Хотя подлинная причина разрыва между папой и Монтини и по сей день неизвестна, значительную роль в этом деле сыграл, вероятно, следующий инцидент. Монтини вступил в непосредственный контакт с тогдашним руководителем Итальянской Коммунистической партии — Тольятти и искал через него возможности сближения с социалистическими странами. Тардини, противник Монтини по курии, довел до сведения папы факт контактов Тольятти с Монтини. Это, очевидно, стало непосредственной политической причиной внезапного удаления Монтини из Ватикана. 1 ноября 1954 года папа назначил его архиепископом Милана. Но Пий XII был настолько сердит на него, что полагающийся архиепископу Милана сан кардинала он до конца своей жизни так и не даровал ему.
Папа Иоанн XXIII сразу исправил эту несправедливость: на первой же своей консистории он произвел в кардиналы миланского архиепископа. Взаимоотношения папы Иоанна и Монтини были весьма своеобразными, и все же их взгляды были достаточно близки друг другу. И хотя Монтини, даже став папой, неоднократно подражал Пию XII, все же он был скорее приверженцем взвешенного прогресса. Ему не хватало бездумной широкомасштабности и непосредственности папы Иоанна. Прежде чем принять решение, он долго раздумывал и взвешивал, сомневался, старался учесть все мелочи. «Миланский Гамлет», — шутливо говорил о нем Иоанн XXIII. Выбрав для себя имя Павла VI, Монтини хотел этим подчеркнуть, что новый папа — приверженец интеллектуального направления, представляемого апостолом Павлом.
В момент его избрания, 2 июня 1963 года, было уже ясно, что новый папа — прогрессист. Не все кардиналы были согласны с этим выбором. Главным его противником был кардинал Оттавиани. В конце концов решающим оказалось то, что консерваторы боялись получить нового папу Иоанна даже больше, чем Монтини. Ведь во время смерти Иоанна XXIII консервативное крыло курии было крайне недовольно быстрыми реформами усопшего папы. И выбор в конечном итоге потому пал на кардинала Монтини, что он слыл умеренно прогрессивным и, кроме того, он — выходец из Государственного секретариата, из духовного окружения Пия XII. Монтини располагал не только большим дипломатическим опытом, но и вообще характеризовался стремлением к нивелированию, к поискам компромиссов. Его избиратели явно рассчитывали, что он будет папой среднего пути, и, что касается, главным образом, внутренней жизни церкви, он оправдал возлагавшиеся на него ожидания. Будучи папой, Монтини искал ответы на проблемы современного мира, но его теологические и нравственные суждения скорее гармонировали с традиционными. (Двойственность его понтификата подтверждается тем, что свою тиару, которую он получил от миланцев, он скопировал с тиары Бонифация VIII на основе полотна Джотто. Однако в 1964 году он даровал эту тиару на нужды бедняков.)
Для Павла VI оказалось тяжелым бременем противоречивое наследие Пия XII и Иоанна XXIII. Уже во время его избрания большинство трудных проблем вышло на поверхность, однако решение их казалось еще весьма далеким. Открытость церкви миру, реальное начало диалога, внутренняя реформа церкви, упорядочение взаимоотношений с социалистическими странами — все это были ожидавшие его задачи. Однако новый папа казался пригодным для решения больших проблем, для преодоления сложностей, созданных новой адаптацией. Он обладал соответствующей духовной и интеллектуальной подготовленностью, церковно-управленческим опытом. Курия была послушным орудием в его руках. Чиновники и пониже рангом и повыше дрожали от страха перед папой Монтини, который за 31 год своей деятельности в церкви дотошно узнал все винтики этого гигантского механизма. Павел VI стал диктовать жесткий и строгий рабочий темп. Стиль работы Ватикана изменился. Доброжелательность и приветливость ушли, манеры обращения и сама атмосфера стали более холодными. На место импульсивной политики реформ папы Иоанна, основывавшейся на его традиционной, народной и интуитивной вере, вместе с Павлом VI пришел новый стиль работы. Вечно подверженный сомнениям, но старательным и добросовестным трудом и упорством ищущий вселяющие надежды решения даже в, казалось бы, безнадежных ситуациях, Павел VI исповедовал принцип «Sperare contra spem» — «надеяться даже тогда, когда [кажется, что] нет надежды». Павел VI сразу же включил в свою программу успешное завершение собора и введение в законные рамки того широкомасштабного духовного брожения, которое началось после собора и стало источником конфликтов, тянущихся и по сей день. Ведь собор перевернул послетридентскую церковь и вновь вынес на поверхность неразрешимую проблему: противоречие между вселенским собором и коллегиальностью, с одной стороны, и церковной иерархией и централизмом, непогрешимым воплощением которого являлся папа, — с другой. В отличие от не знавшего сомнений и опасений Иоанна XXIII Павел VI по опыту знал, что проведение в жизнь эпохальных реформ и обоснование их практикой — задача более сложная и пикантная, чем пророческое прокламирование обновления. Программу папы Павла составляли, наряду с завершением собора и осуществлением экуменизма, дальнейшее развитие диалога, упорядочение отношений с социалистическими странами.
