла VI Ватиканское государство по своему существу продолжало оставаться монархией, основанной на пожизненных выборах, в которой папа олицетворял всю полноту законодательной, исполнительной и судебной власти. Ближайшим сотрудником папы Павла был кардинал-государственный секретарь француз Жан Вийо. За ним следовали два его заместителя: возглавлявший внутренние дела церкви Джованни Бенелли и возглавлявший внешние дела архиепископ Агостино Казароли. Бенелли раньше был секретарем кардинала Монтини, а Казароли был выдвинут в число руководителей курии Иоанном XXIII: с 1961 года он — заместитель секретаря Конгрегации по чрезвычайным делам церкви, а с 1967 года, будучи титулярным епископом, стал секретарем созданного тогда Совета по церковным общественным делам. Личным секретарем и доверенным лицом Павла VI был священнослужитель левого направления Паскуале Макки. Реальные решения принимались в курии «триумвиратом»: Павел VI — Бенелли — Казароли. Правое крыло здесь представлял Бенелли, а левое — Казароли, в то время как папа был сторонником «среднего пути».
Усилился и международный характер персонала курии. В момент смерти Иоанна XXIII количество служащих в ней составляло 1322 человека, из них 749 итальянцев; в 1973 году число служащих возросло до 2260 человек, а итальянцев среди них было только 573. Однако наиболее важные позиции по-прежнему занимали итальянцы либо же в их руках был надзор. Так, например, две трети личного состава Государственного секретариата составляли итальянцы.
Папа последовательно осуществлял и реформу в области литургии. Своим распоряжением «Missale Romanum» он сделал возможным использование в литургии национального языка. Вспомним, что когда-то это являлось одним из центральных требований еретических движений и Реформации!