27 июня 1963 года Павел VI объявил, что следующая, вторая сессия собора будет открыта им 29 сентября. (Сессия продлилась до 4 декабря.) При открытии сессии Павел VI четко определил задачи собора: 1) углубление самопознания (самораскрытия) церкви; 2) обновление внутренней жизни церкви; 3) продвижение вперед дела единства христиан (экуменизм); 4) диалог с миром (осмысление внешней миссии церкви).
Одновременно он закрепил давнее пожелание папы Иоанна о том, что собор не должен принимать никаких решений, которые претендовали бы на пастырскую (наставническую) непогрешимость.
Вторая сессия собора проходила под непосредственным руководством Павла VI. На обсуждение были вынесены три проекта (схемы) решения: о церкви, о епископах и об экуменизме. Разногласия между прогрессистами и консерваторами были исключительно острыми, и к концу октября собор зашел в тупик. Проекты решений вновь вернули в комиссии. Вполне ощутимым результатом сессии было почти единогласное принятие на последнем заседании, 4 декабря 1963 года, переработанных тем временем регламентирующих документов о святой литургии («Sacrosanctum concilium»), а также декрета о средствах массовой информации («Inter mirifica»), которые были затем провозглашены Павлом VI. Для осуществления зафиксированных в обоих документах решений папа создал в начале 1964 года две комиссии.
Во время дискуссии на соборе по вопросу экуменизма Павел VI объявил, что едет в Святую землю, в Палестину и Иерусалим. Это посещение папы, состоявшееся в начале января 1964 года, было первой со времени вынужденного пребывания Пия VII во Франции поездкой пап за пределы Италии. В Палестине арабы весьма радушно принимали папу Павла VI; тем более холодным оказался его прием в Израиле. Выдающимся событием экуменизма явилась встреча в Иерусалиме Павла VI и Вселенского патриарха Афинагора и их взаимные объятия. Иерусалим мог бы действительно быть символом взаимопонимания и диалога: ареной встречи иудейской, христианской и магометанской религий. В целях стимулирования диалога Павел VI создал в мае 1964 года Секретариат по делам нехристианских религий.
Третья сессия собора проходила между 14 сентября и 28 ноября 1964 года. Эту сессию можно рассматривать, по сути дела, поворотным пунктом собора. Папа решительно вмешался в ход обсуждений, высказавшись, в частности, против слишком рьяных реформистов. Он дал им понять, что предпосылкой дальнейшей дискуссии должно быть окончательное формулирование и принятие догматической конституции «О церкви». В центре дискуссии стоял вопрос о коллегиальном участии епископов в церковном управлении. Число увидевших в том угрозу для папского примата и проголосовавших против превысило 300! Самый значительный документ собора, догматическая конституция «О церкви» («Lumen gentium»), был принят на последнем общем заседании собора 21 ноября. Конституция вместо понятия «торжествующая церковь» вводила понятие «церковь на службе». Вводился институт коллегиального участия епископов в управлении церковью посредством активизации епископского синода. Наряду с тем, что неприкосновенными остались основные устои церкви, неизменным сохранился и такой, исторически напластовавшийся институт, как, например, целибат.